به جمع مشترکان مگیران بپیوندید!

تنها با پرداخت 70 هزارتومان حق اشتراک سالانه به متن مقالات دسترسی داشته باشید و 100 مقاله را بدون هزینه دیگری دریافت کنید.

برای پرداخت حق اشتراک اگر عضو هستید وارد شوید در غیر این صورت حساب کاربری جدید ایجاد کنید

عضویت
فهرست مطالب نویسنده:

farhad nazarian

  • حسین میرزایی*، میترا خادمی، فرهاد نظریان فیروزابادی، فاطمه دریکوند
    مقدمه

    با توجه به افزایش نگرانی به مقاومت باکتری ها به انواع آنتی بیوتیک های رایج، لازم است دارو های جدیدی برای درمان بیماری های باکتریایی عرضه شوند؛ بنابراین، تلاش فراوان برای یافتن ترکیبات ضدمیکروبی با مکانیسم عمل متنوع جهت ممانعت از رشد باکتری ها باید صورت گیرد. درمان ترکیبی شامل آنتی بیوتیک های فعلی و سایر مولکول های بیولوژیکی یا شیمیایی از راهکارهای جدید و کارامد در مبازره علیه بیماری های باکتریایی است.

    مواد و روش ‏‏ها:

     در مطالعه حاضر فعالیت ضدباکتریایی سینرژیستی پپتید نوترکیب درماسپتین B1 جداشده از گیاهان توتون تراریخت در حالت منفرد و ترکیبی با اسانس گیاه پونه علیه پنج باکتری های زانتوموناس ترانس لوسنس، زانتوموناس پرفورانس، زانتوموناس سیتری، زانتوموناس گاردنری و سودوموناس سرینگه پتوار سرینگه با استفاده از شاخص غلظت بازدازنده افتراقی (FIC) در غلظت های مختلف بررسی شد.

    نتایج

    نتایج نشان دادند حداقل غلظت بازدارندگی پپتیدهای نوترکیب درماسپتین B1 و اسانس پونه علیه بیمارگرهای باکتریایی 50 میکروگرم بر لیتر و 6/4 میکروگرم بر لیتر به ترتیب مشاهده شد. محاسبه غلظت بازدارنده افتراقی (FIC شاخص) حاکی از اثرات هم افزایی با 49/0 FIC=اسانس پونه با پپتید های نوترکیب علیه باکتری ها بود.

    بحث و نتیجه‏ گیری: 

    نتایج این بررسی نشان می دهند پپتید های نوترکیب درماسپتین B1 می توانند به تنهایی یا در ترکیب با اسانس پونه برای کنترل بیماری های باکتریایی موثر باشند؛ با این حال به نظر می رسد بین پروتیین های نوترکیب و مواد موثره گیاه پونه ارتباط سینرژیستی وجود دارد.

    کلید واژگان: اسانس پونه، بیمارگر های باکتریایی، پپتید های نوترکیب، شاخص غلظت بازدارنده افتراقی
    Hosain Mirzaei *, Mitra Khademi, Farhad Nazarian, Firouzabadi, Fateme Derikvand
    Introduction

    Due to the increasing concern about the growing resistance of pathogenic bacteria to a variety of common antibiotics, it is vital to find and introduce new drugs to treat bacterial infections. To this end, intensive efforts need to be taken to find novel antimicrobial agents with diverse antimicrobial modes of action, preventing pathogen growth. Combination therapy using current antibiotics and other biological or chemical molecules might be efficient as an exciting new approach.

    Materials and Methods

    In the present study, the synergistic antibacterial activity of Dermastin B1 recombinant peptides isolated from transgenic T1 tobacco plants either alone or in combination with peppermint essential oils were evaluated against Xanthomonas translucen, Xanthomonas perforans, Xanthomonas citri, Xanthomonas gardneri and Pseudomonas syringae by measuring the Fractional Inhibitory Concentration (FIC) index at different concentrations.

    Results

    The results of this study showed that the MIC of Dermaseptin B1 peptides and the peppermint essential oils against bacteria were 50 µg/ml and 4.6 µg/ml, respectively. FIC index showed a synergistic effect of peppermint essential oils with Dermaseptin B1 recombinant peptide with FIC=0.49.

    Discussion and Conclusion

    The results of this study suggest that Dermasptin B1 recombinant peptides can be effective either alone or in combination with the peppermint essential oils to control bacterial infections. However, it seems that there is a synergistic effect between recombinant peptides and peppermint essential oils in combat against phytopathogens.

    Keywords: Peppermint essential oil, Bacterial pathogens, Recombinant peptides, Fractional inhibitory concentration index
  • حسین کمائی*، حمیدرضا عیسوند، ماشاالله دانشور، فرهاد نظریان

    به‏ منظور بررسی اثر محلول‏ پاشی روی و بور بر سهم انتقال مجدد مواد فتوسنتزی در عملکرد دانه گندم نان تحت تنش گرمای انتهایی، آزمایشی به‏ صورت کرت‏های خرد شده فاکتوریل با سه تکرار در شهرستان رامهرمز واقع در جنوب غربی ایران اجرا گردید. عوامل آزمایشی شامل تاریخ کاشت در دو سطح مناسب (30 آبان) و تاخیری (15 دی) به‏ عنوان عامل اصلی و محلول‏ پاشی در چهار سطح با آب (شاهد)، روی، بور و روی + بور و دو رقم گندم نان پیشتاز و چمران 2 به‏ صورت فاکتوریل به‏ عنوان عامل فرعی بودند. نتایج نشان داد که تنش گرمای انتهایی ناشی از تاخیر در کاشت انتقال مجدد مواد فتوسنتزی ذخیره‏ ای از ساقه و سنبله به دانه و سهم نسبی ذخایر ساقه و سنبله در عملکرد دانه را به‏ طور معنی‏ داری افزایش داد، اما میزان فتوسنتز جاری و سهم نسبی آن در عملکرد و عملکرد دانه هر دو رقم گندم نان را به‏ طور معنی‏ داری کاهش داد. محلول‏ پاشی روی و بور بجز میزان فتوسنتز جاری و سهم نسبی آن در عملکرد و عملکرد دانه، همه صفات مورد اندازه ‏گیری را در هر دو تاریخ کاشت مناسب و تاخیری به‏ طور معنی‏ داری کاهش داد. رقم چمران 2 نسبت به رقم پیشتاز در صفات میزان فتوسنتز جاری، سهم نسبی فتوسنتز جاری در عملکرد و عملکرد دانه از برتری معنی‏ داری برخوردار بود، اما در سایر صفات، رقم پیشتاز برتری معنی‏ داری داشت. در بین همه صفات مورد اندازه‏ گیری، فتوسنتز جاری بیشترین سهم را در افزایش عملکرد دانه هر دو رقم گندم نان در هر دو تاریخ کاشت مناسب و تاخیری داشت. به‏ طور کلی، استفاده از محلول‏ پاشی روی یا روی + بور در رقم چمران 2 به‏ عنوان بهترین ترکیبات تیماری به‏ منظور کاهش اثرات زیان‏بار تنش گرمای انتهایی و بهبود عملکرد دانه در هر دو تاریخ کاشت مناسب و تاخیری توصیه می‏شود.

    کلید واژگان: ارقام گندم، تاریخ کاشت، عناصر میکرو، فتوسنتز جاری
    Hossein Kamaei *, HamidReza Eisvand, Mashaallah Daneshvar, Farhad Nazarian
    Introduction

    Wheat (Triticum aestivum L.) is one of the most important sources of plant food for human among the main crops globally. High temperature resulting from delay in planting is one major environmental factor limiting growth and production of wheat, especially in tropical regions. Terminal heat stress during the last phases of wheat development especially in booting, heading, anthesis and grain filling stages of the spring wheat cultivars is considered as one of the major environmental constraints that drastically reduces grain yield and yield components of wheat in Khuzestan province and other warm and dry regions of Iran. Most of the Iranian soils have a high pH and calcareous nature, so absorption of nutrients is limited in these soils. Mineral nutrition of plants plays a critical role in increasing plant resistance to environmental stresses. Zinc is a ubiquitous micronutrient. It is required as a structural and functional component of many enzymes and proteins, and increases the yield and yield components of wheat. Boron is essential for pollen viability, flowering, fruiting and seed production. As a micronutrient, it plays a vital role in nitrogen metabolism, hormonal action, and cell division.

    Materials and Methods

    To evaluate the remobilization of photosynthetic materials and their contribution in the formation of grain yield of two bread wheat cultivars affected by terminal heat stress and zinc and boron foliar application, an experiment was conducted as split-split plot based on randomized complete blocks design with 3 replications in Ramhormoz city. The experimental factors were included planting date in two levels optimum (November 21) and late (January 5) to coincide growth terminal stages with high temperatures as the main factor, foliar application in four levels with water (control), zinc, boron and zinc + boron as the sub factor and two cultivars of bread wheat Pishtaz and Chamran 2 as the sub-sub factor.

    Results and discussion

    The results showed that terminal heat stress caused by delay in planting increased significantly traits of stored photosynthetic materials remobilization from stem and spike to seed and relative contribution of stem and spike reserves in grain yield, but decreased significantly traits of current photosynthesis and its relative contribution in yield, and grain yield of two bread wheat cultivars of Pishtaz and Chamran. Zinc and boron foliar application reduced significantly all of the above traits in both optimum and late planting dates except for the traits of current photosynthesis and its relative contribution in yield, and grain yield. Among the wheat cultivars cultivated, Chamran 2 cultivar had a significant advantage in traits of current photosynthesis and current photosynthesis relative contribution in yield and grain yield compared to Pishtaz cultivar, but in other traits this superiority was evident in Pishtaz cultivar.

    Conclusions

    In general, it can be attributed the main factor increasing grain yield of two bread wheat cultivars of Pishtaz and Chamran to improve current photosynthesis. As well as, it can be used from timely planting date, zinc and boron foliar application and suitable wheat cultivar such as Chamran 2 as three management strategies to reduce the harmful effects of terminal heat stress caused by late planting date in Ramhormoz city.

    Keywords: Current photosynthesis, Micro elements, Planting date, Wheat cultivars
  • سید سجاد سهرابی، احمد اسماعیلی*، فرهاد نظریان فیروزآبادی، حسین فلاحی
    میکرو RNAها (miRNAs) دسته ای از مولکول های ریز RNA، غیر کد کننده ی درون زا، با طولی حدود 24-18 نوکلیوتید محسوب می شوند که ژن های هدف را در سطح پس از رونویسی در گیاهان کنترل می کنند. همچنین این گروه از RNA ها نقش مهمی در رشد و نمو، فرآیندهای زیستی، تکثیر سلولی و پاسخ به تنش ها در گیاهان ایفا می کنند. تا به امروز، هیچ گونه گزارشی از شناسایی miRNA برای عدس ثبت نشده است، این در حالی است که چندین گزارش از وجود miRNA در سایر گونه های حبوبات وجود دارد. لذا در مطالعه حاضر به منظور پیش بینی و تحلیل miRNAهای حفاظت شده بالقوه و ژن های هدفشان در عدس، RNA کل از بافت برگ با استفاده از روش ترایزول استخراج شد و مورد توالی یابی قرار گرفت. ابتدا یونی ژن های غیر کننده به پروتئین شناسایی شدند و به عنوان توالی های کاندید پیش ساز miRNA در نظر گرفته شد. در نهایت از بین آن ها پنج miRNA با عناوین miR156، miR166، miR167، miR171 و miR391 متعلق به 5 خانواده حفاظت شده miRNA پس از یکسری فیلترهای سخت گیرانه شناسایی شد. علاوه بر این، mRNA ژن های هدف با استفاده از نواحی جفت شده با miRNAها پیش بینی شدند. در مجموع با توجه به نقش تنظیمی میرناهای شناسایی شده بر طیف وسیعی از ژن های پایین دستی شبکه های ژنی، می توان از این میرناها به عنوان ژن های کاندید در برنامه های به نژادی عدس با هدف بهبود عملکرد کمی و کیفی بهره برد.
    کلید واژگان: تجزیه محاسباتی، ریز RNA، ساختار ثانویه، عدس، miRBase
    Seyed Sajad Sohrabi, Ahmad Ismaili *, Farhad Nazarian, Fallahi Hossein
    MicroRNAs (miRNAs) are endogenous, noncoding, small RNA molecules consisting of 18-24 nucleotides (nts) that regulate target genes at the post-transcriptional level in plants. Also, this group of RNAs play a crucial role in development of plant, biological processes, cell proliferation and stress response. To date, no miRNAs have been identified in the lentil species although there are several reports on miRNAs in other legume species. Therefore, in this study, in order to identify and analysis of potential miRNAs and their target genes in lentil, total RNA from leaf tissue was extracted using with TRIzol method and was sequenced. Non-protein coding unigenes were identified and considered for candidates of miRNA precursor. Finally five miRNAs belonging to 5 highly conserved families were identified following a range of strict filtering criteria, designated as, lcu-miR156, lcu-miR166, lcu-miR167, lcu-miR171 and lcu-miR391. In addition, we predicted target mRNA genes form complementary base pair in seed region of miRNAs. Totally, due to the regulatory role of the identified miRNA on changing the range of downstream genes in the gene networks, it may be possible to use the identified microRNA as candidate genes in breeding programs aimed at improving the quality and quantity of lentil.
    Keywords: Computational analysis, MicroRNA, Secondary structure, Lentil, miRBase
  • مرضیه وارسته، فرهاد نظریان *، احمد اسماعیلی
    زمینه و هدف

    به دلیل افزایش مصرف آنتی بیوتیک ها و گسترش مقاومت های میکروبی، دستیابی به عوامل ضد میکروبی موثر جدید امری اجتناب ناپذیر است. یکی از راه های مقابله با طیف وسیعی از بیماری زاها، بیان پپتیدهای ضد میکروبی قوی است که بخشی از سیستم ایمنی ذاتی همه موجودات زنده محسوب می شوند. پپتید درماسپتین B1 یک پپتید کاتیونی قوی با اثرات ضد میکروبی بسیار بالا است.

    مواد و روش ها

    در این مطالعه توالی کدکننده پپتید درماسپتین B1 از قورباغه فیلومدوسا بایکالر به دو تکرار پشت سر هم از دمین اتصال به کیتین پروتئین Avr4 قارچ کلادوسپوریوم فلاوم متصل و سازه ژنی (CBD)2-DrsB1 پس از همسانه سازی در ریشه های موئین توتون بیان شد. بیان پپتید نوترکیب به کمک روش های مولکولی مورد تایید قرار گرفت. اثرات ضد میکروبی این پپتید نوترکیب بر باکتری های اشریشیا کولای، سودوموناس آروژینوزا، استافیلوکوکوس اورئوس، انتروکوکوس فکالیس، باسیلوس سوبتیلیس در محیط آزمایشگاهی مورد ارزیابی قرار گرفت.

    یافته ها

    نتایج نشان داد که عصاره پروتئین کل از کلون های تراریخت ریشه های موئین، اثرات ضد میکروبی معنی داری (0/05>P) بر رشد باکتری های بیماری زا داشتند. نتایج تعیین شاخص MIC نشان داد که جهت بازدارندگی از رشد باکتری های گرم منفی غلظت دو برابری از پپتید نوترکیب (CBD)2-DrsB1 در مقایسه با باکتری های گرم مثبت مورد نیاز بود.

    نتیجه گیری

    شواهد این مطالعه نشان داد که بیان و تولید پپتید نوترکیب (CBD)2-DrsB1 در سیستم ریشه های موئین می تواند راهکاری جهت تولید یک داروی ضد میکروبی جدید باشد.

    کلید واژگان: پپتید ضدمیکروبی، Dermaseptin B1، CBD، باکتری های بیمارگر انسانی
    Marzieh Varasteh, Farhad Nazarian*, Ahmad Ismaili

    New and effective antimicrobial agents are inevitable because of the increased use of antibiotics and spread of microbial resistance. The expression of antimicrobial peptides that are part of the inherent immune system of all organisms, is a novel approach of confronting a wide range of pathogens. Among the wide range of antimicrobial peptides, Dermaseptin B1 is a potent cationic peptide with strong antimicrobial activity. In this study, Dermaseptin B1 (DrsB1) coding sequence from Phyllomedusa bicolor frogs was fused to a tandem repeat of a chitin-binding domain (CBD) from Cladosporium fulvum Avr4 effector protein and expressed in tobacco Hairy Roots (HRs). The expression of recombinant (CBD)2-DrsB1 peptide was confirmed, using molecular methods and its antimicrobial activity was evaluated against Escherichia coli, Pseudomonas aeruginosa, Staphylococcus aureus, Enterococcus faecalis and Bacillus subtilis bacteria. The results of antimicrobial activity analysis demonstrated that the recombinant protein had a significant (P

    Keywords: Antimicrobial peptide, CBD, Dermaseptin B1, Human pathogenic bacteria
  • میترا خادمی، احمد اسماعیلی، فرهاد نظریان *
    سابقه و هدف

    بیمارگرهای مقاوم به آنتی بیوتیک های رایج، یکی از مهم ترین چالش های جهانی در علوم پزشکی است. یکی از راه کارهای مناسب در این زمینه، جایگزینی پپتیدهای ضدمیکروبی قوی به جای آنتی بیوتیک ها در کنترل بیمارگرهای مهم است.

    مواد و روش ها

     در این مطالعه تجربی، توالی DNA کد کننده پپتید ضدمیکروبیDermaseptin B1 (DrsB1) از قورباغه جداسازی و به توالی کدکننده دمین مسئول اتصال به کیتین پروتئین قارچی Avr4 به صورت دو سامانه ژنی متصل شد. ناقل های نوترکیب به صورت جداگانه به کمک باکتری Agrobacterium rhizogenes جهت تولید ریشه های مویین به ریزنمونه های برگی توتون منتقل شدند. استخراج پپتیدهای نوترکیب از ریشه های مویین توتون انجام  شد و فعالیت ضدمیکروبی آن ها علیه تعدادی از بیمارگرهای انسانی مهم مورد ارزیابی قرار گرفت.

    یافته ها

     آنالیزهای PCR و RT-PCR نیمه کمی به ترتیب انتقال ترانس ژن ها و بیان آن ها را در ریشه های مویین توتون مورد تائید قرار دادند. بررسی اثرات ضدمیکروبی پپتیدهای نوترکیب نشان داد که هر دو پپتید نوترکیب دارای
    اثرات بازدارندگی معنی داری (0/01< P) در جلوگیری از رشد بیمارگرهای باکتریایی بودند. بیش ترین اثر مهارکنندگی مربوط به پپتید نوترکیب CBD-DrsB1 بود و علیه باکتری های Enterococcus faecalis و Bacillus subtilis مشاهده شد، در صورتی که پپتید نوترکیب DrsB1-CBD علیه باکتری های Escherichia coli, Staphylococcus aureus و Pseudomonas aeruginosa دارای کمترین اثر ضدمیکروبی بود.

    استنتاج

    نتایج این  مطالعه برای اولین بار نشان داد که پپتیدهای نوترکیب دارای فعالیت ضدباکتریایی بالایی هستند. از آن جایی که ظهور مقاومت علیه پپتیدهای ضدمیکروبی در باکتری ها به سهولت امکان پذیر نیست، احتمالا راه کار این مطالعه بتواند جایگزین مناسبی برای داروهای شیمیایی با خواص آنتی بیوتیکی پیشنهاد کند.

    کلید واژگان: اگروباکتریوم رایزوژنز، بیان ژن، Dermaseptin B1، خاصیت ضد میکروبی
    Mitra Khademi, Farhad Nazarian, Firouzabadi*, Ahmad Ismaili
    Background and purpose

    Rapid emergence of traditional antibiotic-resistant pathogens is one of the most important global challenges in medical sciences. To this end, substitution of current antibiotics with strong antimicrobial peptides could be of great benefit.

    Materials and methods

    In this study, the DNA sequence encoding dermaseptin B1 (DrsB1) antimicrobial peptide derived from Phyllomedusa bicolor frog species was fused to either N or C terminal end of the sequence encoding the chitin-binding domain of the Avr4 gene from Cladosporium fulvum. The recombinant expression vectors containing two separate structures were transferred to Agrobacterium rhizogenes bacterium and then used to produce Hairy Roots (HRs) in tobacco plants. Recombinant dermaseptin B1 peptides were extracted from HRs and their antimicrobial activity was evaluated against some important human pathogens.

    Results

    Transgene integration and expression of recombinant DrsB1 in hairy roots were confirmed by PCR and semi-quantitative RT-PCR analysis, respectively. Antimicrobial activity of the protein extracts from transgenic HRs showed that both recombinant proteins had significant inhibitory effects on the bacterial pathogens growth (P>0.01). CBD-DrsB1 recombinant protein had the highest inhibitory activity against Enterococcus faecalis and Bacillus subtilis, whereas DrsB1-CBD recombinant protein showed the least antimicrobial activity against Escherichia coli, Staphylococcus aureus, and Pseudomonas aeruginosa.

    Conclusion

    To the best of our knowledge, this study for the first time showed that the new recombinant peptides possess a high antibacterial activity. Acquiring resistance to antimicrobial peptides in bacteria is not readily feasible, therefore, present findings may find application as suitable alternative for current antibiotic drugs.

    Keywords: Agrobacterium rhizogenes, gene expression, dermaseptin B1, antimicrobial
  • سجاد زارع، فرهاد نظریان *، احمد اسماعیلی، حسن پاک نیت
    مطالعه سازوکار‏های تحمل تنش در گیاه جو، می‏تواند به درک بهتر اساس ژنتیکی تحمل به تنش خشکی کمک کند و در نهایت به بهبود خصوصیات ژنتیکی مرتبط با تحمل به تنش خشکی از طریق روش‏های نوین ژنتیک مولکولی منجر شود. به منظور شناسایی و بررسی بیان ژن های درگیر در تحمل به تنش خشکی گیاه جو، تجزیه و تحلیل ESTهای برگ و ریشه در ژنوتیپ های اسپانتانئوم (جو وحشی) و رقم زراعی نیمروز (متحمل در برابر تنش خشکی) صورت گرفت. اطلاعات اولیه کتابخانه ها از پایگاه های جهانی دریافت گردید، سپس پیش پردازش داده ها و شناسایی ژن های مرتبط با بیان متفاوت در بین کتابخانه ها، به کمک نرم افزارهای بیوانفورماتیک متعددی صورت گرفت. به منظور بررسی بیان ژن های کاندید با استفاده از روش Real time-PCR، یک آزمایش به صورت فاکتوریل در قالب طرح کاملا تصادفی با سه تکرار روی ژنوتیپ ها به عنوان عامل اول و تیمار آبیاری (شاهد و آبیاری در50 درصد FC) به عنوان عامل دوم در گلدان صورت گرفت. همچنین عامل زمان نمونه برداری نیز در سه سطح صفر، 24 و 72 ساعت پس از اعمال تنش خشکی لحاظ شد. بر اساس میزان بیان ژن در شرایط تنش، دو ژن به نام های HvPIP1;4 (Plasma Membrane Intrinsic Protein 1;4) و HvnsLTP (Non-Specific Lipid Transport; nsLTP) به عنوان ژن های مهم درگیر در پاسخ به تنش خشکی در جو شناسایی شدند. بر اساس نتایج حاصل از بررسی بیان این ژن ها مشخص گردید که ژنوتیپ نیمروز به عنوان رقم متحمل از بیان بالاتری برای ژن های کاندید برخوردار بود، به طوری که ژن های PIP1;4 و nsLTP به ترتیب یک افزایش 98/95 و 54/53 برابری بعد از 72 ساعت نسبت به شرایط شاهد از خود نشان دادند. به علاوه، نتایج این مطالعه نشان داد که تغییرات میزان بیان ژن PIP1;4 در مقایسه با ژن  HvnsLTPجو در ژنوتیپ متحمل نیمروز بطور معنی داری (P<0.05) بیشتر از ژنوتیپ اسپانتانئوم بود. از آنجایی که این ژن حرکت آب و مواد محلول غیر باردار و دارای جرم مولکولی پایین را از شامه‏های پلاسمایی و تونوپلاست تسهیل می‏کند، این ژن احتمالا در روند تحمل به تنش خشکی نقش داشته باشد.
    کلید واژگان: آکواپورین، تجزیه و تحلیل بیوانفورماتیکی، شبکه ژنی، غشاء پلاسمایی
    Sajjad Zare, Ahmad Ismaili, Hassan Pakniyat, Farhad Nazarian *
    It is of great significance to understand the tolerance mechanisms by which plants deal with drought stress and application of these mechanisms for improvement of genotypes in response to drought stress. In order to identify and investigate the expression of genes involved in tolerance to drought stress, leaf and root EST were analyzed in Spontaneum (wild barley) and Nimruz (tolernt to drought stress) barley genotypes. The library's initial information was received from the databases and the bioinformatics services were used for the pre-processing and identify genes. In order to investigate the expression of candidate genes with Real time-PCR, a factorial experiment was conducted in a Completely Randomized Design in a pot with 3 replication. First factor included cultivars (Nimruz and Spontaneum) and second factor was irrigation (control and 50%FC). Also sampling times was considered at 3 levels of 0, 24 and 72 hours after drought stress. Two genes HvPIP1; 4 (Plasma Membrane Intrinsic Protein 1;4) and HvnsLTP(Non-specific lipid transport) were identified based on expression in stress conditions as important genes involved in response to drought stress in the barely. Based on the analysis of gene expression, it was found that Nimruz genotype as resistant cultivar had a higher expression for candidate genes. The expression of HvPIP1; 4 and HvnsLTP genes were 95.98 and 54.53fold after 72 hours, respectively. In addition, the results of this study showed that changes in HvPIP1; 4 gene expression were significantly (P <0.05) higher than the HvnsLTP in the Nimruz genotype in the compared to the spontanum genotype. So, this gene has key role in drought resistance in Barley.
    Keywords: Aquaporin, Bioinformatics Analysis, Gene Network, Plasma membrane
  • مهدی باقری ششده*، فرهاد نظریان فیروزآبادی، احمد اسماعیلی، محمد جواد اکرمی
    زمینه و هدف
    انتروکوکوس ها، پاتوژن های فرصت طلبی هستند که بیماری زایی آن ها ناشی از حضور چند ژن عامل بیماری زایی است. شیر الاغ منبع تغذیه ا ی جدید غیر آلرژیک برای انسان است؛ لذا بررسی الگوی مقاومت آنتی بیوتیکی و تشخیص حضور برخی ژن های مهم و موثر در بیماری زایی انتروکوکوس فکالیس های جداسازی شده از آن ضرورت دارد.
    روش بررسی
    در این مطالعه تجربی، تعدادی سویه انتروکوکوس فکالیس از شیر الاغ جمع آوری شد. الگوی مقاومت این سویه ها نسبت به ده آنتی بیوتیک از جمله ونکومایسین بر اساس پروتکل CLSI و با استفاده از آزمون فیشر مورد بررسی و مقایسه قرار گرفت. آزمون تکثیر ژن های بیماری زایی gelE، esp، ace، as و efaA به کمک PCR صورت گرفت.
    یافته ها
    سویه های انتروکوکوس فکالیس نسبت به آنتی بیوتیک های اریترومایسین و آزیترومایسین مقاوم و نسبت به آمپی سیلین و پنی سیلین حساس بودند. سویه های LUB93929 و LUB93101 جداسازی شده در مطالعه قبلی، به ترتیب نسبت به ونکومایسین حساس و مقاوم بودند. آزمون PCR نشان داد که هر دوسویه ی انتروکوکوس فکالیس به همراه سویه شاهد، دارای ژن های gelE،  efaA  و ace  بودند. ژن as تنها در یک سویه حضور داشت. در نهایت در هیچ کدام از سویه ها ژن esp مشاهده نشد.
    نتیجه گیری
    علیرغم وجود برخی ژن های بیماری زا و مقاومت به ونکومایسین در برخی از سویه ها، به دلیل عدم وجود مجموع فاکتورهای بیماری زایی، سویه های انتروکوکوس فکالیس شیر الاغ احتمالا بیماری زا نباشند. ژن  epsدر تشکیل بیوفیلم و اجتماع عفونت های بیمارستانی دخالت دارد، سویه های انتروکوکوس فکالیس شیر الاغ بیوفیلم تشکیل نمی دهند و از این رو به نظر می رسد که مشکل ساز نباشند.
    کلید واژگان: انتروکوکوس فکالیس، آنتی بیوگرام، ژن بیماری زایی، شیر الاغ
    Mehdi Bagheri Sheshadeh*, Farhad Nazarian, Firouzabadi, Ahmad Ismaili, Mohammad Javad Akrami
    Background and Aim
    Enterococcus species are opportunistic pathogens and their pathogenicity seems to be related to the presence of a number of pathogenicity genes. Since donkey’s milk is a new non-allergenic source of nutrition, this study was performed to assess the antibiogram and detection of pathogenicity genes in some Enterococcus faecalis isolates from donkey’s milk.
    Materials and Method
    In this experimental study, several Enterococcus faecalis strains were isolated from donkey’s milk. Resistance patterns of the isolates to 10 antibiotics including vancomycin were investigated based on CLSI protocol. Statistical comparison was made by Fisher's exact test. Polymerase chain reaction (PCR) amplification was used to study gel E, esp, ace, as and efaA pathogenicity related genes.
    Results
    Enterococcus faecalis isolates showed a different antibiogram pattern. Isolates were resistant to azithromycin, and erythromycin, but were susceptible to ampicillin and penicillin. Previously isolated LUB93929 and LUB93101 isolates were found to be susceptible and resistance to vancomycin, respectively. GelE, ace and efaA genes were detected in both Enterococcus faecalis isolates and also in E. faecalis in the control strains. The aggregation substance gene (as) was only amplified in LUB93101 isolate. Interestingly, esp gene was not detected in any of the isolates.
    Conclusion
    Despite resistance to vancomycin and presence of some pathogenicity related genes in this study, E. faecalis isolates may not be human pathogens due to lack of pathogenic factors. The esp gene is crucial for biofilm formation and rise of nosocomial infections. Donkey’s milk Enterococcus faecalis isolates are not able to form biofilm and seem not to bring any problem.
    Keywords: Enterococcus faecalis, Antibiogram, Pathogenicity genes, Donkey’s milk
  • حسین کمایی، حمیدرضا عیسوند*، ماشاالله دانشور، فرهاد نظریان
    به‏منظور بررسی اثرات تاریخ کاشت، کود زیستی فسفاته و محلول‏پاشی روی و بور بر شاخص سطح برگ، دوام سطح برگ، محتوای نسبی آب برگ پرچم، پایداری غشای سلول، عملکرد کوانتومی فتوسیتم II، میزان پرولین برگ و عملکرد دانه گندم نان (رقم افلاک)، آزمایشی به‏صورت اسپلیت پلات فاکتوریل در قالب طرح پایه بلوک‏های کامل تصادفی با 16 تیمار و سه تکرار در طی سال زراعی 95-1394 در شهرستان رامهرمز اجرا گردید. عامل‏های آزمایشی شامل تاریخ کاشت (30 آبان و 15 دی) به‏عنوان عامل اصلی، کود زیستی فسفاته (بارور 2) در دو سطح (عدم مصرف و مصرف به‏صورت بذر مال) به‏عنوان عامل فرعی و محلول‏پاشی در چهار سطح (آب به‏عنوان شاهد، روی، بور و ترکیب روی +  بور (هر کدام سه لیتر در هکتار)) به‏عنوان عامل فرعی فرعی بودند. محلول‏ها برای محلول‏پاشی از طریق کلات- روی هفت و نیم درصد و بور پنج درصد آماده گردید. با تاخیر در کاشت به‏دلیل تنش گرمای انتهایی غیر از میزان پرولین برگ کلیه صفات شاخص سطح برگ (LAI)، دوام سطح برگ (LAD)، محتوای نسبی آب برگ پرچم (FLRWC)، پایداری غشای سلول، عملکرد کوانتومی فتوسیتم II (ΦPSII) و عملکرد دانه به‏طور معنی‏داری کاهش یافت. تلقیح بذر با کود زیستی فسفاته اثرات زیانبار ناشی از تاخیر در کاشت را بر صفات فوق کاهش داد. در بین سطوح مختلف محلول‏پاشی عناصر غذایی، کاربرد تلفیقی روی + بور در مقایسه با کاربرد مجزای هر یک از آنها در کاهش اثرات زیانبار ناشی از تاخیر در کاشت موثرتر بود. اما زمانی‏که بذرها قبل از کاشت با کود زیستی فسفاته آغشته شدند، محلول‏پاشی مجزای عنصر روی تاثیر بیشتری در بهبود صفات LAI، LAD، FLRWC، پایداری غشای سلول، ΦPSII، میزان پرولین برگ و افزایش عملکرد گندم نان در هر دو تاریخ کاشت مناسب و تاخیری داشت.
    کلید واژگان: تنش گرما، عناصر غذایی کم مصرف
    Hossein Kamaei, Hamid Reza Eisvand*, Mashaallah Daneshvar, Farhad Nazarian
    To study effects of planting date, phosphate Bio-fertilizer and foliar application of Zinc and Boron on leaf area index, leaf area duration, leaf relative water content, cell membrane stability, quantum efficiency of PSII, leaf proline content and grain yield of bread wheat (Aflak cultivar), an experiment was conducted as split-plot factorial based on randomized complete blocks design with 16 treatments and 3 replications in Ramhormoz city during farming year 2015-2016. The experimental factors were included planting date (November, 21and January, 5) as the main factor, phosphate bio-fertilizer (Barvar 2) in two levels (non-used and using as seed inoculation) as the sub factor and foliar application in four levels (water as a control, Zinc, Boron and combination Zinc + Boron (each 3 lit.h-1)) as sub-sub factor. Solutions for foliar application were prepared by using Zinc- chelate (7.5%) and Boron (5%). With delay in planting due to terminal heat stress except leaf proline content all traits leaf area index (LAI), leaf area duration (LAD), flag leaf relative water content (FLRWC), cell membrane stability, quantum efficiency of PSII (ΦPSII) and grain yield were decreased significantly. Seed inoculation with phosphate bio-fertilizer reduced harmful effects resulting from delay in planting on above traits. In between the different levels of nutrients foliar application, the combined application of Zinc + Boron<span style="font-family:;" dir="RTL" new="" b="" roman";"="" roman";="" "times="" lotus";=""> as compared to the separate application for each of them was more effective in reducing the harmful effects resulting from delay in planting. But when the seeds were inoculated before planting with phosphate bio-fertilizer, the separate application Zinc element had more influence in improving the traits of LAI, LAD, FLRWC, cell membrane stability, ΦPSII, leaf proline content and increase yield of bread wheat in both optimum and late planting date.
    Keywords: Heat stress, Micronutrient
  • فرهاد نظریان فیروزآبادی*، اعظم بدرحداد، علی شیخیان
    مقدمه
    پپتیدهای ضد میکروبی یکی از اجزاء مهم سیستم ایمنی ذاتی گیاهان و جانوران محسوب می شوند. شناسایی، انتقال و بیان پپتیدهای ضد میکروبی جدید با استفاده از فن آوری های DNA نوترکیب در گیاهان، یک راهکار مقرون به صرفه برای تولید ترکیبات ضد میکروبی با مصارف دارویی است.
    مواد و روش ها
    در این مطالعه تجربی، یک سامانه ی ژنی حاوی یک ژن پپتید ضد میکروبی امیگانان به کمک اگروباکتریویوم تومفاشینز به دو گیاه توتون و سیب زمینی انتقال داده شد. پس از کشت بافت، حضور ژن کد کننده ی پپتید ضد میکروبی به کمک PCR اثبات و تعدادی گیاه تراریخت از هر دو گیاه انتخاب شدند. پروتئین کل از گیاهان تراریخت انتخابی استخراج و تاثیر آن بر برخی میکروب های مهم انسانی؛Escherchia coli ، Staphylococcus epidermis ، Pseudomonas aeruginosa Salmonella typhi ، Staphylococcus aureus، Bacillus cereus و Candida albicans به روش انتشار در دیسک بررسی شد.
    یافته ها
    پروتئین کل گیاهان تراریخت در مقایسه با گیاه غیر تراریخت، به طور معنی داری (01/0P<) مانع رشد بیشتر میکروب ها شد. تفاوت معنی داری (01/0P<) بین گیاهان تراریخت از نظر میزان بازدارندگی از رشد میکروب ها مشاهد شد. برخلاف باکتری های گرم منفی، حضور پپتید امیگانان در عصاره گیاهان تراریخت تاثیر معنی داری (05/0P<) روی باکتر های گرم مثبت نداشت.
    بحث و نتیجه گیری
    عصاره پروتئینی گیاهان بیان کننده ی پپتید امیگانان از رشد میکروب های بیماریزای انسانی جلوگیری کرد. با خالص سازی پپتید می توان از این پپتید به عنوان یک پپتید با توانایی ضد میکروبی استفاده کرد. این روش فرصتی را فراهم می آورد تا پپتیدهای ضد میکروبی را در گیاهان برای مصرف در صنایع داروسازی تولید نمود.
    کلید واژگان: اگروباکتریوم تومفاشینز، پاتوژن، پپتید ضد میکروبی، پروتئین نوترکیب، توتون
    Farhad Nazarian, Firouzabadi *, Azam Badr Hadad, Ali Sheikhian
    Background
    Antimicrobial peptides are one of the vital components of innate immunity in plants and animals. The identification and introduction of novel and effective peptide molecules to plants is a cost-effective way both to improve the resistance of crop plant species to pathogens, and to produce peptides for pharmaceutical applications by using recombinant DNA technology.
    Material and Methods
    An expression construct containing the omiganan (MBI-226) antimicrobial gene sequence was cloned and used for tobacco and potato Agrobacterium tumefaciens-mediated transformation. Following tissue culture, Polymerase chain reaction analysis (PCR) confirmed that some kanamycin resistant plants are transgenic. A number of transgenic plants, along with a non-transgenic control, were selected. Total protein was extracted from the transgenic plants, and the non-transgenic control, and was used for antimicrobial activity assay against some human pathogens, including; Escherchia coli, Staphylococcus epidermis, Pseudomonas aeruginosa, Salmonella typh, Staphylococcus aureus, Bacillus cereus, Candida albicans using the disc diffusion method.
    Results
    Total protein extract from transgenic plants was significantly (P<0.05) able to inhibit the majority of bacteria growth, whereas non-transgenic total protein extract did not inhibit human pathogens growth. There was a significant difference (P<0.05) between transgenic lines with respect to omiganan peptide activity. In contrary to gram-negative bacteria, omiganan peptide did not have a significant effect (P>0.05) on human gram-positive pathogenic bacteria.
    Conclusion
    The total protein from the omiganan-expressing peptide had a strong antibacterial activity against some human bacterial pathogens. By expression and purification of the omiganan peptide, the peptide could be used as an antibiotic to destroy pathogenic bacteria. This approach could open an opportunity to produce antibacterial peptides in plants for pharmaceutical applications.
    Keywords: Antimicrobial peptides, Agrobacterium tumefaciens, Pathogen, Recombinant protein, Tobacco
  • حسین رحیم سروش، احمد اسماعیلی، علی اکبر عبادی، فرهاد نظریان *، مریم حسینی

    به منظور شناسایی QTLهای اصلی و اپیستاتیک و برهمکنش آن ها با محیط برای برخی صفات مهم زراعی برنج، تعداد 242 لاین خالص نوترکیب از دو جمعیت نسل F6حاصل از تلاقی IR67017-180-2-1-2 / علی کاظمی (جمعیتIRA) و صالح / علی کاظمی (جمعیتSA) در دو منطقه مورد ارزیابی قرار گرفتند. نقشه پیوستگی دو جمعیت با استفاده از 87 نشانگر ریزماهواره (SSR)، 1356 سانتی مورگان از ژنوم برنج را با فاصله متوسط 58/15سانتی مورگان بین نشانگر ها پوشش داد. در مجموع بیست QTL اصلی و 33 QTL اپیستاتیک با آثار مثبت و منفی شناسایی شدند. تعداد پنج QTLاصلی و پنج QTL اپیستاتیک دارای برهمکنش معنی دار با محیط بودند و هشت QTLاصل یوده QTLاپیستاتیک کنترل کننده صفات زراعی مطلوب شناسایی شدند که هیچ گونه برهمکنش معنی داری با محیط نداشتند. اینQTLها شامل: دوQTL اصلی و دو QTL اپیستاتیک برای کاهش ارتفاع بوته، سه QTLاصلی و سه QTL اپیستاتیک برای کاهش تاریخ خوشه دهی، یک  QTLاصلی و یک QTL اپیستاتیک برای افزایش طول خوشه و دو QTL اصلی و چهارQTL اپیستاتیک برای افزایش عملکرد دانه بودند که بین 11/12 درصد (qHD6) تا 24/5درصد (qGY1) از تنوع فنوتیپی صفات مربوطه را توجیه کردند. بنابراین، از این QTLهای مطلوب می توان در برنامه هرمی کردن ژن ها برای بهبود صفات مورد مطالعه استفاده کرد. همچنین، شش نشانگر پیوسته (RM421، RM178، RM3441، RM5101، RM7551 و RM5302) با فاصله کم تر از پنج سانتی مورگان با این QTLها شناسایی شدند که می توان از آن ها در برنامه های انتخاب به کمک نشانگر به منظور به نژادی لاین های برنج برای صفات مطلوب در نسل های در حال تفکیک استفاده کرد.

    کلید واژگان: اپیستازی، عملکرد دانه، لاین های خویش آمیخته نوترکیب، نقشه پیوستگی
    Hossein Rahimsoroush, Ahmad Esmaeili, Ali Akbar Ebadi, Farhad Nazarian *, Maryam Hosseini

    To detect main and epistatic QTLs and their environmental interactions for rice important agronomic traits, 242 recombinant inbred lines (RIL) from two F6 rice populations derived from crosses between Alikazemi / IR67017-180-2-1-2 (IRA population) and Ali Kakami / Saleh (SA) cultivars were evaluated in two locations. Results of the present experiment showed that the linkage map of the two populations using 87 polymorph microsatellite markers (SSR) covered 1356.0 cM of rice genome with an average distance of 15.58 cM between two markers. A total of 20 main QTLs (M-QTLs) and 33 epistatic QTLs (E-QTLs) were identified with positive and negative effects. Five M-QTLs and five E-QTLs had a significant interaction with the environment. Eight M-QTLs and ten E-QTLs with significant effect on agronomic traits were stable and did not have any significant interaction with the environment. These QTLs include two M-QTLs and two E-QTLs for reducing plant height, three M-QTLs and three E-QTLs for decreasing heading date, an M-QTL and an E-QTL for increasing panicle length and two M-QTLs and four E-QTLs to increase grain yield. These main QTLs explained 11.12% (qHD6) and 24.5% (qGY1) phenotypic variation, respectively. Therefore, such useful QTLs can be used for gene pyramiding programs to improve rice agronomical traits. Furthermore, six linked SSR markers (RM421, RM178, RM3441, RM5101, RM7551 and RM5302) were identified with less than 5 cM distance from important QTLs, suggesting that such SSR markers can be used in marker-assisted selection to select rice lines with desirable traits in segregation generations.

    Keywords: Epistasis, Grain yield, Linkage map, Recombinant inbred lines
  • فردوس دارابی، عبدالله احتشام نیا *، فرهاد نظریان، زینب رویین
    آگاهی از تنوع ژنتیکی، پیش شرط اصلی و اولین گام در اصلاح گیاهان می باشد. در همین راستا، این پژوهش به بررسی تنوع ژنتیکی 20 رقم گل داوودی (.Chrysanthemum morifolium Ramat) با استفاده از نشانگر مولکولی SSR پرداخته است. نشانگرهای مورد استفاده، در مجموع توانستند 731 باند با اندازه 128 تا 404 جفت باز ایجاد کنند. تعداد باند در آغازگرهای مختلف، دامنه ای از 22 تا 96 عدد باند در ارقام مورد بررسی بود. میانگین تعداد آلل موثر برای 12 ترکیب آغازگری، 25/1 آلل بود که بیشترین تعداد آلل موثر در پنج آغازگر JH09، JH52، JH72، JH30 و JH47 با تعداد 2 آلل مشاهده شد. درصد چندشکلی باندها در ارقام، بالا (100 درصد) بود. PIC در ارقام مورد بررسی، از 26/0 تا50/0 متغیر و به ترتیب مربوط به آغازگر JH42و JH31بود. دندروگرام حاصل از تجزیه کلاستر ارقام در فاصله 61/0 ضریب تشابه، ارقام را در هفت خوشه اصلی قرار داد. تجزیه به مولفه های اصلی نشان داد که شش مولفه اول در مجموع بیش از 60 درصد از کل تغییرات را توجیه کردند. در مجموع، شش آغازگر JH09،JH11، JH52، JH72، JH30 و JH47 می توانند به عنوان آغازگرهای مفید و مطلوب برای تفکیک ژنوتیپ ها و ارقام گل داوودی معرفی شوند.
    کلید واژگان: شاخص نشانگری، گل داوودی، محتوای اطلاعات چندشکل، نشانگر ریزماهواره
    Ferdos Darabi, Abdollah Ehteshamn, Nia *, Farhad Nazarian, Firouzabadi, Zeynab Roein
    Awareness of genetic diversity is a prerequisite and the first step in plant breeding. In this regard, the present study investigates the genetic diversity of 20 cultivars of Chrysanthemum (Chrysanthemum morifolium. Ramat) using SSR molecular markers. The markers used in total were able to create 731 bands with sizes from 128 to 404 bp. The number of bands in different primers were range from 22 to 96 bands in the cultivars studied. The average number of effective alleles for 12 primers was 1.25 alleles with the highest number of effective alleles in five primers JH09, JH52, JH72, JH30 and JH47 with 2 alleles. The polymorphism of the bands in the cultivars were high (100%). The PIC in the cultivars under study were from 0.26 to 0.50, respectively, and related to the JH42 and JH31 primers. The dendrogram obtained from the cluster analysis of cultivars in a similarity coefficient of 0.61 placed the cultivars in the seven main clusters. The analysis of the main components showed that the first six components justify more than 60% of the total variation. Overall, six primers JH09, JH11, JH52, JH72, JH30 and JH47 can be introduced as useful and desirable for separation of genotypes and cultivars of Chrysanthemum.
    Keywords: Chrysanthemum, Markers Index, Polymorphic Information Content, SSR Molecular Markers
  • عاطفه علی بخشی، فرهاد نظریان فیروزآبادی ، احمد اسماعیلی
    بیمارگرهای گیاهی، حشرات و علف های هرز سالانه بیش از 30 درصد از محصولات کشاورزیرا نابود می کنند. برای کنترل باکتری های بیمارگر گیاهی، به طور فزاینده ای از سموم شیمیایی باکتری کش استفاده شده است که ضمن ایجاد مقاومت در بیمارگرها، باعث مخاطراتی برای سلامت انسان و محیط زیست می شوند. از این رو، اصلاح گیاهان مقاوم به باکتری های بیماری زا، راهکاری ارزشمند و پایدار محسوب می شود. پپتیدهای ضد میکروبی (AMP) بخشی از سیستم ایمنی موجودات زنده ای مانند گیاهان هستند که برای مقابله با بیمارگرهای بیماری زا تولید می شوند. تولید پروتئین های مختلف مانند پپتیدهای ضد میکروبی در ریشه های موئین گیاهان، یک ابزارمناسب برای تولید و ارزیابی فعالیت این قبیل از پروتئین ها است. هدف از این مطالعه، تولید پپتید ضد میکروبی نوترکیب درماسپتین (DrsB1) B1 در ریشه های موئین توتون تراریخت به کمک اگروباکتریوم ریزوژنز (Agrobacterium rhizogenes) وبررسیاثرات ضد باکتریایی آن بود. در همین راستا توالی DNA ی کدکننده پپتید DrsB1 یک نوع قورباغه پس از بهینه سازی ترجیح کدونی، سنتز و در ناقل بیانی pGSA1285 تحت کنترل پیش بر 35S (3×) همسانه سازی گردید. سامانه ی ژنی حاوی توالی کد کننده DrsB1 به واسطه ی اگروباکتریوم ریزوژنز به ریشه های توتون منتقل گردید. ریشه های موئین تراریخت به کمک روش های مولکولی تایید شدند. بررسی خاصیت ضد میکروبی عصاره پروتئینی ریشه های موئین تراریخت نشان داد که پروتئین نوترکیب قادر است از رشد باکتری های بیمارگر گیاهی Pectobacterium carotovorum، Erwinia amylovora و Xanthomonas citri جلوگیری کند. پپتید DrsB1بیشترین اثرات ضد میکروبی را به ترتیب روی باکتری های بیماری زای گیاهی P. carotovorum، X. citri و E. amylovora نشان داد. نتایج این مطالعه ممکن است در تولید گیاهان تراریخت حاوی پپتیدهای ضد میکروبی برای تولید گیاهان تراریخت مقاوم به پاتوژن های گیاهی امیدوار کننده باشد.
    کلید واژگان: باکتری کش، به نژادی، پروتئین، مقاومت، مهندسی ژنتیک
    Atefeh Alibakhshi, Farhad Nazarian, Firouzabadi, Ahmad Ismaili
     
    Background and Objectives
    Plant pathogens, insects and weeds contribute to more than 30% of crop losses annually. Toxic chemical bactericides have been extensively used to control plant pathogenic bacteria. These chemicals pose a health threat to humans and the environment and eventually lead to resistance of pathogens. Hence, breeding cultivars resistance to bacterial pathogens is a valuable and sustainable solution. Antimicrobial peptides (AMP) are a part of the immune system of all living organisms, including plants, to combat pathogenic bacteria. Hairy roots (HRs) system is a valuable tool to produce and evaluate the activity of AMPs in planta. The aim of this study was to produce a Dermaseptin B1 (Drs-B1) recombinant AMP in transgenic tobacco HRs using Agrobacterium rhizogenes and test its antibacterial activities.
    Material and
    Methods
    The DNA encoding sequence of a Drs-B1 peptide of a frog was codon optimized based and synthesized in the pGSA1285 expression vector under the control of 35S CaMV promoter (×3). A gene cassette containing the Drs-B1 gene was introduced to tobacco roots by Agrobacterium rhizogenesis mediated transformation.
    Results
    The transgenic HRs were confirmed by molecular methods. Antimicrobial activity of the protein extracts from transgenic HRs showed that the recombinant protein was able to prevent Pectobacterium carotovorum, Erwinia amylovora and Xanthomonas citri plant pathogenic bacteria growth. The anti-bacterial effects of Drs-B1 peptide against plant pathogenic bacteria were in the order of X. citri> E. amylovora >P. carotovorum.
    Discussion
    The peptide present in transgenic DrsB1-expressing HRs clones inhibited devastating plant pathogenic bacteria growth, suggesting that DrsB1 retains its antibacterial activity in plant cells. The results of present study may open promising opportunities to produce transgenic plants expressing antimicrobial peptides resistance to plant pathogens
    Keywords: Bactericide, Genetic engineering, Plant Breeding, Protein, resistance
  • میترا شهبازی، فرهاد نظریان فیروزآبادی*، امیدعلی اکبرپور
    گل داوودی ((Chrysanthemum morifolium یکی از مهم ترین گیا هان زینتی دنیا ست که نقش مهمی در رونق صنعت گل و گیا هان باغی در دنیا دارد. آگاهی از تنوع ژنتیکی گل داوودی، یکی از پیش نیاز های به نژادی این گیاه در جهت اهداف مهم اقتصادی است. نشانگر های مولکولی سهم به سزایی در تشخیص و معرفی تنوع ژنتیکی بین و درون گونه ای دارند. در همین راستا، تنوع ژنتیکی تعدادی از ارقام گل های داوودی موجود در ایران با استفاده از توالی یابی قسمتی از rDNA به کمک آغازگر های ITS4 و ITS5 بررسی شد. فاصله ژنتیکی ارقام داوودی از 05/0 تا 15/10 متغیر بود که نشان دهنده ی تنوع ژنتیکی در بین ارقام ایرانی گل داوودی بود. درخت فیلوژنی گونه های گل داوودی به روش پارسیمونی ترسیم شد و ارقام را به دو کلاد اساسی، یکی مربوط به کلاد موریفولیوم و دیگری کلاد مربوط به بقیه گونه های داوودی، تقسیم نمود که نشان دهنده ی قدرت نشانگر ITS در نشان دادن تنوع ژنتیکی بین ارقام گل داوودی بود. در درخت تبارشناسی، تمام ارقام ایرانی در کلاد موریفولیوم قرار گرفتند که نشان می دهد احتمالا تمام ارقام ایرانی از یک ژنوتیپ یا توده منشا گرفته اند. نتایج تبار شناسی ارقام داوودی نشان داد که تغییرات و تنوع ژنتیکی فراوانی در جنس گل داوودی مشاهده می شود. این موضوع نشان می دهد که در جریان تکامل، دو رگ گیری های درون گونه ای، بین گونه ای و حتی بین جمعیتی در این گیاه سبب ایجاد تنوع فوق العاده ای شده است که در نتیجه می توان از آن ها در کارهای به نژادی استفاده کرد.
    کلید واژگان: تنوع ژنتیکی، داوودی، نشانگر مولکولی، ITS
    Mitra Shahbazi, Farhad Nazarian, Firouzabadi *, Omid Ali Akbarpour
    Chrysanthemum (Chrysanthemum morifolium) is one of the most important ornamental plants which plays a significant role in the development of gardening industry in the world. The knowledge of genetic diversity is one of the prerequisite criteria for Chrysanthemum breeding with important economic goals. Molecular markers have a significant share in elucidation of inter and intra species genetic diversity. To this end, genetic diversity of a number of Iranian cultivars was molecularly investigated by sequencing a part of rDNA, using ITS4 and ITS5 primers. Genetic distance between Chrysanthemum cultivars ranged from 0.05 to 10.15, demonstrating the power of ITS region in revealing the genetic diversity among cultivars of morifolium, suggesting Iranian cultivars have been genetically improved from morifolium species. Genetic diversity assessment of Iranian Chrysanthemum cultivars demonstrated that presumably inter, intra species or even inter population hybridization may have been involved in creating enormous genetic diversity among Chrysanthemum cultivars.
    Keywords: Genetic diversity, Chrysanthemum morifolium, Molecular marker, ITS
  • اثر محلول پاشی کود نانو کلات آهن بر عملکرد و صفات رشدی ارقام نخود دیم
    یونس میر*، ماشااله دانشور، فرهاد نظریان، حامد خسروی
    به منظور بررسی اثر تغذیه برگی آهن بر عملکرد و اجزای عملکرد ارقام نخود دیم آزمایشی به صورت فاکتوریل با دو عامل در قالب طرح بلوک های کامل تصادفی با سه تکرار در سال زراعی 92-91 در دانشکده کشاورزی دانشگاه لرستان اجرا گردید. عامل اول رقم(آزاد، هاشم و لاین ILC482) و عامل دوم محلول پاشی کود نانو کلات آهن(عدم محلول پاشی، 1، 2 و 3 در هزار در هکتار) بود. نتایج نشان داد که اثر متقابل رقم در کود آهن بر صفات ارتفاع بوته، طول غلاف، تعداد شاخه فرعی، تعداد غلاف در بوته، تعداد دانه در غلاف و عملکرد دانه معنی دار شد و بر صفات درصد پوکی غلاف، وزن صد دانه و عملکرد بیولوژیک نخود تاثیر معنی داری نداشت. بالاترین تعداد شاخه فرعی، تعداد غلاف در بوته و عملکرد بیولوژیک از اثر متقابل لاین ILC482 در سطح 3 در هزار محلول پاشی نانو کودکلات آهن حاصل شد. بیشترین عملکرد دانه(به میزان 1296 و 1238 کیلوگرم در هکتار) به ترتیب از اثر متقابل لاین ILC482 در سطح 3 و 2 در هزار محلول پاشی نانو کودکلات آهن حاصل شد، بنابراین به طورکلی با توجه به کاهش هزینه های تولید و ملاحظات زیست محیطی لاین ILC482 به همراه سطح 2 در هزار محلول پاشی نانوکودکلات آهن جهت کسب عملکرد دانه مناسب برای شرایط دیم منطقه آزمایش و مناطق اقلیمی مشابه توصیه می شود.
    کلید واژگان: اجزای عملکرد، بقولات، ریزمغذی، عملکرد دانه
    Effect of foliar application nano iron chelate on Yield and growth traits of chickpea cultivars
    Younes Mir*, Mashaalah Daneshvar, Farhad Nazarian, Hamed Khosravi
    To evaluate the effect of iron foliar feeding of micronutrient on yield and yield components of chickpea, a factorial experiment with two factors in a randomized complete block design with three replications was conducted (crop season, 2012-2013). Factors were Azad, Hashem, ILC482 line as cultivar and iron chelated fertilizer foliar application(one, two and three part per thousand). The results of the study showed that the effect of iron fertilizer × cultivar on Plant height, pod length, number of secondary branches, number of pods per plant, number of seeds per pod and seed yield was significantly(p≤.05) and the characteristics of unfilled pods, seed weight and biological yield of peas had no significantly(p≤.05). The highest number of secondary branches, number of pods per plant and biological yield was obtained from combination ILC482 line in three per thousands foliar fertilizer iron nano chelate. ILC482 line Produced The highest grain yield (1296 and 1238 kg/ he-1) was obtained when both 2 and 3 part per thousand iron micronutrient was used, the interaction of. Due to lower production costs and environmental considerations, it is recomneded to apply two part per thousands of iron nano chelated foliar fertilizer (manufactured by issuing Ahrar East) ILC482 line to achieve reasonable yield for rainfed conditions in the region and other region with similar climates.
    Keywords: Fabaceae, Grain yield, Micronutrients, Yield components
  • مژگان پنجو، فرهاد نظریان فیروزآبادی، احمد اسماعیلی*، هادی احمدی
    سویا (Glycine max) یکی از گیاهان زراعی مهم است که سرشار از مقادیر زیادی پروتئین و روغن می باشد. به منظور ارزیابی تنوع ژنتیکی 45 ژنوتیپ سویای مورد کشت در ایران، از دو نوع نشانگر مولکولی (RAPD و ISJ) استفاده شد. در این مطالعه، قدرت تفکیک آغازگرهای IT (تکثیر اینترون) و ET(تکثیر اگزون) با هم مقایسه شد و داده های حاصل از هر یک از نشانگرها به صورت جداگانه و در ترکیب با یکدیگر مورد تجزیه و تحلیل قرار گرفت. ده آغازگر RAPD در مجموع 103 باند قابل امتیازدهی را تکثیر نمودند که 60 درصد آن ها چندشکل بودند. از طرف دیگر 15 آغازگر ISJ در مجموع 129 باند مشخص تولید کردند که 87 درصد آن ها چندشکل بودند. تجزیه کلاستر بر اساس معیار ضریب تطابق ساده و روش UPGMA صورت گرفت. ضریب کوفنتیک برای نشانگرهای RAPD و ISJ به ترتیب 95 و 81 درصد بود. تجزیه کلاستر داده ها نشان داد که نشانگرهای مولکولی ISJ برای مطالعات تنوع ژنتیکی در سویا بهتر از RAPD هستند. علاوه بر این، بین دو گروه آغازگرهای IT و ET تفاوت معنی داری مشاهده نشد. نتایج این مطالعه نشان داد که نشانگرهای مولکولی ISJ به ویژه آغازگرهای ET، برای ارزیابی تنوع ژنتیکی در سویا، از کارایی لازم برخوردارند.
    کلید واژگان: تنوع ژنتیکی، سویا، نشانگر مولکولی، ISJ، RAPD
    Mozhgan Panjoo, Farhad Nazarian, Firouzabadi, Ahmad Ismaili*, Hadi Ahmadi
    Soybean (Glycine max) is an important crop plant which contains a high amount of oil and protein. To evaluate the genetic diversity of 45 soybean genotypes growing in Iran، two types of molecular markers (RAPD and ISJ) were used. Two sets of different primers were used to compare potential differentiation power of IT (Intron targeting) and ET (Exon targeting) primers. Data obtained from each molecular marker was analyzed separately and in combination. Ten RAPD primers amplified 103 scoreable bands from which 60% were polymorphic، whereas 15 ISJ primes resulted to 129 sharp bands from which 87% were polymorphic. Cluster analysis was carried out based on simple matching coefficient of similarity and UPGMA method. The cophenetic coefficient for RAPD and ISJ markers were 0. 95 and 0. 81، respectively. Cluster analysis revealed that ISJ molecular markers were better in genetic diversity studies than RAPD markers in soybean genotypes. Furthermore، significant variation was not found between two groups of IT and ET primers (P≤ 0. 01). Results of this study suggested that ISJ molecular markers especially ET primes are reliable tools to investigate genetic diversity among soybean genotypes.
    Keywords: Genetic Diversity, Glycine max, ISJ, RAPD, Soybean
  • فرهاد نظریان فیروزآبادی*
    نشاسته پلی ساکاریدی مرکب از واحدهای گلوکز است که از دو جزء آمیلوز و آمیلوپکتین تشکیل شده است. آمیلوز ترکیبی خطی از واحدهای گلوکز (4-1)α است، اما آمیلوپکتین نسبتا دارای شاخه های (6-1)α فراوانی است. بسته به نوع گونه گیاهی و محل ساخت و ساز نشاسته، نسبت این دو جز متغیر است، اما به طور کلی در بیشتر گونه ها میزان آمیلوز در حدود 20 درصد است. اگرچه این پلی ساکارید مهم به همان شکلی که در گیاه تولید می شود دارای کاربردهای متعددی در صنایع غذایی، دارویی و... است، اما استفاده از آن به همین شکل و بدون اعمال تیمار های فیزیکو-شیمیایی با محدودیت های فراوانی مواجهه است و لذا چندان مناسب کاربردهای صنعتی نمی باشد. درست به همین دلیل و برای تولید نشاسته هایی با خصوصیات مطلوبی چون حداقل پس رفت (Retrogradation) و پایداری در چرخه های متعدد ذوب و انجماد مجدد (Freez-thaw stability)، در نهایت نسبت به تیمار نشاسته با مواد شیمیایی اقدام می شود. صرف نظر از هزینه بر بودن چنین تیمارهایی در صنعت، نگرانی در مورد سلامت بشر و آلودگی محیط زیست را می توان از مضرات دیگر این روش ها برشمرد. دست ورزی در سطح آنزیم های دخیل در بیوسنتز نشاسته امکان اصلاح کیفیت نشاسته تولیدی در گیاهانی مانند سیب زمینی، کاساوا، ذرت، گندم، برنج و... را فراهم آورده است. به منظور تغییر در خصوصیات فیزیکو-شیمیایی نشاسته به کمک راهکارهای مهندسی ژنتیک، از آنزیم های جالب توجهی از منابع میکروبی متعددی استفاده می شود تا در جریان بیوسنتز نشاسته، بتوانند تغییرات مورد نظر را در داخل آمیلوپلاست اعمال کنند. خاموش سازی ژن های درگیر در بیوسنتز نشاسته و یا افزایش بیان آن ها، منجر به تولید نشاسته هایی با خصوصیات فیزیکو شیمیایی متفاوت شده است. همچنین تولید بیوپلیمرهای که واحدهای سازنده ی آن ها به غیراز (4-1)α و (6-1)α به صورت پیوندهای (3،6-1)α و (4،6-1)α و یا ترکیبی از این ها به هم متصل شده باشند، به دلیل اهمیت این بیوپلیمرها در صنعت، در حال حاضر از جمله زمینه های تحقیقاتی مهم امروزی است.
    کلید واژگان: بیوپلیمر، دست ورزی، گلوکان سوکراز، نشاسته
    Farhad Nazarian, Firouzabadi*
    Starch¡ a complex carbohydrate¡ is a polymer of glucose residues. It occurs in two main forms: amylose¡ consisting of predominantly linear chains of glucose units linked by α(1-4) glycosidic bonds¡ and amylopectin¡ in which the chains are highly branched by the addition of α(1-6) glycosidic bonds. Depending upon the plant species and the site of storage¡ the proportion between these two components varies. In most plant species¡ amylose comprises about 20% of the starch and the rest is amylopectin. Although in its native form it has some applications in food and non-food industries¡ the properties of currently available starches (native starch) do not comply with most industrial standard and enhanced commercial applications. To obtain starches with particular properties such as starches with lower retrogradation and more freeze-thaw stability¡ starch is often chemically modified. Manipulation of the starch structure with chemical reactions or additives will eventually impart certain properties which are desired for industrial uses. Techniques including cross-linking (to strengthen against shear) or acetylation (to reduce the retrogradation) are the most common starch modifications. The use of chemicals¡ however¡ may not only cause concern over health and safety¡ but there is also a cost involved with the chemical modification. Knocking out/ over expression of genes involved in starch biosynthesis¡ has resulted to alteration of starch physic-chemical properties. Production of biopolymers consisting of glucose residues linked by α(1-3) and α(1-6) or an alternatives [(α(1-3¡6)¡ α(1-4¡6)] of these linkages¡ are among hot topics in polysaccharides research fields.
    Keywords: Biopolymers, Glucan sucrase, Manipulation, Starch
  • Farhad Nazarian, Firouzabadi*, Ahmad Ismaili, Sayed Mahmoud Zabeti
    Extraction of intact quality DNA from plant tissues, especially those rich insecondary metabolites, is often challenging. Literally, hundreds of different DNAisolation protocols from various plant species have been published over the last decades.Although many commercial DNA isolation kits are convenient and designed to be safe,their cost and availability cause limitations in small molecular labs in many developingcountries. In nearly all protocols and DNA isolation kits, phenol and chloroform areused to precipitate various classes of impurities. However, phenol is partially soluble inwater, resulting in the co-existence of proteins in upper (aqueous) phases. Thisphenomenon results in the contamination of the nucleic acids and low quality DNA.Nanotechnology advances have helped many areas of molecular biology such as thedevelopment of new diagnosis and purification kits. In this study, for the first time, wereport a different approach to isolate DNA from plants based on carbon nanotubes(CNTs). The results show that the phenol reagent stack on CNTs can effectively removeproteins, polysaccharides and other polyphenol constituents. The A260/A280nmabsorbance ratios of isolated DNA samples were 1.9 and 1.8 for chamomile and opiumplants, respectively, indicating the high purity of the isolated DNA. DNA yield wasmore than two times the standard Doyle and Doyle method. Furthermore, the isolatedDNA proved amenable to PCR amplification, using Random Amplified PolymorphicDNA (RAPD) analysis.
    Keywords: DNA isolation, Carbon nanotube, Phenol, Plants
  • سیدمحمود ضابطی، احمد اسماعیلی*، حسن مداح عارفی، فرهاد نظریان فیروزآبادی، عبدالحسین رضایی نژاد، فرزانه مجیری
    سابقه و هدف
    آویشن یکی از بزرگ ترین و معروف ترین جنس های خانواده نعناعیان است. گونه های آویشن معمولا به عنوان جوشانده گیاهی، ادویه، چاشنی غذا و گیاه دارویی استفاده می شوند. گونه Thymus Pubescens اغلب می تواند در مناطق شمال و غرب ایران رشد کند. توصیف گیاهان بوسیله نشانگرهای مولکولی یک راه کار مطلوب برای اصلاح و حفاظت از منابع ژنتیکی گیاهی است.
    مواد و روش ها
    دوازده توده T.Pubescens که از نواحی مختلف ایران جمع آوری شده بودند، بوسیله 30 آغازگر تصادفی جهت ارزیابی چندشکلی غربال شدند. استخراج DNA ژنومی از نمونه ها بر اساس روش خانوجا و همکاران با کمی تغییرات انجام گرفت. تشابه ژنتیکی بوسیله ضریب تشابه جاکارد محاسبه شد و دندوگرام بوسیله روش UPGMA ترسیم گردید.
    یافته ها
    از کل آغازگرها، 27 آغازگر انتخاب شده 360 باند تولید کردند که 273 باند چندشکل بودند. میانگین تعداد باند برای هر آغازگر 33/13 بود که 11/10 باند چندشکل بودند. میانگین محتوای اطلاعات چندشکلی 35/0 برآورد شد. تجزیه کلاستر اطلاعات بوسیله الگوریتم UPGMA و همچنین تجزیه به مولفه های اصلی این 12 توده را به سه گروه عمده تقسیم نمودند.
    بحث و نتیجه گیری
    نتایج نشان داد که روش RAPD، برای برآورد تنوع ژنتیکی در جمعیت های آویشن کوهی مناسب و مفید است. در مجموع نیم رخ RAPD توده های آویشن را براساس توزیع جغرافیایی از همدیگر تمیز داد.
    کلید واژگان: Tymus Pubescens، چندشکلی، نشانگر RAPD
    Sayed Mahmoud Zabeti, Ahmad Ismaili *, Hasan Madah, Arefi, Farhad Nazarian, Firouzabadi, Abdolhossein Rezaeinejad, Farzaneh Mojiri
    Aim and
    Background
    Thymus is one of the largest and the most famous genus of Lamiacae. Thymus species are commonly used as herbal tea, condiment, spice and medicinal plants. T.Pubescens most can be grown in north and west of Iran. Characterization of plants using molecular markers is an ideal approach for improvement and conservation of plant genetic resources.
    Materials And Methods
    A total number of 12 accessions, collected from different localities of Iran, were screened with 30 random primers to evaluate polymorphism. DNA extraction carried out using Khanoja method with modification. Genetic similarity was estimated using the Jaccard coefficient and dendrogram was constructed using the UPGMA method.
    Results
    Selected 27 primers generated 360 bands, 273 of which were polymorphic. Each primer produced an average 13.33 bands per primer, of which 10.11 were polymorphic. The average of polymorphism information content (PIC) was 0.35. Cluster analysis of data using UPGMA algorithm placed the 12 accessions into three main clusters and the principal component analysis placed the 12 accessions into three groups.
    Conclusion
    Results indicated that RAPD method is sufficiently informative and powerful to estimate the genetic diversity in T.Pubescens populations. In addition, RAPD profile showed well discrimination of thymus accessions according to their geographical dispersion.
    Keywords: Thymus pubescens, Polymorphism, RAPD Molecular marker
  • Nasim Akhshi, Kianoush Cheghamirza, Farhad Nazarian, Firouzabadi, Hadi Ahmadi
    In order to choose an efficient breeding procedure, it is necessary to have knowledge of the genetic system controlling agronomically important traits. Common bean is one of the major legumes containing large amount of proteins and other valuable nutrients. The aim of this study was to determine genetic parameters for yield and yield components, using six generations (P1, P2, F1, F2, BC1, and BC2) derived from DERAKHSHAN × AND1007 and GOLI × D81083 crosses of common bean. A field experiment for these six generations was carried out in a randomized complete block design with three replications. The measurements included seed yield, pod weight, pod number per plant, seed number per pod, seed number per plant, and 100 seed weight. Generation mean analysis with three-parameter genetic model showed inadequacy of additive-dominance simple model to illustrate the genetic mechanism of the evaluated traits. Significant differences for two or more individual scaling tests (A, B, C, and D) in both crosses were recorded. Hayman six parameters genetic model suggested that both dominance and epistasis effects were important for most of the evaluated traits. Furthermore, expression of some traits in both crosses was affected by additive gene effects. Broad sense heritability was high for all traits except 100 SW in DER × A1007 cross. Estimation of narrow sense heritability range was moderate for most traits. For SY and traits where portion of non-additive gene effect was higher, it is possible to exploit heterosis using the plant materials in this study.
    Keywords: generation mean analysis, heritability, yield, common bean
  • Hamideh Ofoghi, Fereshteh Yavari, Farhad Nazarian
    To increase the production level of heterologous proteins in plants, strategies such as choice of stronger promoters, optimization of codon usage and specific localization of foreign proteins are of major concern. Calcitonin (CT), a 32 amino acid polypeptide is a powerful and specific inhibitor of bone resorption and is used to treat several human diseases. Calcitonin activity is not species-specific which make it possible to produce in various animal sources, however, antibody formation in the prolonged application of animal CT leads to gradual decrease or loss of activity. That is why the long term treatment of human patients with CT requires homologous calcitonin. In this study, a human calcitonin (hCT) gene, driven by two different promoters (granule bound starch synthase I and Cauliflower mosaic virus 35S) was expressed in potato plants, using Agrobacterium-mediated transformation. Molecular analysis, including PCR, RT-PCR, Northern dot blot hybridizations showed that hCT could be successfully transcribed in transgenic potato plants. The immunoassay results showed that tissue specific expression in potato, led to almost five-fold more hCT accumulation when compared to the constitutively expression in all plant tissues.
بدانید!
  • در این صفحه نام مورد نظر در اسامی نویسندگان مقالات جستجو می‌شود. ممکن است نتایج شامل مطالب نویسندگان هم نام و حتی در رشته‌های مختلف باشد.
  • همه مقالات ترجمه فارسی یا انگلیسی ندارند پس ممکن است مقالاتی باشند که نام نویسنده مورد نظر شما به صورت معادل فارسی یا انگلیسی آن درج شده باشد. در صفحه جستجوی پیشرفته می‌توانید همزمان نام فارسی و انگلیسی نویسنده را درج نمایید.
  • در صورتی که می‌خواهید جستجو را با شرایط متفاوت تکرار کنید به صفحه جستجوی پیشرفته مطالب نشریات مراجعه کنید.
درخواست پشتیبانی - گزارش اشکال