جستجوی مقالات مرتبط با کلیدواژه « leptosphaeria maculans » در نشریات گروه « گیاهپزشکی »
تکرار جستجوی کلیدواژه «leptosphaeria maculans» در نشریات گروه «کشاورزی»-
Leptosphaeria maculans is a fungus of the phylum Ascomycota that is a causal agent of blackleg disease on canola (Brassica napus L.). Due to the high diversity and worldwide distribution, L. maculans has been widely studied as a model phytopathogenic fungus. Simple sequence repeats (SSRs) are robust molecular markers widely used for population diversity research. This study utilized whole-genome sequencing data of four Iranian L. maculans isolates (Pk4, Ar3, Ar5, and Alam10). We compared them with the JN3 reference genome to identify and compare different types of SSRs, including perfect (SSRs), compound (cSSR), imperfect (iSSR) and variable tandem number repeats (VNTR) motifs. The average length of SSRs was estimated to be 155.692 kb, accounting for 0.36% of the total genome. An average of 7138 SSR motifs with a frequency of one SSR per 169.5 bp, including an average of 33.86% tri, 25.69% di, 14.48% mono, 10.87% tetra, 8.52% hexa, 6.58% penta-nucleotide repeats, were identified from assembled genomic sequences. Of the total SSRs identified in the Pk4 isolate, 459 motifs were identified in CDS regions. Approximately 13% of the identified SSRs were linked to cSSRs. The average cSSR loci density for four isolates was 487.32 bp/Mb, and C, AG and AC were the most frequent SSR motifs. The assessed isolates' cSSRs lengths ranged from 24 to 295 bp. The largest common cSSRs in four isolates were identified as a motif (GA)26-(CAGAGA)15 with a length of 142 bp. The tri-nucleotide (AAT) was the most common iSSRs motif, followed by di, tetra, mono, hexa, and penta-nucleotides. About 30% of iSSRs contained the AAT, AT, and AAG motifs. Among the 7 to 30 nucleotide motifs, 7, 8, 9, and 10 motifs showed the most occurrences. In addition, 11 motifs with more than 100 nucleotides were found in the studied isolates and the reference genome. The data demonstrate that these results can be used to characterize L. maculans isolates from diverse hosts and geographic locations and are transferable to other isolates of L. maculans.
Keywords: Blackleg, SSRs, Leptosphaeria maculans, NGS} -
این بررسی به منظور تفکیک گونه مهاجم maculansLeptosphaeriaو غیر مهاجم L.biglobosa عوامل بیماری ساق سیاه کلزا، با تعیین ارتباط رشد پرگنه، تولید رنگدانه و پیکنیدیوم 49 جدایه از این عوامل در چهار محیط غذایی و چهار دما (مجموع 784 تیمار) در سه زمان بررسی و سه تکرار انجام گرفت. نتایج تجزیه و تحلیل داده ها نشان داد بین جدایه ها از نظر رشد پرگنه در محیط های غذایی و تیمارهای دمایی و اثرات متقابل آنها اختلاف معنی داری وجود داشت. تنوع در تولید رنگدانه و پیکنیدیوم در محیط های کشت V8، MEA، PDA، CDB و CDA در هر دو گونه مشاهده شد. بیشترین رشد پرگنه بعد از 12 روز در دمای 30 درجه سانتی گراد در محیط (05/48 میلی متر) و کمترین آن در دمای 15 درجه سانتی گراد (01/17 میلی متر) و در محیط زاپک مشاهده شد. بیشترین میزان تولید رنگدانه در PDA و دمای 30 درجه سانتی گراد و کمترین آن در محیط MEA و دمای 15 درجه سانتی گراد مشاهده گردید. در محیط های و زاپک عمدتا رنگدانه قهوه ایی و در محیط های PDA و MEA رنگدانه زرد-نارنجی رویت شد. 78/93 درصد جدایه ها در محیط زاپک مایع تولید رنگدانه کردند. جدایه های L.maculans قطر پرگنه و سرعت رشد کم و در مقابل جدایه های L.biglobosa دارای رشد پرگنه و سرعت رشد بیشتری بودند. بر اساس نتایج داده های بدست آمده و اطلاعات قبلی بیماریزایی موجود، جدایه های مناطق دشت ناز، اسلام آباد، فاضل آباد، کوهی خیل و بیکار آیش مربوط به گونه مهاجم L.maculans و جدایه های تلوکلا، لالا و خالخیل و همچنین جدایه روی خردل در گونه غیر مهاجم L.biglobosaقرار گرفتند.
کلید واژگان: Leptosphaeria maculans, L.biglobosa, ساق سیاه, محیط کشت و کلزا}This study has carried out for distinguishing of Leptosphaeria maculans and L. biglobosa (aggressive and non-aggressive groups respectively) using colony growth, ability for pycnidium and pigment production in four mediums and temperatures of Forty nine isolates (Zaman Mirabadi et al., 2010) (totally 784 treatments) in three replication and three times. The result of analysis variation has shown that significant difference between isolates considering colony growth in the different mediums and temperature treatments. The maximum and the minimum colony growth was observed in 30⁰c –v8 juice Agar (48.05 mm) medium and 15⁰c-Czapek Dox Agar (17.01 mm) respectively after 12 days. The greatest and lowest pigment production in the different temperature was observed in PDA and MEA (except in 30⁰c). The minimum and maximum pigment production was observed in 15⁰c and 30⁰c respectively. The percentage of presence yellow-orange and brown pigment was variable in the different treatments. Brown pigment in V8 and CDA was dominated while yellow- orange was seen in PDA and MEA. 93.78 % isolates produced pigment in Czapek Dox Broth. The maximum pycnidium production was observed in V8 and 20⁰c. According to the obtained results, Dasht-Naz, Eslamabad, Fazelabad, Kohi khail and bykar ayesh were belonged to aggressive species (L.maculans) and Talokola, Lala, Khalkhail and mustard isolate too were located as L.biglobosa.
Keywords: Leptosphaeria maculans, L.biglobosa, blackleg, medium culture, oilseed rape} -
کلزا به عنوان یکی از مهمترین محصولات تولید روغن در سراسر دنیا بوده است و بیماری ساق سیاه با عامل بیمارگر Leptosphaeria maculans ازبیماری های مهم آن در ایران است. از بین گروه های بیماری زایی، گروه بیماری زایی1 PG- برای عامل بیمارگر L. biglobosa و PG-2و PG-T برای L. maculans از شمال ایران گزارش شده است (Fernando et al. 2007، Mirabadi et al. 2010). نمونه های آلوده کلزا از قسمت های گوناگون گیاه با علایم تغییر شکل، رنگ پریدگی و حضور پکنیدیوم در سال 95-1392 از مزارع شمال ایران جمع آوری شدند. صد و دو جدایه بدست آمده از بافت های آلوده ابتدا بر اساس مورفولوژی جدایه هاو تشگیل رنگدانه (Boerema et al. 2004) و سپس بر اساس مولکولی با استفاده از واکنش زنجیره ایی پلیمراز با جفت آغازگراختصاصی به عنوانL. maculans شناسایی شدند (Liu et al. 2006 ). پیکنیدهای قارچ عامل بیماری سیاه رنگ، با سلول پایه متورم، قسمت هایی از پیکنیدیوم همراه با قطرات صورتی کم رنگ در انتهای منفذ برآمده دیده شدند. سلولهای آسک قلوه ای شکل و کشیده باریک دارای هشت اسپور بودند. علاوه بر آن همه جدایه ها در گروه عامل بیمارگر پر آزار با استفاده از جفت آغازگر اختصاصی تعیین بیماری زایی، شدند. بیماریزایی جدایه های قارچ عامل بیماری با تعیین غلظت سوسپانسیون سلولی کنیدی (2×107 )در هر میلی لیتر و سپس محلول پاشی اسپورها در مرحله برگچه های اولیه روی ارقام افتراقی وستار، کوینتا و گلاسیر انجام شد. همه گیاهان تلقیح شده در شرایط اتاقک رشد با دمای Co22 و رطوبت نسبی 80% با فاصله زمانی 16 ساعت روشنایی و تاریکی نگهداری شدند. گروه بیماری زایی 32 جدایه بر روی سه رقم افتراقی گلاسیر، کوینتا و وستار از نظر حضور لکه های نکروزه یا هاله کلروتیک و تشکیل پیکنید مطابق روش کن و فرناندو (Chen and Fernando 2006) مشخص شدند (شکل 1). شانزده جدایه در گروه بیماری زایی PG-4 قرارگرفتند و توسط توانایی آنها در تولید اسپور و واکنش حساسیت روی سه رقم افتراقی مشخص شدند. سه جدایه PG-3 روی ارقام وستار و گلاسیر اسپور می دهند و ایجاد زخم های قهوه ایی و بدون اسپور روی رقم کوینتا می کنند. نتایج نشان داده است، که از بررسی تغییرجمعیت قارچ بیمارگر در توسعه روش موفقیت آمیز در مدیریت بیماری می توان استفاده نمود.کلید واژگان: Leptosphaeria maculans, کلزا, گروه های بیماری زایی}The rapeseed (Brassica napus) is an important oilseed crop throughout the world for oil production. Blackleg disease which caused by Leptosphaeriamaculans is one of the most important disease of rapeseed in Iran. Among pathogenicity groups PG-1 (Leptosphaeria biglobosa) and PG-2, PGT (L. maculans) has been reported on rapeseed from Mazandaran and Golestan provinces of northern Iran (Fernando et al. 2007, Mirabadi et al. 2010). The samples (leaves, stem, flowers and seed) with symptoms of diseases such as discoloration, deformation, wrinkled and presence of pycnidia were collected during 2013-2016 from canola crops in North Iran. In addition, some of the stem debris with stem canker symptoms was examined for the presence and absence of pathogen sexual (perfect) state. Diseased tissues (leaves, stems, flowers and seed) were surface sterilized to obtain pathogen isolates following the procedure described by West et al. (2002) and Chen et al. (2010). Single ascosporic cultures of the fungus were isolated from psedothecia using the method developed by Li et al. (2004). In all 102 isolates when the causal pathogen was isolated from infected tissues, it was identified as L. maculans, by colony morphology/ pigment production on potato dextrose agar (PDA) and potato dextrose broth (PDB) respectively (Boerema et al. 2004), and species specific polymerase chain reaction (PCR) (Liu et al. 2006). The pycnidia of the fungus were black, globose to subglobose in shape, parts of pycnidia have pale pink droplet overflowed from the ostiole and Asci are clavate to cylindrical, bitunicate and 8 spores. Moreover, all isolates were classified as highly virulent using PCR with virulence type specific primers (Kuusk et al. 2002). Thirty-two isolates of L. maculans were used for determining the pathogenicity test using a cotyledon inoculation method. Pathogenicity of the isolates was confirmed by spraying a conidial suspension of the fungus (2×107 conidia mL-1) on cotyledons of Westar, Quinta and Glacier cultivars. All plants were maintained in a growth chamber at 22°C with 16 h light period and relative humidity of 80%. The first review of the plants was performed after 5 days and changes during experimenting plants have been observed after 12 days using the scale of 09 developed by Chen & Fernando (2006) which 0 to 3 reaction was considered as resistant (R), 4 to 6 as intermediate (I) and 7 to 9 as susceptible (S) (Fig. 1). Sixteen of isolates were classified as belonging to pathogenicity group PG-4. They were characterized by their ability to sporulate on the three differential hosts (S=7-9). Three isolates were PG-3, they sporulated on Westar and Glacier, and caused brown, non sporulating lesion on Quinta (I=4-6). The remaining isolates belonged to PG-2 and PGT. Moreover, our findings provided evidence that L. maculans (PG-4) is present on oilseed rape seeds in the North Iran. Our results showed that an understanding of possible shift in fungus populations will be of value in developing strategies for successful management of blackleg disease such as longer rotation between canola crops, new resistant cultivars against all PG isolates and strict regulations concerning crop seed trade. In addition, the current study is the first report on the identification of L. maculans (PG-3, PG-4) from oilseed in Northern Iran.Keywords: Leptosphaeria maculans, Canola, pathogenicity group}
-
خصوصیات آسکوسپورهای هشت جمعیت قارچ های عوامل بیماری ساق سیاه کلزا Leptosphaeria maculans و L. biglobosa در استان های مازندران و گلستان جداسازی شده از بقایای کلزا و خردل وحشی مورد ارزیابی قرار گرفت. نتایج تجزیه واریانس طول و عرض آسکوسپورها نشان داد که اختلاف معنی داری در سطح 1% در جمعیت های هر دو گونه وجود دارد. تغییرات طول و عرض آسکوسپورها به ترتیب 25/6 و 5/2 میکرومتر از بالاترین تغییرات دامنه طول و عرض آسکوسپورهای دیگر مطالعات انجام شده در جهان بیشتر بود. همچنین اختلاف معنی داری از نظر طول لوله تندش پس از 4، 16 و 24 ساعت از آزمایش مورد بررسی مشاهده گردید. هاگ های جنسی جمعیت مناطق دشت ناز ساری، کوهی خیل و فاضل آباد دارای تعداد لوله تندش بیشتر، کوتاهتر، پیچ خورده و با منشاء از سلول های میانی بودند در صورتیکه در جمعیت مناطق لالا، مازاروستاق و خالخیل لوله تندش بلندتر، صاف و از سلولهای طرفین منشاء گرفته بود که با در نظر گرفتن خصوصیات مربوط به ریخت شناسی لوله تندش، به ترتیب هاگ های جنسی بخشی از جمعیت های بررسی شده مکان های اول را تیپ های بیماری زا L. maculansو اکثر جمعیت های مناطق دوم را تیپ غیر بیماری زا L. biglobosaتشکیل می دهد. با توجه به بالا بودن درصد جوانه زنی اغلب جمعیت های قارچ عامل بیماری ساق سیاه کلزا در این بررسی، می توان نتیجه گرفت که بیشتر جمعیت ارزیابی شده از مناطق مختلف، متعلق به گروه غیر بیماری زا است. با توجه به خصوصیات لوله تندش جمعیت های قارچ بر روی خردل وحشی، این جمعیت ها غیربیماری زا تشخیص داده شد. رابطه ایی بین خصوصیات مربوطه به لوله تندش جمعیت های قارچ بر روی خردل و بیماریزا بودن آن مشاهده نشد.کلید واژگان: کلزا, ساق سیاه, Leptosphaeria maculans, Leptosphaeria biglobosa, هاگ جنسی}Ascospore dimensions of eight populations of Leptosphaeria maculans and L. biglobosa, causal agents of rapeseed blackleg disease, isolated from debris of rapeseed (Brassica napus) and wild mustard (Sinapis arvensis) were evaluated in Mazandaran and Golestan provinces. Results of ANOVA indicated significant differences in the dimensions of ascospores of the different populations. The greatest length and width of sexual spores were 87.5 and 12.5 micrometer, respectively. Variations in the range of Length and width of ascospores in the studied populations was measured, 46.25 and 7.5 micrometer, respectively also these variations were 6.25 and 2.5 micrometers greater than the dimensions of ascospores reported by other studies in the world. The length of sexual spores isolated from stem debris of mustard was much bigger than those of canola. Germination percentage of most studied populations was more than reported in other studies, so likely the most of studied populations of different regions belong to non aggressive group. Sexual spores of aggressive types have greater number of germ tubes, shorter in length, twisted and originate from the middle cells. While in the nonaggressive type the germ tubes grow out of end cells and are not twisted. With regard to morphological characteristics of sexual spore germ tube and also cotyledon test characteristics, field symptoms, pigment production and colony growth rate it was determined that ascospores of the studied populations from Dasht-e-Naz of Sari, Kohikheil and Fazel Abad were of the aggressive type (L. maculans) and most of population in Lala, Mazarustaq and Talookola areas belonged to nonaggressive type (L. biglobosa). There was no correlation between germ tube characteristics of fungus populations on mustard and their pathogenicity.Keywords: Rapeseed, Blackleg, Leptosphaeria maculans, Leptosphaeria biglobosa, Ascospore}
-
خصوصیات آسکوسپورهای هشت جمعیت قارچ های عوامل بیماری ساق سیاه کلزا Leptosphaeria maculans و L. biglobosa در استان های مازندران و گلستان جداسازی شده از بقایای کلزا و خردل وحشی مورد ارزیابی قرار گرفت. نتایج تجزیه واریانس طول و عرض آسکوسپورها نشان داد که اختلاف معنی داری در سطح 1% در جمعیت های هر دو گونه وجود دارد. تغییرات طول و عرض آسکوسپورها به ترتیب 25/6 و 5/2 میکرومتر از بالاترین تغییرات دامنه طول و عرض آسکوسپورهای دیگر مطالعات انجام شده در جهان بیشتر بود. همچنین اختلاف معنی داری از نظر طول لوله تندش پس از 4، 16 و 24 ساعت از آزمایش مورد بررسی مشاهده گردید. هاگ های جنسی جمعیت مناطق دشت ناز ساری، کوهی خیل و فاضل آباد دارای تعداد لوله تندش بیشتر، کوتاهتر، پیچ خورده و با منشاء از سلول های میانی بودند در صورتیکه در جمعیت مناطق لالا، مازاروستاق و خالخیل لوله تندش بلندتر، صاف و از سلولهای طرفین منشاء گرفته بود که با در نظر گرفتن خصوصیات مربوط به ریخت شناسی لوله تندش، به ترتیب هاگ های جنسی بخشی از جمعیت های بررسی شده مکان های اول را تیپ های بیماری زا L. maculansو اکثر جمعیت های مناطق دوم را تیپ غیر بیماری زا L. biglobosaتشکیل می دهد. با توجه به بالا بودن درصد جوانه زنی اغلب جمعیت های قارچ عامل بیماری ساق سیاه کلزا در این بررسی، می توان نتیجه گرفت که بیشتر جمعیت ارزیابی شده از مناطق مختلف، متعلق به گروه غیر بیماری زا است. با توجه به خصوصیات لوله تندش جمعیت های قارچ بر روی خردل وحشی، این جمعیت ها غیربیماری زا تشخیص داده شد. رابطه ایی بین خصوصیات مربوطه به لوله تندش جمعیت های قارچ بر روی خردل و بیماریزا بودن آن مشاهده نشد.کلید واژگان: کلزا, ساق سیاه, Leptosphaeria maculans, Leptosphaeria biglobosa, هاگ جنسی}Ascospore dimensions of eight populations of Leptosphaeria maculans and L. biglobosa, causal agents of rapeseed blackleg disease, isolated from debris of rapeseed (Brassica napus) and wild mustard (Sinapis arvensis) were evaluated in Mazandaran and Golestan provinces. Results of ANOVA indicated significant differences in the dimensions of ascospores of the different populations. The greatest length and width of sexual spores were 87.5 and 12.5 micrometer, respectively. Variations in the range of Length and width of ascospores in the studied populations was measured, 46.25 and 7.5 micrometer, respectively also these variations were 6.25 and 2.5 micrometers greater than the dimensions of ascospores reported by other studies in the world. The length of sexual spores isolated from stem debris of mustard was much bigger than those of canola. Germination percentage of most studied populations was more than reported in other studies, so likely the most of studied populations of different regions belong to non aggressive group. Sexual spores of aggressive types have greater number of germ tubes, shorter in length, twisted and originate from the middle cells. While in the nonaggressive type the germ tubes grow out of end cells and are not twisted. With regard to morphological characteristics of sexual spore germ tube and also cotyledon test characteristics, field symptoms, pigment production and colony growth rate it was determined that ascospores of the studied populations from Dasht-e-Naz of Sari, Kohikheil and Fazel Abad were of the aggressive type (L. maculans) and most of population in Lala, Mazarustaq and Talookola areas belonged to nonaggressive type (L. biglobosa). There was no correlation between germ tube characteristics of fungus populations on mustard and their pathogenicity.Keywords: Rapeseed, Blackleg, Leptosphaeria maculans, Leptosphaeria biglobosa, Ascospore}
- نتایج بر اساس تاریخ انتشار مرتب شدهاند.
- کلیدواژه مورد نظر شما تنها در فیلد کلیدواژگان مقالات جستجو شدهاست. به منظور حذف نتایج غیر مرتبط، جستجو تنها در مقالات مجلاتی انجام شده که با مجله ماخذ هم موضوع هستند.
- در صورتی که میخواهید جستجو را در همه موضوعات و با شرایط دیگر تکرار کنید به صفحه جستجوی پیشرفته مجلات مراجعه کنید.