کلونینگ ژن POL ویروس HIV-1 و تعیین زیر گروه های آن

شناسایی تنوع ژنتیکی و سیر تکاملی ویروس HIV در کشور، به بررسی مولکولی پیوسته و مداوم نیاز دارد که بتواند اطلاعات مفیدی در راستای طراحی روش های درمانی و تشخیصی جدید ارایه دهد. در این مطالعه از روش ژن کلونینگ، جهت ارزیابی توزیع و تنوع ژنتیکی اشکال در حال گردش ویروس HIV-1 استفاده شد.
در یک مطالعه تجربی، 50 نمونه که با روش الایزا، HIV مثبت بودند، بررسی شدند، تمام موارد معتاد تزریقی بوده و سابقه درمان آنتی رتروویرال نداشتند. ژن ریورس ترانس کریپتاز ویروس HIV-1 با روش Nested RT- PCR و با استفاده از آغازگرهای اختصاصی تکثیر شد، سپس با استفاده از وکتور PTZ-57RT کلون شد و چندین کلون از هر بیمار تعیین توالی شد. توالی های به دست آمده از ژن ریورس ترانس کریپتاز با توالی های رفرانس که از بانک اطلاعات جهانی به دست آمده بود، با استفاده از نرم افزار 8/1 ClustalW مرتب شد. سپس درخت فیلوژنتیک با استفاده از نرم افزار NJplot رسم شد.
از 50 نمونه مورد بررسی، 30 نمونه با استفاده از روش Nested RT-PCR تکثیر شدند، آنالیز نوکلئوتیدها بر روی ژن ریورس ترانس کریپتاز با استفاده از چندین کلون از هر فرد انجام شد. تمام نمونه ها ساب تایپ CRF35-AD بودند.
نتایج این مطالعه نشان داد که CRF35-AD، شایع ترین تحت گونه نوترکیب در بین بیماران است. اطلاعات پیرامون تنوع ژنتیکی ویروس در افراد و ساب تایپ های ویروسی در گردش جامعه، می تواند در طراحی روش های تشخیصی، برنامه های کنترل عفونت و درمان، مفید باشد.