جداسازی و شناسایی مولکولی باکتری های اسید لاکتیک شیرهای خام ارتفاعات البرز مرکزی با استفاده از High Resolution Melting Real Time PCR و 16S rDNA PCR Sequencing

اهمیت باکتری های اسید لاکتیک(LAB) بر هیچ کس پوشیده نیست. LAB بزرگترین گروه تشکیل دهنده پروبیوتیک ها بوده و کاربردهای فراوانی در صنعت و سلامت دارند. هدف از انجام این پژوهش شناسایی LAB شیرهای خام ارتفاعات بکر البرز و معرفی گونه های بومی مناسب جهت استفاده صنعتی به عنوان جایگزین سویه های وارداتی بوده است. همچنین بررسی تنوع LAB موجود، نگهداری LAB بومی در یک بانک میکروبی و بررسی وجود گونه های جدید از اهداف دیگر پژوهش بوده اند.
نمونه های منتخب شیر خام از 14 نقطه ارتفاعات البرز تهیه، با رعایت شرایط استاندارد به آزمایشگاه منتقل و کلنی های LAB با استفاده از محیط های اختصاصی، مشاهدات ماکروسکوپی و میکروسکوپی و تست های افتراقی جدا شدند. DNA 64 ایزوله بدست آمده استخراج شده و با انجام High Resolution Melting Real Time PCR با استفاده از پرایمرهای اختصاصی 16S rDNA گروه بندی شدند. در نهایت نمونه های منتخب هر گروه با انجام PCR مجدد برای تعیین توالی ارسال شدند. نتایج بدست آمده از تعیین توالی با توالی های موجود در بانک میکروبی NCBI مقایسه شده، 6 جنس، 9 گونه و 2 گونه جدید احتمالی شناسایی شدند.
باکتری های Streptococcus vestibularis، Enterococcus faecalis، Lactococcus lactis، Streptococcus infantarius، Leuconostoc argentinum، Lactobacillus brevis، Pediococcus pentosaceus، Lactobacillus rhamnosus، Lactobacillus plantarum و دوباکتری از جنس های Pediococcus وEnterococcus بر اساس آنالیز 16SrDNA شناسایی شدند.
نتایج حاصل نشان می دهد تنوع ارزشمندی از LAB در شیرهای خام البرز مرکزی وجود دارد. تقریبا همه یافته ها کاربرد صنعتی داشته و می توانند جایگزین سویه های وارداتی شوند. همچنین بر اساس آنالیز 16S rDNA احتمال وجود دو گونه جدید وجود دارد. نکته مهم اینکه با استفاده از High Resolution Melting Real Time PCR امکان کاهش فوق العاده زمان و هزینه پژوهش ایجاد شد که نشان از اهمیت به کارگیری تکنیک های مولکولی در میکروب شناسی و تلفیق آنها با تکنیک های کلاسیک دارد.