کلونینگ ژن fimH اشریشیاکلی یوروپاتوژن و بررسی تنوع توالی آن

اشریشیا کلی یوروپاتوژن، شایع ترین پاتوژن جدا شده از مجاری ادراری محسوب می شود، که اغلب از فلور روده ای خود فرد منشا می گیرد. عفونت مجاری ادراری، یکی از بیماری های شایع عفونی در انسان است. از آنجایی که، مرحله اتصال در کلونیزاسیون باکتری نقش مهمی دارد و سپس عفونت ایجاد می گردد، یکی از راه کارهای مهم مهار عفونت، مهار اتصال باکتری می باشد. به دلیل اینکه، پروتئین fimH به‎عنوان ادهسین عمل می نماید، برای تهیه واکسن کاندیدی مناسب می باشد.
ابتدا استخراج DNA ژنومیک باکتری اشریشیا کلی سویهATCC 35218 انجام شد. پس از طراحی پرایمر برای ژن fimH، واکنش PCR، ابتدا با آنزیم Taq DNA Polymerase و سپس با آنزیمpfu DNA Polymerase صورت گرفت. از پلاسمید (SK-)pBluescript، برای کلون محصول PCR استفاده شد. با استفاده از نرم افزار ClustalW و MEGA4 توالی به دست آمده با توالی ژنی موجود با تک ژن همترازگردید و تنوع ژنی آن بررسی گردید.
پس از توالی یابی ژن fimH کلون شده، با استفاده از نرم افزار ClustalW و MEGA4 نتیجه این سکانس با توالی سویه های اشریشیا کلی واجد ژن fimH موجود در بانک ژن همتراز شدند و بر اساس این همترازی، ناحیه N ترمینال در سطح پروتئین و DNA حفاظت شده می باشد.
ناحیه ی N ترمینال ژن fimH در بین سویه های بالینی یک توالی حفاظت شده است و می توان از آن برای طراحی واکسن علیه عفونت ادراری استفاده نمود.