مقایسه ترادف نوکلئوتیدی و اسید آمینه ای ژن پروتئین پوششی ویروس موزاییک پیسک سبز خیار از استان خراسان با سایر جدایه های دنیا

ویروس موزاییک پیسک سبز خیار (CGMMV) گونه های زیادی از گیاهان کدوییان را در دنیا آلوده می کند و سبب علائمی از قبیل پیسکی و موزاییک سیستمیک روی برگهای گیاهان کدوییان می شود. در طی یک بررسی، از 198 نمونه کدوییان مشکوک به آلودگی این ویروس که از مزارع مختلف کدوئیان و گلخانه های خیار استانهای خراسان رضوی و شمالی جمع آوری گردید، آلودگی 95 نمونه با استفاده از آنتی بادی اختصاصی CGMMV در آزمون DAS-ELISA تایید شد (میزان آلودگی 19.7 درصد بود). واکنش RT-PCR با استفاده از یک جفت آغازگر اختصاصی از ناحیه پروتئین پوششی ((cp منجر به تکثیر قطعه ای در حدود bp486 شد. محصول PCR پس از همسانه سازی در پلازمید p- drive توالی یابی شد و ترادف بدست آمده پس از هم ردیف سازی چندگانه با برخی از توالی های موجود در بانک ژن مقایسه گردید. آنالیز فیلوژنتیکی 486 جفت باز از ناحیه ژن پروتئین پوششی این جدایه (با نام کلات) و سایر جدایه های تعیین ترادف شده موجود در بانک ژن نشان داد که همه جدایه های ویروس پیسک سبز خیار می توانند در دو گروه قرار بگیرند: گروه 1 و 2. گروه یک خود به 2 زیرگروه تقسیم شده و جدایه ایرانی (کلات) در زیرگروه IA قرار می گیرد و حداکثر شباهت نوکلئوتیدی را با سایر جدایه های این گروه دارد (بیشترین شباهت نوکلئوتیدی تا 97.9 درصد می رسد). همچنین درخت فیلوژنتیکی بر اساس توالی اسیدهای آمینه ای نیز ترسیم شد که بر اساس آن بیشترین شباهت اسید آمینه ای جدایه 98.1 درصد بود. نتایج این بررسی اولین گزارش از تعیین ترادف نوکلئوتیدی، تعیین جایگاه تکاملی و مقایسه ترادف نوکلئوتیدی و اسید آمینه ای جدایه ایرانی CGMMV با سایر جدایه های دنیا می باشد.