شناسایی ایزوله های بالینی مایکوباکتریوم های غیر توبرکلوزیس شایع اصفهان با روش PCR-RFLP analysis ژن rpoB

مطالعه جهت تشخیص جنس مایکوباکتریوم، معیاری را برای بررسی اپیدمیولوژی و پاتوژنز این گروه از باکتری ها در نواحی جغرافیایی مختلف فراهم می کند. با توجه به شیوع عفونت های ناشی از مایکوباکتریوم در ایران و همچنین همسایگی ایران با دو کشور افغانستان و پاکستان که در زمره ی 22 کشور High burden دنیا هستند، ضرورت توجه بیش از پیش به این بیماری و ارایه ی مولکولار اپیدمیولوژی بیماری های مایکوباکتریال روشن می گردد. PCR-RFLP analysis (PRA یا Polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism analysis) یک روش دقیق و ارزان می باشد که تشخیص گونه های مایکوباکتریوم را فراهم می آورد. این مطالعه با هدف تعیین پروفایل قطعات محدود شونده با استفاده از روش پیش گفته برای مشخص نمودن تایپ های شایع مایکوباکتریوم های غیر توبرکلوزیس اصفهان انجام گردید.
34 ایزوله ی بالینی پس ازگردآوری و کشت توسط روش فنوتیپی تشخیص داده شدند. یک قطعه ی bp 360 از ژن rpoB با روش PCR (Polymerase chain reaction) تکثیر گردید و سپس محصولات PCR تحت تاثیر دو آنزیم MspI (Moraxella sp.) و HaeIII (Haemophilus aegyptius bacteria) قرار گرفتند. قطعات حاصل از هضم توسط آنزیم با استفاده از ژل متافور آگارز 4 درصد الکتروفورز شدند و مورد آنالیز قرار گرفتند.
در بین 34 گونه NTM (Nontuberculous mycobacteria) مورد بررسی تایپ I مایکوباکتریوم فورچئیتوم با فراوانی 35/82 درصد بیشترین نمونه ی جدا شده از مجموعه ی نمونه های بالینی این منطقه بود و پس از آن، مایکوباکتریوم کانزاسی تایپ I و مایکوباکتریوم گوردونه تایپ I هر دو با 88/5 درصد و مایکوباکتریوم گوردونه ی تایپ II و مایکوباکتریوم اینتراسلولار با 94/2 درصد جدا گردیدند.
روش PRA rpoB gene به کار گرفته شده جهت تشخیص گونه های مایکوباکتریوم، نتایج معتبری را با توجه به نتایج دیگر مطالعات، در این منطقه ی جغرافیایی ارایه نمود. الگوی PRA گونه های مایکوباکتریوم کانزاسی ساب تایپ I (175/60/40/30 MspI:، 205/90 HeaIII:) و مایکوباکتریوم اویوم (105/80/40 MspI:، 270 HeaIII:) حاصل از این مطالعه با الگوی به دست آمده از بعضی مطالعات، یکسان بود؛ اما با پروفایل تعدادی دیگر همسان نبود. این روش، توانست 100 درصد ایزوله های مایکوباکتریوم غیر توبرکلوزیس را شناسایی کند.