مطالعه روابط ژنتیکی برخی از گونه های مرکبات با استفاده از ریزماهواره های (EST-SSR) شناسایی شده از توالی یابی ترنسکریپتوم کلمانتین

نشانگرهای ریزماهواره در بررسی تکامل نژادی و تهیه نقشه های ژنی و لینکاژی نقش موثری دارند. در سال های اخیر مطالعات بسیاری برای شناسایی نشانگرهای ریزماهواره (با مبدا ژنوم یا ترنسکریپتوم) در گونه های مختلف مرکبات با استفاده از روش های متداول انجام شده است. در این مطالعه برای اولین بار از داده های بدست آمده از توالی یابی عمیق ترنسکریپتوم نارنگی کلمانتین (Citrus clementina) برای شناسایی مکان های ریزماهواره در مرکبات استفاده شد. به منظور ارزیابی کارآیی ریزماهواره های بدست آمده از این روش در مطالعات روابط فیلوژنی، برای تعدادی از این مکان ها آغازگر طراحی و الگوی باندی آن ها در 34 ژنوتیپ مرکبات بررسی شد. در مجموع 9082 مکان ریزماهواره از 75659 یونی ژن بدست آمده از توالی یابی عمیق ترنسکریپتوم نارنگی کلمانتین، شناسایی شد که بیشترین فراوانی به ترتیب مربوط به ریزماهواره های دو و سه نوکلئوتیدی بود. تعداد بالای EST-SSRهای بدست آمده نشان دهنده بازده بالای روش نسل جدید توالی یابی در شناسایی نشانگرهای مولکولی بود. 25 مکان ریزماهواره دو و سه نوکلئوتیدی برای طراحی آغازگر انتخاب شدند. در مجموع 65 آلل با میانگین 4/25 آلل در هر مکان و میانگین آلل موثر 2/53 از 16 جفت آغازگر چندشکل و با کیفیت تفکیک بالا بدست آمد. میانگین محتوای اطلاعات چندشکلی 0/48 بود که بیشترین مقدار آن در مکان های ABRII7 و ABRII9 مشاهده شد. مطالعه روابط ژنتیکی 34 ژنوتیپ مرکبات به روش تجزیه خوشه ایبر اساس الگوریتم NJ و فاصله Uncorrected P انجام شد. بر این اساس همه ژنوتیپ ها در چهار گروه پوملو، سیترون، ماندرین و نارنج سه برگ قرار گرفتند. شباهت بالای طبقه بندی بدست آمده با سایر مطالعات تنوع ژنتیکی مرکبات نشان دهنده کیفیت بالای نشانگرهای بدست آمده از روش توالی یابی عمیق ترنسکریپتوم است.