مطالعه تاثیر دنباله های تمایلی بر میزان فیبریلاسیون آمیلوئیدی پروتئین ها در شرایط In silico و برون تنی

امروزه مطالعه تجمع غیر طبیعی پروتئین ها مورد توجه محققین حوزه های مختلف علوم به ویژه پزشکی و زیست فناوری قرار گرفته است. تجمع فیبریل های آمیلوئیدی پروتئین ها می تواند در بروز بیماری های مهمی ازجمله آلزایمر، دیابت قندی نوع II و پارکینسون نقش داشته باشد. در زیست فناوری از مشکلات اصلی تولید طیف وسیعی از پروتئین ها و پلی پپتیدهای نوترکیب تجمع برگشت ناپذیر در حین خالص سازی می باشد. در پروتئین های نوترکیب معمولا دنباله هایی در انتهای کربوکسیل یا انتهای آمینی قرار می دهند که می توانند در ساختار، خصوصیات فیزیکی و شیمیایی پروتئین ها تاثیر بگذارند. تاکنون مطالعه جامعی بر روی تاثیر این دنباله ها درتمایل تجمع پذیری پروتئین های نوترکیب انجام نگرفته است. در این مطالعه اثر دنباله های مختلف درتمایل تجمع پذیری پروتئین های نوترکیب با الگوریتم بیوانفورماتیکی AGGRESCAN مورد بررسی قرار گرفت. بررسی ها نشان داد که دنباله ها می توانند بر روی تجمع پذیری پروتئین های نوترکیب اثر بگذارند. برای تعیین صحت نتایج پیش گویی، فرآیند تجمع و فیبریلاسیون پروتئین آلفاسینوکلئین به همراه دنباله هیستیدینی و بدون دنباله با روش های CD، AFM و فلوریمتری و استانداردهای ویژه فیبریل های آمیلوئیدی بررسی شد. آلفا سینوکلئین از پروتئین های مهمی است که تشکیل پلاک های آمیلوئیدی گسترده ای در بیماری های نورودجنریتیو می دهد. برنامه بیو انفورماتیکی نشان داد که دنباله اضافه شده توانست باعث افزایش تمایل پروتئین برای فیبریلاسیون شود. در مطالعه برون تنی داده های حاصل از تجزیه فرآیند فیبریلاسیون نیز موید همین مسئله بود و نشان داد که حضور دنباله موجب افزایش میزان فیبریلاسیون آلفاسینوکلئین شد. در نتیجه پیشنهاد می شود، در بسیاری مطالعات، به ویژه مطالعات مربوط به چگونگی بیماری زایی یا جستجوی داروهای مهارکننده فیبریلاسیون بهتر است که دنباله ها از پروتئین حذف شوند.