تجزیه ترانسکریپتوم کلاله زعفران زراعی (Crocus sativus L.) با استفاده از نرم افزارهای SOAPdenovo و Trinity

زعفران (Crocus sativus L.)، ارزشمندترین و محبوب ترین ادویه جهانی، گونه ای تریپلوئید از خانواده Iridaceae می باشد. این گونه با کلاله های قرمز، بلند و معطر، از سایر گونه های این خانواده متمایز است. با پیشرفت های سریع بوجود آمده در نسل دوم توالی یابی، توالی یابی RNA (RNAseq.) ابزار قدرتمندتر و ارزان تری در مطالعات ترانسکریپتوم شده است. گردآوری مجدد توالی های ترانسکریپتوم، راه حل مناسبی برای مطالعه ترانسکریپتوم موجوداتی است که توالی ژنوم آن ها در دسترس نیست. توالی یابی دقیق و مونتاژ قابل اعتماد در داده های ترانسکریپتوم، برای آنالیزهای پایین دست ضروری می باشد. در این مطالعه با جداسازی و تعیین توالی ترانسکریپتوم کلاله زعفران زراعی با استفاده از نسل دوم توالی یابی نتایج عملکرد تجزیه و تحلیل داده ها بوسیله دو نرم افزار پرکاربرد به نام های SOAPdenovo و Trinity مقایسه شد. نتایج این پژوهش نشان داد که میانگین طول توالی ها و تعداد یونی ژن های بدست آمده در Trinity بیشتر از SOAPdenovo می باشد (میانگین 689 برای Trinity و 624 برای SOAPdenovo). نتایج مونتاژ بهتر توسط مونتاژگر مناسب وقتی به پروتئین ترجمه می شود منجر به افزایش معنی داری در تعداد رکوردهای به دست آمده در پایگاه های اطلاعاتی می شود و تعداد بیشتر یونی ژن امکان شناسایی مسیرهای بیوسنتزی متابولیت های مهم بیشتری را فراهم می کند. یونی ژن های مونتاژ شده در Trinity فاقد فاصله بوده و میانگین آن حدود دو برابر یونی ژن های مونتاژ شده بوسیله SOAPdenovo بود. به طور کلی انتخاب ابزار و پارامترهای مناسب برای مونتاژ ترانسکریپتوم بدون درک کاملی از عملکرد ابزارهای مختلف و تنظیمات آن ها کار مشکلی است. با مقایسه عملکرد نرم افزارهای مختلف بر روی موجودات مختلف می توان توصیه هایی در زمینه استفاده از آن ها ارائه داد و نرم افزار مناسب تر را انتخاب کرد.