مطالعه بیوانفورماتیکی بیماری ورم پستان گاو ایجاد شده توسط لیپوپلی ساکارید اشرشیاکلی با استفاده از داده های ریزآرایه

به منظور توسعه استراتژی های جدید برای جلوگیری از ورم پستان از نوع اشرشیاکلی، داشتن فهم درست از جزئیات و مکانیسم های مولکولی درگیر در پاسخ های ایمنی میزبان به این باکتری ضروری می باشد. در این تحقیق با استفاده از اطلاعات ترانسکریپتومیکس موجود به مطالعه بیوانفورماتیکی این بیماری پرداخته شد.
داده های حاصل از مطالعه گیلبرت و همکارانش که با استفاده از تکنیک ریزآرایه انجام شده بود از سایت GEO استخراج گردید. بر اساس داده های استخراج شده با استفاده از پایگاه داده String برهمکنش بین پروتئین ها شناسایی شده و توسط نرم افزار Cytoscape شبکه برهمکنش پروتئین – پروتئین آن رسم گردید. آنالیز های شبکه جهت یافتن هاب ها و دسته بندی بر اساس GO برای هر شبکه توسط CluGO-Clue-pedia انجام شد.
شبکه برهمکنش پروتئین - پروتئین از ژن هایی با بیان متفاوت در بافت پستان گاو آلوده شده با لیپوپلی ساکارید برگرفته از باکتری E. coli بعد از گذشت 3 و 6 ساعت تعیین شد. بخش های مشترک دو شبکه انتخاب شد و در آنالیز شبکه حاصله، ژن های IL6، IFIH1، PARP14، IL1B، ISG15، GRO1، IFIT3، CCL5، ICAM1، IRF9 و NOS2 دارای بیش ترین درجه بودند که به عنوان هاب های شبکه عمل می کنند. آنالیز خوشه بندی بر اساس GO، مهم ترین فرآیندهای بیولوژیکی، عمل کردهای ملکولی، جایگاه سلولی، فرآیندهای سیستم ایمنی و مسیرهای حاکم بر اساس پایگاه KEGG تعیین شد.
نتایج نشان داد که با افزایش زمان حضور پاتوژن در میزبان تعداد برهمکنش ها در پروتئین های هاب هم راه با افزایش است بنابراین این پروتئین ها می توانند کاندیدای هدف های دارویی باشند