آنالیز ساختار ژنتیکی جمعیت گاوهای بومی ایران با استفاده از نشانگرهای متراکم چندشکل تک نوکلئوتیدی

این تحقیق با هدف بررسی ساختار ژنتیکی گاوهای بومی بر اساس استفاده از نشانگرهای چندشکل تک نوکلئوتیدی انجام شد. بدین منظور تعداد 90 راس گاو از نژادهای سرابی (20)، کردی (10)، مازندرانی (10)، تالشی (10)، سیستانی (10)، کرمانی (10)، نجدی (10) و توده بومی فارس (10) مورد نمونه برداری قرار گرفتند. تعیین ژنوتیپ نمونه ها با استفاده از چیپ Illumina High density Bovine BeadChip با تراکم 777962 جایگاه انجام شد. پس از حذف جایگاه های دارای عدم تعادل پیوستگی (جفت جایگاه های دارای r2 بالاتر از 2 /0)، 64333 جایگاه SNP جهت آنالیزهای بعدی باقی ماندند. برنامه STRUCTURE جهت بررسی ساختار ژنتیکی گاوهای بومی کشور در این مجموعه داده به کار گرفته شد. تعداد جمعیت های فرض شده در هر اجرا از دو تا هشت جمعیت در نظر گرفته شد. نتایج حاصل از این تحقیق نشان داد که در اولین سطح خوشه بندی (2K=)، جمعیت های سرابی (6 /97%) و کردی (3 /94%) در خوشه مشترکی قرار گرفته اند و نژاد سیستانی (92%) نیز خوشه متمایز دیگری را به خود اختصاص داده است، در حالی که سایر نژادها آمیخته ای از این دو خوشه بودند. تعداد سه خوشه (3K=) به بهترین شکل تعداد گروه های ژنتیکی موجود در مجموعه داده ها را توجیه کرد. وجود سه خوشه (3K=) در داده ها موجب قرار گرفتن نژاد کردی در یک خوشه مستقل شد. در این مطالعه تفاوت های ژنتیکی گاوهای بومی ایران به خوبی به وسیله داده های متراکم SNP شناسایی شدند. همچنین شباهت های مربوط به توزیع جغرافیایی و خصوصیات تولیدی گاوها نیز با روابط ژنتیکی یافت شده در این مطالعه انطباق داشتند.