شناسایی ژن های مرتبط با بقا در سرطان کلیه با استفاده از روش مولفه های اصلی لاسو

یافتن ژن های مرتبط با بقا بر مبنای داده های بیان ژن، یک کاربرد مهم داده های ریزآرایه می باشد. هدف از مطالعه حاضر شناسایی ژن های مرتبط با بقای بیماران مبتلا به سرطان متعارف سلول های کلیوی با استفاده از داده های بیان ژن حاصل از ریزآرایه است.
این مطالعه از نوع تحلیل بقای داده های ابعاد بالا است. 177 نمونه بیمار مبتلا به سرطان متعارف سلول های کلیوی (conventional Renal Cell Carcinoma: cRCC) و برای هر فرد 14814 ژن مورد بررسی قرارگرفته است. برای تشخیص ژن های مرتبط با بقا از روش مولفه های اصلی لاسو (Lassoed Principal Components: LPC) استفاده شده است که از اطلاعات بیان همه ژن ها برای محاسبه امتیاز یک ژن استفاده می نماید. در نهایت برای تعیین تعداد ژن های معنادار از معیار نرخ تشخیص کاذب (False Discovery Rate: FDR) استفاده شده است. تجزیه و تحلیل آماری با استفاده از نرم افزار R انجام شده است.
بر اساس یافته های این مطالعه استفاده از نقطه برش 001/0 برای معیار FDR و بررسی 1041 ژن مرتبط با وضعیت بقای بیماران cRCC که به ترتیب اهمیت قدر مطلق امتیازهای LPC بالاتری دارند، امکان بروز کمترین خطا را فراهم آورده است.
در این پژوهش پس از رتبه بندی ژن ها توسط امتیاز LPC برحسب میزان تغییرات بیان مرتبط با وضعیت بقای بیماران cRCC، 11 ژن از مهم ترین ژن های مرتبط با بقا شناسایی شدند. امتیازهای LPC این 11 ژن منفی هستند بنابراین با افزایش بیان این ژن ها بقای بیماران cRCC افزایش یافته است و به عبارت دیگر افزایش بیان این ژن ها فاکتورهای محافظتی این بیماران به شمار می آیند.