شناسایی و ردیابی اختصاصی Phytopthora drechsleri، P. cryptogea و P. erythroseptica با واکنش زنجیره ای پلیمراز

گونه های Phytophthora drechsleri، P. cryptogea و P. erythroseptica بیمارگرهای گیاهی اامیستی خویشاوندند و از نظر ریخت شناختی به یک دیگر شباهت دارند. برای تمایز این آرایه ها از یک دیگر و از سایر گونه هایی که صفات ریخت شناختی همگرا دارند، شیوه ای بر اساس واکنش زنجیره ای پلیمراز ساده و تودرتو ابداع شد. بدین منظور مجموعه ای از جدایه ها مربوط به میزبان های مختلف، که نماینده ی تنوع موجود در ژن های هسته ای و میتوکندریایی این گونه ها بودند، بررسی شد. بر اساس توالی فواصل ترانویسی شده ی داخلی (آی تی اس) و زیرواحد 1 سیتوکروم اکسیداز سی، شش عدد آغازگر واکنش زنجیره ای پلیمراز اختصاصی برای P. drechsleriو همچنین بر اساس زیرواحد 1 سیتوکروم اکسیداز سی سه عدد آغازگر اختصاصی برای P. cryptogea و P. erythrosepticaطراحی و واسنجی شد. واکاوی ها نشان داد که بهترین نامزد برای شناسایی جدایه های P. drechsleriمجموعه ی ITS-DF2 و ITS-DR2 بود که محصولی 567 جفت بازی را فزون سازی می کرد. استفاده از آغازگرهای COX-CF1 و COX-CR2 بهترین مجموعه برای تمایز P. cryptogea/P. erythroseptica از سایر گونه ها بود و موجب فزون سازی قطعه ای 415 جفت بازی شد. واکاوی نقشه ی آنزیم های برشی این دو گونه نشان داد که جایگاه آنزیم برشی غیرپالیندرومی Mnl I در فزونه ی جدایه های P. erythroseptica منحصر به فرد است و از آن می توان برای تمایز این گونه از P. cryptogea استفاده کرد. نتایج این مطالعه نشان داد که استفاده از واکنش زنجیره ای تودرتو برای ردیابی این گونه ها حداقل 100 برابر حساس تر از روش سنتی است.