Performance Improvement of the Goertzel Algorithm in Estimating of Protein Coding Regions Using Modified Antinotch Filter and Linear Predictive Coding Model
Message:
Abstract:
The aim of this paper is to improve the performance of the conventional Goertzel algorithm in determining the protein coding regions in deoxyribonucleic acid (DNA) sequences. First, the symbolic DNA sequences are converted into numerical signals using electron ion interaction potential method. Then by combining the modified anti-notch filter and linear predictive coding model, we proposed an efficient algorithm to achieve the performance improvement in the Goertzel algorithm for estimating genetic regions. Finally, a thresholding method is applied to precisely identify the exon and intron regions. The proposed algorithm is applied to several genes, including genes available in databases BG570 and HM 195 and the results are compared to other methods based on the nucleotide level evaluation criteria. Results demonstrate that our proposed method reduces the number of incorrect nucleotides which are estimated to be in the noncoding region. In addition, the area under the receiver operating characteristic curve has improved by the factor of 1.35 and 1.12 in HMR195 and BG570 datasets respectively, in comparison with the conventional Goertzel algorithm.
Language:
English
Published:
Journal of Medical Signals and Sensors, Volume:6 Issue: 3, 2016
Pages:
130 - 140
magiran.com/p1572773  
برخی از خدمات از جمله دانلود متن مقالات تنها به مشترکان مگیران ارایه می‌گردد. شما می‌توانید به یکی از روش‌های زیر مشترک شوید:
اشتراک شخصی
در سایت عضو شوید و هزینه اشتراک یک‌ساله سایت به مبلغ 400,000ريال را پرداخت کنید. همزمان با برقراری دوره اشتراک بسته دانلود 100 مطلب نیز برای شما فعال خواهد شد!
پرداخت با کارتهای اعتباری بین المللی از طریق PayPal امکانپذیر است.
اشتراک سازمانی
به کتابخانه دانشگاه یا محل کار خود پیشنهاد کنید تا اشتراک سازمانی این پایگاه را برای دسترسی همه کاربران به متن مطالب خریداری نمایند!
توجه!
  • دسترسی به متن مقالات این پایگاه در قالب ارایه خدمات کتابخانه دیجیتال و با دریافت حق عضویت صورت می‌گیرد و مگیران بهایی برای هر مقاله تعیین نکرده و وجهی بابت آن دریافت نمی‌کند.
  • حق عضویت دریافتی صرف حمایت از نشریات عضو و نگهداری، تکمیل و توسعه مگیران می‌شود.
  • پرداخت حق اشتراک و دانلود مقالات اجازه بازنشر آن در سایر رسانه‌های چاپی و دیجیتال را به کاربر نمی‌دهد.