بررسی تنوع ساختاری ژنگان سگ و گرگ بومی ایران با روش توالی یابی کل ژنوم

در این پژوهش، از سه قلاده سگ و سه قلاده گرگ بومی ایران نمونه گیری شد. توالی یابی کل ژنگان (ژنوم) برای هر نمونه سگ و گرگ با استفاده از روش توالی یابی نسل جدید انجام شد. داده ها توسط برنامه BWA با ژنگان مرجع (رفرنس) همردیف شدند. چندریختی های تک نوکلئوتیدی و حذف و اضافه های کوچک ژنگان با برنامه GATK شناسایی شد ند. تغییرپذیری (واریانت) های ساختاری با برنامه BreakDancer-1.1تعیین شدند. مستندسازی چندریختی های تک نوکلئوتیدی و حذف و اضافه های کوچک ژنگان با برنامهSnpEff انجام شد. مقادیر تنوع نوکلئوتیدی در نمونه های سگ و گرگ با VCFtools محاسبه شد ند. در این پژوهش 12459651 چندریختی تک نوکلئوتیدی به دست آمد که 7819789 و 10454994 به ترتیب مربوط به نمونه های سگ و گرگ بودند. از شمار کل چندریختی های تک نوکلئوتیدی 57/53، 989/31 و 811/0 درصد به ترتیب در ناحیه بین ژنی، اینترون و اگزون قرار گرفتند. نتایج تجزیه وتحلیل داده ها نشان داد که تنوع ساختاری در ژنگان گرگ بیشتر از سگ است.