بررسی بیوانفورماتیکی توالی های EST سنبله گندم چینی بهاره تحت تنش شوری

تغییرات کارکرد ژنوم تحت شرایط تنش می تواند راهکاری برای درک بهتر سازوکارهای تحمل به تنش در گیاهان باشد. در این پژوهش سعی شده است تا با بررسی توالی های EST دو کتابخانه کنترل و تنش شوری در گندم، تغییرات کارکردی ژنوم در تنش شوری و ژن های موثر در تحمل به شوری شناسایی شوند. بدین منظور توالی های EST از وب گاه هاروارد و Graingenes دریافت شدند. به منظور دسته‏بندی توالی های EST، تعیین پروتئین های مرتبط با یونی ژن ها (کانتیگ ها و سینگل تون ها)، تعیین گروه های کارکردی و آزمون های آماری، به ترتیب از بانک اطلاعاتی Egassembler، بلاست وب گاه NCBI، وب گاه موسسه ماکس پلانک و نرم افزار IDEG6 استفاده شد. نتایج نشان دهنده وجود اختلاف معنی دار بین 20 گروه کارکردی در شرایط کنترل و تنش شوری بود. در هر دو شرایط کنترل و تنش شوری، گروه های کارکردی پروتئین و RNA بیشترین و گروه های کارکردی متابولیسم کربوهیدرات اصلی، تبدیل مواد آلی و چرخه کربس کمترین فعالیت کارکردی ژنوم را نسبت به سایر گروه های کارکردی ژنوم به خود اختصاص دادند. تحت تنش شوری، فعالیت گروه های کارکردی سنتز ATP/ انتقال الکترون میتوکندریایی، متابولیسم چربی، اکسایش-کاهش، پروتئین، RNA، DNA و سلول افزایش یافت. بنابراین می‏توان پیشنهاد کرد که این گروه های کارکردی دارای نقش مهمی در مکانیسم پاسخ به تنش شوری هستند. تجزیه و تحلیل بیان ژن‏ها در شرایط کنترل و تنش شوری نشان داد 271 ژن دارای بیان افتراقی معنی دار بودند که در 23 گروه کارکردی مختلف قرار گرفتند. ژن های شناسایی شده در این پژوهش می توانند جهت دست-ورزی ژنتیکی با هدف بهبود تحمل به تنش شوری در گیاهان زراعی مورد استفاده قرار گیرند.