طراحی و بهینه سازی تست PCR برای تشخیص سریع پاتوتایپ های انترواگریگیتیو و انتروتوکسی ژنیک اشرشیاکلی

اشرشیاکلی به عنوان یکی از مهم ترین عوامل ایجادکننده بیماری اسهالی حاد در دنیا مطرح است. بیماری های اسهالی یکی از علل اصلی مرگ و میر در میان کودکان کشورهای درحال توسعه می باشند. این مطالعه با هدف توسعه تکنیک PCR برای تشخیص اختصاصی ژن های ویرولانس پاتوتایپ های انترتوکسی ژنیک اشرشیاکلی (ETEC) و انترواگریگیتیو و اشرشیاکلی (EAEC) انجام شد.
در این مطالعه برای تشخیص پاتوتایپ ها ETEC-EAEC، از ژن های اختصاصی st و lt (برای تشخیص پاتوتایپ ETEC) و از ژن اختصاصی aafII (برای شناسایی پاتوتایپ EAEC) استفاده شد. این تکنیک PCR برای این سه ژن طراحی و بهینه گردید. محصولات واکنش برای هریک از این ژن ها، در وکتور pTZ57R/T به عنوان کنترل مثبت، کلون و مورد استفاده قرار گرفت. میزان حساسیت پرایمر ها با محاسبه کمترین میزان تشخیص (Limit of Detection) و استفاده از ژنوم سایر باکتری ها به عنوان بررسی اختصاصیت پرایمر ها ارزیابی شد.
با توجه به نتایج آنالیز محصولات PCR بر روی ژل الکتروفورز باند های مورد نظر برای ژن aafII، lt و st به ترتیب 384 ، 459 و 150 جفت باز به دست آمد. همچنین واکنش ژنوم باکتری های کنترل با پرایمر های طراحی شده، منفی بود. حد تشخیص براساس تعداد کپی برای ژن های st، lt و aafII به ترتیب برابر 390 ، 1500 و 2500 کپی به دست آمد.
با توجه به نتایج این مطالعه، طراحی این گونه تست ها در ایران به عنوان یک پیشرفت در زمینه بهبود تشخیص سریع و دقیق پاتوژن ها و تفکیک در نوع پاتوتایپ های اشرشیاکلی می باشد.