پیش بینی برهمکنش بین ترکیبات موجود در بره موم زنبور عسل و بخش آنتی ژن حفاظت کننده موجود در سم سیاه زخم با استفاده از نرم افزارهای بیوانفورماتیک

آنتی ژن حفاظت کننده از بخش های ساختاری در یکی در سم سیاه زخم می باشد و پس از تاثیر سم برگیرنده سلولی، نقش مهمی در بیماری زایی سم ایفا می کند. هدف از این مطالعه بررسی برهمکنش بیوانفورماتیکی آنتی ژن حفاظت کننده سیاه زخم و چهار ترکیب مهم موجود در بره موم زنبور عسل شامل کافئیک اسید، بنزیل کافئات، سینامیک اسید و کامپفرول با استفاده از نرم افزارها و وبگاه های بیوانفورماتیکی بود.
این پژوهش با استفاده از الگوریتم های مختلف موجود در پایگاه های بیوانفورماتیکی در سال 1393 در دانشگاه علوم پزشکی اصفهان و دانشگاه آزاد اسلامی واحد خوراسگان انجام گرفت. برهمکنش گیرنده با هر کدام از لیگاندها، با استفاده از وب سرورهای SwissDock (http://www.swissdock.ch/) و BSP-SLIM (http://zhanglab.ccmb.med.umich.edu/BSP-SLIM/) به دست آمد. نتایج داکینگ (Docking) به صورت عدد بر حسب کیلوکالری بر مول (kcal/mol) مشخص شد.
بررسی برهمکنش ترکیبات موجود در بره موم و آنتی ژن خفاظت کننده با استفاده از سرور BSP-SLIM نشان داد که بیشترین برهمکنش به ترتیب مربوط به ترکیبات کافئیک اسید، بنزیل کافئات، سینامیک اسید و کامپفرول بود. نتایج مربوط به برهمکنش لیگاندهای مورد نظر و آنتی ژن حفاظت کننده با استفاده از سرور SwissDock نشان داد که ترکیب کافئیک اسید، ΔG برابر با kcal/mol 10/9 و FullFitness برابر با kcal/mol 16/993 داشت. بررسی و تحلیل برهمکنش لیگاندها با آمینواسیدهای وآنتی ژن حفاظت کننده نشان داد که بیشترین برهمکنش در ترکیب کافئیک اسید مربوط به اسید آمینه گلوتامیک اسید 117 با انرژی برابر با kcal/mol 5429/15 بود.
گلوتامیک اسید 117 در اتصال آنتی ژن حفاظت کننده و گیرنده سلولی آن و در پی آن بیماری زایی سم تاثیر چشمگیری دارد.