بررسی چند شکلی تک نوکلئوتیدی و توالی های ریزماهواره ای در واریته های مختلف برنج با استفاده از نشانگرهای مبتنی بر AND

در پژوهش حاضر، نشانگرهای مولکولی مختلف مبتنی بر DNA برای شناسایی چند شکلی تک نوکلئوتیدی و توالی های میکروساتالایت برای ژن واکسی در واریته های برنج مورد بررسی قرار گرفت. استخراج DNA از نمونه های برگی 68 رقم برنج با استفاده از روش CTAB انجام گرفت و پرایمرهای اختصاصی برای تکثیر ژن واکسی طراحی گردید. بعد از تکثیر قطعات مورد نظر با استفاده از PCR، توسط تکنیک منحنی ذوب، تعیین ژنوتیپ صورت گرفت. برای تایید نتایج تعیین ژنوتیپ با آنالیز منحنی ذوب دو روش PBR و PCR-SSCP برای جایگاه ژن واکسی مورد استفاده قرار گرفتند. نتایج دو ژنوتیپ TT و GG را در ژن واکسی نشان داد که با نتایج بدست آمده از دو روش PBR و PCR-SSCP کاملا مطابقت داشت. فراوانی ژنوتیپ های TT و GG به ترتیب 25 و 75 درصد برآورد شد. هم چنین، نه ژنوتیپ مختلف شامل BH، HH، FF، DD، CC، EE، BB، AA و EG در نشانگر SSR شناسایی شد که نشان دهنده تنوع ژنتیکی بالا در واریته های مختلف برنج مورد مطالعه می باشد. اگرچه همبستگی چند شکلی G-T با صفات معنی دار نشد، ولی همبستگی معنی داری بین ژنوتیپ های مشاهده شده در نشانگر SSR با صفات GW، TGW و FGN به دست آمد. نتایج این مطالعه نشان داد که تکنیک آنالیز منحنی ذوب به عنوان یک روش سریع و کارآمد و ارزان می تواند به منظور تعیین ژنوتیپ مورد استفاده قرار گیرد. هم چنین، نتایج حاصله از نشانگر SSR نشان داد این نشانگر یک نشانگر کارآمدی برای برخی از صفات اقتصادی در به نژادی واریته های برنج می باشد.