بهینه سازی و تلفیق الگوریتم های k-means و PSO جهت بازسازی هاپلوتیپ ها با استفاده از اطلاعات نشانگرهای SNP

پیام:
چکیده:
بازسازی هاپلوتیپ یکی از موضوعات مهم در مطالعات ژنتیکی و بیوانفورماتیکی است. تشکیل هاپلوتیپ ها به صورت مستقیم با استفاده از روش های زیستی و آزمایشگاهی بسیار دشوار و پرهزینه است. از این رو، بازسازی هاپلوتیپ ها معمولا با استفاده از روش های محاسباتی بر روی اطلاعات ژنوتیپی و نشانگرهای ژنتیکی انجام می شود. در این مقاله، دو الگوریتم بر اساس مدل حداقل تصحیح خطا برای بازسازی هاپلوتیپ ها از روی ژنوتیپ افراد برای چندشکلی های تک نوکلئوتیدی (SNP) ارایه می شود. الگوریتم اول حالتی از الگوریتم K-Meansاست با این تفاوت که این الگوریتم بجای استفاده از مراکز اولیه تصادفی، این مراکز را با شرایط ویژه انتخاب می کند. الگوریتم دوم نیز ترکیبی از الگوریتم PSO بهبودیافته و K-Means است که IPSOKM نام گذاری شد. الگوریتم های بهینه سازی شده بر روی داده های شبیه سازی شده و واقعی به کار گرفته شدند. نتایج نشان داد که دقت بازسازی هاپلوتیپ ها با استفاده از الگوریتم های ارایه شده در مقایسه با برخی از الگوریتم های مرسوم استفاده شده جهت بازسازی هاپلوتیپ ها، به خصوص در حالت های وجود خطا و حفره، به طور قابل ملاحظه ای افزایش یافت. از این رو، این الگوریتم ها می توانند به طور موثری در مطالعات ژنتیک انسانی و به نژادی گیاه و دام به کار گرفته شوند.
زبان:
فارسی
صفحات:
123 -132
لینک کوتاه:
magiran.com/p1709053 
برخی از خدمات از جمله دانلود متن مقالات تنها به مشترکان مگیران ارایه می‌گردد. شما می‌توانید به یکی از روش‌های زیر مشترک شوید:
اشتراک شخصی
در سایت عضو شوید و هزینه اشتراک یک‌ساله سایت به مبلغ 400,000ريال را پرداخت کنید. همزمان با برقراری دوره اشتراک بسته دانلود 100 مطلب نیز برای شما فعال خواهد شد!
پرداخت با کارتهای اعتباری بین المللی از طریق PayPal امکانپذیر است.
اشتراک سازمانی
به کتابخانه دانشگاه یا محل کار خود پیشنهاد کنید تا اشتراک سازمانی این پایگاه را برای دسترسی همه کاربران به متن مطالب خریداری نمایند!
توجه!
  • دسترسی به متن مقالات این پایگاه در قالب ارایه خدمات کتابخانه دیجیتال و با دریافت حق عضویت صورت می‌گیرد و مگیران بهایی برای هر مقاله تعیین نکرده و وجهی بابت آن دریافت نمی‌کند.
  • حق عضویت دریافتی صرف حمایت از نشریات عضو و نگهداری، تکمیل و توسعه مگیران می‌شود.
  • پرداخت حق اشتراک و دانلود مقالات اجازه بازنشر آن در سایر رسانه‌های چاپی و دیجیتال را به کاربر نمی‌دهد.