Optimizing and integrating K-means and PSO algorithms for haplotype reconstruction using SNP maker information
Message:
Abstract:
Haplotype reconstruction is one of the main topics in genetic and bioinformatics studies. Construction haplotype directly through biological experiments is costly and cumbersome task. Therefore, haplotype reconstruction is generally done using algorithms and computational methods on genetic and genotype data. In this study, we present two algorithms, based upon minimal error correction model, to reconstruct haplotype from SNP and genotype data. The first algorithm is special case of K-Means algorithm that would select primary random centers with particular conditions. The second algorithm, is a combination of improved PSO and K-Means that we called up IPSOKM. The optimized algorithms were applied on real and simulated data. The results showed that haplotype reconstruction accuracy in comparing with general reconstruction haplotype algorithms, improved especially when there were gap and error. Overall, the presented algorithms could efficiently be used in human genetics as well as in plant and animal breeding studies.
Language:
Persian
Published:
Journal of Genetics, Volume:12 Issue: 1, 2017
Pages:
123 - 132
magiran.com/p1709053  
برخی از خدمات از جمله دانلود متن مقالات تنها به مشترکان مگیران ارایه می‌گردد. شما می‌توانید به یکی از روش‌های زیر مشترک شوید:
اشتراک شخصی
در سایت عضو شوید و هزینه اشتراک یک‌ساله سایت به مبلغ 400,000ريال را پرداخت کنید. همزمان با برقراری دوره اشتراک بسته دانلود 100 مطلب نیز برای شما فعال خواهد شد!
پرداخت با کارتهای اعتباری بین المللی از طریق PayPal امکانپذیر است.
اشتراک سازمانی
به کتابخانه دانشگاه یا محل کار خود پیشنهاد کنید تا اشتراک سازمانی این پایگاه را برای دسترسی همه کاربران به متن مطالب خریداری نمایند!
توجه!
  • دسترسی به متن مقالات این پایگاه در قالب ارایه خدمات کتابخانه دیجیتال و با دریافت حق عضویت صورت می‌گیرد و مگیران بهایی برای هر مقاله تعیین نکرده و وجهی بابت آن دریافت نمی‌کند.
  • حق عضویت دریافتی صرف حمایت از نشریات عضو و نگهداری، تکمیل و توسعه مگیران می‌شود.
  • پرداخت حق اشتراک و دانلود مقالات اجازه بازنشر آن در سایر رسانه‌های چاپی و دیجیتال را به کاربر نمی‌دهد.