بررسی سطوح عدم تعادل پیوستگی در ژنوم گاوهای بومی استان فارس با استفاده از داده های متراکم نشانگرهای چند شکل تک نوکلئوتیدی

زمینه مطالعاتی: شناسایی سطوح عدم تعادل پیوستگی در میان جمعیت ها ابزاری مفید در مطالعه تاریخچه جمعیت ها و شناسایی نواحی ژنومی مرتبط با صفات مهم اقتصادی است.
در این تحقیق، به منظور فراهم آوردن اطلاعات پایه مورد نیاز در طراحی مطالعات ارتباطی کل ژنوم و بررسی تغییرات اندازه موثر جمعیت در گاوهای بومی فارس، سطوح عدم تعادل پیوستگی در ژنوم افراد این جمعیت مورد مطالعه قرار گرفت.
بدین منظور تعداد 10 راس از گاوهای بومی فارس به طور تصادفی نمونه برداری شدند و به کمک تراشه Illumina Bovine HD در 777962 جایگاه SNP تعیین ژنوتیپ شدند. کنترل کیفی داده ها بر اساس نرخ فراخوانی تعیین ژنوتیپ، انحراف از تعادل هادری–وینبرگ و فراوانی آلل های نادر در جایگاه های مختلف انجام شد و 55718 جایگاه برای انجام آنالیزهای بعدی انتخاب شدند. کلیه جفت مقایسه های بین SNPها در سه دسته فاصله ای صفر تا 10، 10 تا 100 و 100 تا 1000 کیلوبازی تقسیم بندی شدند و متوسط آماره r2 برای تمامی کروموزوم های غیرجنسی در این فواصل محاسبه شد.
متوسط r2 بالاتر از 3/0 در فواصل کمتر از Kb 9 و متوسط r2 بالاتر از 2/0 در فواصل کمتر از Kb 60 مشاهده گردید. مقادیر r2 بدست آمده در فواصل بین نشانگری کوتاه تر (کمتر از Kb 100) از اطمینان بیشتری برخوردار بودند. مقادیر بالای r2 یافت شده در این مطالعه نشان دهنده سطح بالای بروز همخونی و کاهش شدید جمعیت موثر در گاوهای بومی فارس است.
نتیجه گیری نهایی: نتایج این مطالعه می تواند در تعیین تراکم نشانگری مورد نیاز جهت کسب دقت کافی در مطالعات ژنومی احتمالی در گاوهای بومی فارس به کار گرفته شود.