شناسایی و ردیابی مولکولی Phytophthora melonis بر اساس ژنوم هسته ای و میتوکندریایی

گونه ی بیمارگر گیاهی Phytophthora melonis از نظر ریخت شناختی به برخی گونه های بدون پستانک جنس Phytophthora به خصوص P. drechsleri شباهت دارد وبنابراین تفکیک این آرایه های هم گرا دشوار است. این پژوهش به منظور طراحی آغازگرهای اختصاصی P. melonis بر اساس ژنوم هسته ای و میتوکندریایی، بررسی اختصاصیت آن ها در برابر سایر گونه های همگرا، و بهینه سازی استفاده از این آغازگرها برای ردیابی P. melonis انجام شد. برای طراحی آغازگر های اختصاصی گونه ی P. melonis نه ژن هسته ای و چهار ژن میتوکندریایی از نظر تفاوت نوکلئوتیدی مناسب بودند، بنابراین سیزده آغازگر اختصاصی طراحی و خصوصیات آن ها بهینه سازی گردید. ردیابی P. melonis با استفاده از پنج جفت از آغازگر های اختصاصی در بافت مایه زنی شده ی گیاهان میزبان آن شامل خیار، خربزه، هندوانه، چغندر قند و پسته انجام شد. با استفاده از آغازگرهای طراحی شده در واکنش زنجیره ای پلیمراز تودرتو، تا سطح یک درصد مایه ی بیماری زا در خاک آلوده و زئوسپورهای بیمارگر تا غلظت 10 زئوسپور در میلی لیتر در آب آلوده ردیابی شدند. با بررسی اختصاصیت و حساسیت آغازگر های طراحی شده، کارامد ترین آن ها مجموعه ی ITS-M2 (ترکیب آغازگرهای ITS-MF1 و ITS-MR2) در نظر گرفته شد. دمای هم جوشی بهینه سازی شده برای این مجموعه 68 درجه ی سلسیوس بود. به نظر می رسد استفاده از واکنش زنجیره ای پلیمراز تودرتو با استفاده از مجموعه ی ITS-M2 به همراه آغازگر های عمومی ITS4 و ITS6 در نقش آغازگر های خارجی در حدود 106 برابر حساس تر از واکنش زنجیره ای پلیمراز مستقیم است. آزمون زنجیره ای پلیمراز چندگانه ی طراحی شده، قادر به ردیابی هم زمان سه گونه ی بیمارگر شامل P. melonis، P. drechsleri و P. nicotianae بود.آزمایش ها نشان داد که آغازگر های طراحی شده ابزاری کارآمدی برای ردیابی P. melonis در بافت گیاه، خاک و آب آلوده هستند.