طراحی بیوانفورماتیکی و ساخت ژن کایمر دربردارنده زیر واحد B کلراتوکسین و زیر واحد A پیلی ویبریو کلرا

وبا بیماری خطرناکی است که توسط ویبریو کلرا ایجاد می شود. فاکتور کلونیزاسیون پیلی Toxin-coregulated pili A (tcpA) و توکسین کلرا مهم ترین عوامل بیماری زایی ویبریوکلرا می باشند. زیر واحد B انتروتوکسین Cholera toxin subunit B (ctxB)مسئول اتصال سم به سلول یوکاریوتی است و tcpA که برای کلونیزاسیون باکتری ضروری است، ویژگی های ایمونوژنیک دارند. پروتئین های کایمر دربردارنده اپی توپ و ادجوانت، می توانند سبب افزایش خاصیت ایمونوژنیسیتی پروتئین ها شوند و سبب بروز پاسخ های ایمنی گردند. هدف از تحقیق طراحی ایمنوژن کایمر علیه فاکتورهای اتصال و توکسین ویبریو کلرا بود.
ژن ctxB و tcpA به لحاظ وجود کدون های نادر در سال 95 مورد بررسی قرار گرفتند و بهینه سازی ژن ها انجام شد. نیمه عمر و شاخص ناپایداری پروتئین تعیین گردید. ساختارهای دوم و سوم پروتئین پیش بینی و ارزیابی شد. اپی توپ های خطی و فضایی نیز تعیین گردید. پلاسیمد نوترکیب به سلول های مستعد منتقل و بیان پروتئین با استفاده از IPTG القا گردید. بیان پروتئین با روش SDS-PAGE وسترن بلاتینگ ارزیابی شد.
شاخص ناپایداری پروتئین کایمر 24/04 بود. شاخص سازگاری کدون سازه کایمر به 0/9 افزایش یافت. ساختار سوم پیش بینی شده نیز کیفیت مناسبی را داشت و mRNA آن نیز پایدار بود. اپی توپ های فضایی و خطی در هر دو دومین پروتئین کایمر دیده شد. آنالیز همسانه سازی، پلاسمید نوترکیب واجد ژن کایمر را تائید کرد. بیان پروتئین نوترکیب از ژن سنتزی منجر به تولید پروتئینی با وزن 37 کیلو دالتون شد.
با توجه به نتایج بررسی های بیوانفورماتیکی و بیان پروتئین نوترکیب می توان از آن به عنوان ایمونوژن جهت بررسی های ایمنی علیه وبا استفاده شود.