مقایسه روش های مختلف استخراج RNA در برگ سیب (Malus domestica)

جداسازی RNA از گیاهانی که دارای مقدار زیادی ترکیبات پلی ساکارید و پلی فنل می باشند به علت اتصال و رسوب این ترکیبات با RNA مشکل است. بنابراین در این مطالعه 11 پروتکل مختلف استخراجRNA از برگ های سیب غنی از ترکیبات فنلی مورد بررسی قرار گرفت.
کیفیت و کمیت RNAبا الکتروفورز ژل آگارز 1.2% و اسپکتروفتومتری نانودراپ در طول موج 230، 260 و 280 نانومتر تعیین شد و سنتز cDNA و آنالیز RT-PCR با پرایمر اختصاصی ژن اکتین سیب انجام گرفت.
نتایج نشان داد که روش استخراج جمی چات چائو و همکاران (2012) و راجاکانی و همکاران (2013) مناسب ترین روش های استخراجRNA از برگ سیب بودند. عملکرد RNA کل استخراج شده در این روش ها به ترتیب بین 152.4 تا 800.2 و 362.1 تا 452.6 نانوگرم در میکرولیتر به دست آمد. باندهای S18 و S28 در الکتروفورز افقی مشاهده شدند.
بحث: در هر دو روش نسبت 260 به 280 و 260 به 230 به ترتیب بین 1.99 تا 2.03 و 2.07 تا 2.17 بود که نشان دهنده خلوص بالایRNA و عدم آلودگی به پلی فنلی، پروتئینی و پلی ساکاریدی می باشد.
کیفیت بالای واکنش RT-PCR در هر دو روش نشان داد که RNA استخراج شده می تواند با اطمینان جهت آزمایش های مولکولی پائین دستی مورد استفاده قرار گیرد.