بررسی سازوکار مولکولی فعال سازی سامانه ایمنی گاو با استفاده از داده های بیان دیجیتالی لوکوسیت ها

کاربرد مسیرهای ژنی موثر در بروز صفات مختلف در اصلاح نژاد به راحتی امکان پذیر نمی باشد، اما شناسایی مسیرهای ژنی بدست آمده از برهم کنش داده های ترانسکریپتومی تاثیرگذار بر یک فرآیند زیستی، می تواند گام مهمی در فهم بهتر سازوکارهای تنظیمی آن فرآیند باشد. در این پژوهش، چگونگی سازوکار مولکولی تقویت پاسخ ایمنی با در نظر گرفتن مسیرهای ژنی فعال شده در لوکوسیت ها، مورد بررسی قرار گرفت. برای رسیدن به این هدف، پس از پیاده سازی داده های حاصل از تکنیک توالی یابی رونوشت ها (RNA-Seq) با شماره دسترسی GSE37447 از پایگاه داده NCBI، کنترل کیفیت داده ها با نرم افزار FastQC بررسی گردید. مکان یابی ژن ها و ایزوفرم ها با استفاده از نرم افزار TopHat2 انجام شد و تعیین میزان بیان هر ژن و ایزوفرم با نرم افراز HT-Seq انجام گرفت و نهایتا بررسی ژن های متفاوت بیان شده با edgeR انجام گرفت. آنالیز مسیرهای ژنی بر اساس ژن هایی که تفاوت بیان داشتند، با پایگاه اطلاعاتی DAVID صورت گرفت. آنالیز مسیرهای ژنی نشان داد، مسیرهای اسپلایسوزم و ترمیم اتصالات نادرست ژنوم در لوکوسیت ها فعال می شود. بنابراین، مسیرهای ژنی یاد شده می توانند چگونگی تقویت پاسخ ایمنی را تفسیر نمایند و به روشن شدن بهتر مسیرهای تنظیمی در این فرآیند بیولوژیکی کمک کنند. به نظر می رسد جهت بهبود سامانه ایمنی به کمک برنامه های اصلاح نژادی می توان از ژن ها، فاکتورهای رونویسی، میکرو ریبونوکلئیک اسیدها و یا کوفاکتورهای دخیل در این دو مسیر ژنی (مسیر ژنی اتصال جایگزین و مسیر ترمیم اتصالات نادرست) کمک گرفت، زیرا این دو مسیر ژنی به طور مستقیم در فعال سازی و تنظیم فعالیت سامانه ایمنی موثر هستند.