آنالیز شبکه برهمکنش پروتئین - پروتئین بر اساس ژن های تغییر بیان یافته در مایع مغزی نخاعی برای بیماری مالتیپل اسکلروزیس

ام.اس شایع ترین بیماری تخریب میلین سیستم عصبی مرکزی است. روش های جدید، برای فهم بهتر بیماری زایی و معرفی اهداف دارویی جدید ضروری می باشند. هدف این مطالعه، استفاده از روش شبکه زیستی به منظور شناسایی نشانگرهای کلیدی جدید درگیر در بیماری زایی ام.اس بود.
در این مطالعه، پروفایل بیان ژن مایع مغزی نخاعی مربوط به 26 بیمار تازه مبتلا شده به ام.اس و 18 فرد کنترل از پایگاه داده Array Express گرفته و آنالیز شد. ژن های متفاوت بیان شده با داده های برهمکنش پروتئین-پروتئین تلفیق و زیرشبکه برهمکنش پروتئین- پروتئین ساخته شد. ویژگی های توپولوژیکی شبکه حاصل توسط نرم افزار cytoscape مورد آنالیز قرار گرفت.
با آنالیز پروفایل بیان ژن، 3062 ژن متفاوت بیان شده (0/05FDR<) در مایع مغزی نخاعی بیماران ام.اس در مقایسه با افراد کنترل مشخص شدند که 1080 ژن افزایش بیان و 1981 ژن کاهش بیان داشتند. با ادغام ژن های متفاوت بیان شده و داده های برهمکنش پروتئین- پروتئین زیرشبکه ای با 1440 راس و 3500 یال ساخته شد. پس از آنالیز ویژگی های توپولوژیکی زیرشبکه، پنج ژن جدید که مقادیر بالای پارامترهای مرکزیت را داشتند، به عنوان نشانگرهای کاندید معرفی شدند. این نشانگرها در مسیرهای زیستی نظیر تنظیم دینامیک اسکلت سلولی، چرخه سلولی، اسپلایسوزوم نقش دارند. با بررسی متون، ارتباط نشانگرها در بیماری زایی ام.اس تایید شد.
بنابراین، آنالیزهای بر پایه شبکه می تواند نشانگرهایی را معرفی کند که بتوان آن ها را به عنوان اهداف دارویی بالقوه برای ام.اس مورد بررسی بیشتری قرار داد.