آنالیز فنوتیپی و فیلوژنتیک مولکولی باکتری Bacillus subtilis MJ01 با استفاده از روش های مختلف بر پایه ژنومیکس مقایسه ای

باکتری گرم مثبتBacillus subtilis MJ01 از خاک آلوده به نفت میدان نفتی پازنان به منظور استخراج سورفکتین و بهره برداری از آن در فرآیند ازدیاد برداشت نفت جداسازی شد. جهت درک بهتر تفاوت های این نژاد با سایر باکتری های خویشاوند آن ، ژنوم این باکتری توالی یابی شد.تجزیه و تحلیل ژن 16SrRNA نژاد MJ01 را در کلاستر Bacillus subtilis قرار داد که با نژاد spizizenii TU-B-10 در یک گروه قرار می گیرد. نتایج حاصل از تایپینگ توالی چند لوکوسی (MLST) هفت ژن خانه دار در نژادهای B. subtilis چهار لوکوس ژنی جدید و در یک لوکوس وراونگی کامل را تایید نمود و نشان داد که این باکتری مشابهت زیادی با الگوی پروفایل MLST با زیرگونه spizizenii BGSC3A17 دارد. تجزیه میانگین یکسانی نوکلئوتید بر اساس BLAST (ANIb) با 12 نژاد دیگر از B. subtilis نشان داد که ارتباط نزدیکی با سه زیر گونه spizizenii شامل TU-B-10 (13/99 درصد)، NRS231 (52/96 درصد) و W23 (52/96 درصد) دارد. هم چنین بر اساس تجزیه انجام شده مشخص شد این باکتری ارتباط نزدیکی با باکتری Jeotglibacillus marinus DSM 1297 دارد. جهت پیش بینی لیپوپروتئین های غیرریبوزومی و ناحیه اپرانی سورفکتین و نواحی محافظت شده اطراف آن از ابزار آنلاین AntiSMASH استفاده شد. مقایسه این اپران و نواحی اطراف آن با ژنوم سایر نژادهای خویشاوند B. subtilis MJ01 مشخص کرد که این باکتری از نظر توالی اپران سورفکتین در گروه باکتری های زیر گونه spizizenii قرار می گیرد. به طور خلاصه، تجزیه تلفیقی فیلوژنی و همولوژی DNA با استفاده از ابزارهای ژنومیک مقایسه ای این فرضیه را که باکتری نژاد MJ01 علی رغم تفاوت های خاص نژاد عضوی از گروه باکتری های زیر گونه spizizenii باشد را تقویت نمود.