Bioinformatics designing of 10-23 deoxyribozyme against noncoding region before start codon of beta-galactosidase gene (lacZ) in pGEM-T vector
Message:
Abstract:
Background And Aims
Deoxyribozymes are oligoribodeoxynucleotides that catalyze reactions such as cutting RNA and have diagnostic and therapeutic applications. Deoxyribozyme 10-23 includes a catalytic domain dependent on a fixed 15-nucleotic (mer) cation and two variable binding arms that cause the specificity of enzymes. Lactose operon is used in the white-blue screening process. This operon includes three polycistronic genes. In this study, a deoxyribozyme against α-peptide beta-galactosidase gene in the lactose operon was designed.
Methods
pGEM-T map was obtained from addgene server and α-peptide gene sequence was determined. Then, using expasy website proper protein frame in comparison with various reading frames was determined. In this step, whole sequence was reversed and mRNA sequence was achieved. Secondary structure with the lowest free energy was gained using mfold server. Considering the fact that 10-23 deoxyribozyme has cutting capability between a unpaired purine and pairs pyrimidine; an AC was selected in ribosome binding site in the untranslated region and then 9 open bases on either side of it was used as a binding arms. Investigation of the absence of similar sequences in host bacteria was performed by NCBI server. Finally, activity and binding of deoxyribozyme was predicted by the mfold server.
Results
The results of this study showed that the designed deoxyribozyme had a relatively high Tm with two 9-nucleotide arms, which increased its effectiveness.
Conclusion
The results of this study can be used to control the expression of lacZ gene as a biomarker.
Article Type:
Short Survey
Language:
Persian
Published:
Journal of Shahrekord University of Medical Sciences, Volume:19 Issue: 6, 2018
Pages:
1 - 12
magiran.com/p1791149  
برخی از خدمات از جمله دانلود متن مقالات تنها به مشترکان مگیران ارایه می‌گردد. شما می‌توانید به یکی از روش‌های زیر مشترک شوید:
اشتراک شخصی
در سایت عضو شوید و هزینه اشتراک یک‌ساله سایت به مبلغ 400,000ريال را پرداخت کنید. همزمان با برقراری دوره اشتراک بسته دانلود 100 مطلب نیز برای شما فعال خواهد شد!
امکان پرداخت با کارتهای اعتباری بین المللی از طریق PayPal امکانپذیر است.
اشتراک سازمانی
به کتابخانه دانشگاه یا محل کار خود پیشنهاد کنید تا اشتراک سازمانی این پایگاه را برای دسترسی همه کاربران به متن مطالب خریداری نمایند!
توجه!
  • دسترسی به متن مقالات این پایگاه در قالب ارایه خدمات کتابخانه دیجیتال و با دریافت حق عضویت صورت می‌گیرد و مگیران بهایی برای هر مقاله تعیین نکرده و وجهی بابت آن دریافت نمی‌کند.
  • حق عضویت دریافتی صرف حمایت از نشریات عضو و نگهداری، تکمیل و توسعه مگیران می‌شود.
  • پرداخت حق اشتراک و دانلود مقالات اجازه بازنشر آن در سایر رسانه‌های چاپی و دیجیتال را به کاربر نمی‌دهد.