مقایسه روش های بیزی در ارزیابی ژنومی با معماری متفاوت ژنتیکی

هد ف از پژوهش حاضر، مقایسه روش های گوناگون بیزی (پارامتری) در پیش بینی ارزش های اصلاحی ژنومی برای صفاتی با معماری ژنتیکی متفاوت در توزیع مختلف اثرات ژنی، تعداد جایگاه های صفات کمی، وراثت پذیری و تعداد افراد جمعیت مرجع با استفاده از داده های شبیه سازی بود. ژنومی حاوی 3 کروموزوم هر یک به طول 100 سانتی مورگان روی هر کروموزوم با 1000 نشانگر تک نوکلئوتیدی (SNP) با فواصل نشانگری یکسان از یکدیگر شبیه سازی شدند. توزیع متفاوت اثرات ژنی (یکنواخت، نرمال و گاما)، سه سطح تعداد QTL (50، 200 و 400)، دو سطح وراثت پذیری (16/0 و 5/0 ) و دو سطح تعداد افراد جمعیت مرجع (1000 و 2000) به عنوان فرضیه های شبیه سازی صفت، درنظر گرفته شدند. به منظور پیش بینی ارزش های اصلاحی افراد موجود در جمعیت های مرجع و تایید، از پنج روش بیزی شامل بیز ریج رگرسیون (BRR)1، بیز A، بیز L (LASSO)2، بیز Cπ و بیز B استفاده شد. با افزایش فاصله بین جمعیت مرجع و کاندیدا های انتخاب به علت برهم خوردن فاز لینکاژ، صحت ارزش های اصلاحی ژنومیک در همه روش ها کاهش نشان داد. با افزایش وراثت پذیری از 16/0 به 5/0 در تمام روش ها افزایش صحت ارزش های اصلاحی ژنومی کاملا مشهود و حدود 20/0 بود. زمانی که تعداد افراد جمعیت مرجع از 1000 به 2000 افزایش یافت تمام روش ها افزایش صحتی نزدیک به 18/0 را نشان دادند. زمانی که توزیع اثرات ژنی گاما بود، روش بیز A در مقایسه با سایر روش ها در هر دو سطح از مقدار وراثت پذیری، برتری آشکاری را نشان داد. زمانی که توزیع اثرات ژنی یکنواخت بود تمام روش ها صحت مشابهی را نشان دادند. برای صفاتی با وراثت پذیری بالا، با افزایش تعداد QTL از 50 به 200 صحت تخمین ها کاهش یافت. ولی در صفاتی با وراثت پذیری پایین، تاثیر مشهودی در صحت ارزش های اصلاحی ژنومی مشاهده نشد.