شناسایی چند شکلی در ناحیه تنظیمی بالادست ژن های کالپاین و کالپاستاتین و ارتباط آن با برخی صفات اقتصادی در گوسفندان لری بختیاری

هدف از پژوهش حاضر بررسی تنوع آللی در ناحیه تنظیمی بالا دست ژن های کالپاین و کالپاستاتین، تجزیه و تحلیل بیوانفورماتیک ژن های مورد نظر و ارتباط آماری واریانت های آللی با صفات وزن بدن و دنبه در گوسفند لری بختیاری بوده است.
تعداد 150 نمونه خون به طور تصادفی تهیه و DNA با روش نمکی بهینه یافته استخراج شد. سپس جفت آغازگرهای اختصاصی با نرم افزارOligo7 به ترتیب برای تکثیر قطعاتی با اندازه های 245 و 225 جفت بازی از ناحیه بالا دست ژن های کالپاستاتین و کالپاین طراحی شدند. پس از انجام PCR فرآورده های تکثیری حاصل از جایگاه های نشانگری کالپاستاتین و کالپاین به ترتیب در معرض هضم با آنزیم های اندونوکلئاز PstI و HaeIII قرار گرفتند. به دلیل یک شکل بودن نتایج حاصل RFLP، برای ارزیابی دقیق تر توالی های تکثیر شده از تکنیک SSCP استفاده شد. بعد از تعیین ژنوتیپ، از هر الگوی باندی ژن کالپاین یک نمونه مورد توالی یابی قرار گرفت. برای شناسایی موتیف های درگیر در فرآیند تنظیم ژنی و همچنین جهش های موجود در الگوهای باندی مختلف، توالی های به دست آمده با استفاده از نرم افزارهای DNASIS MAX و BioEdit مورد بررسی قرار گرفتند. ارتباط الگوهای باندی مشاهده شده در جایگاه کالپاین با صفات وزن بدن در تولد، 3، 6 و 12 ماهگی و صفات دنبه شامل وزن، محیط بالا و پایین و ارتفاع دنبه در گوسفند لری بختیاری با استفاده از رویه Glimmix نرم‏افزار SAS (نسخه 1/9) مورد بررسی قرار گرفت.
سه الگوی باندی مختلف A، B و C در جایگاه کالپاین در نمونه های لری بختیاری به ترتیب با فراوانی های 66، 9 و 25 در صد مشاهده شدند. ناحیه بالادست جایگاه ژنی کالپاستاتین در پژوهش حاضر یک شکل بود. تجزیه و تحلیل آماری وجود ارتباط آماری معنی داری را بین الگوهای باندی در جایگاه نشانگر کالپاین و صفت وزن تولد در گوسفندان لری بختیاری نشان داد (P<0.05). همچنین هم-ترازی توالی های الگوهای باندی مشاهده شده برای جایگاه نشانگر کالپاین در گوسفندان مورد مطالعه وجود شش چند شکلی تک نوکلئوتیدی را در موقعیت های مختلف نشان داد. نتیجه توالی یابی ژن کالپاستاتین رفتار یک شکل بودن الگوهای باندی این ژن را تایید کرد، به طوری که تفاوتی بین توالی های بدست آمده برای این ژن مشاهده نشد. آنالیز مقایسه ای موتیف ها بین توالی های مورد مطالعه نشان داد که تمامی موتیف ها بین الگوهای باندی مشترک بودند به جز موتیف های PEA3_CS و yeast_terminationCS1 که در الگوی باندی C وجود نداشته و موتیف alpha_INF.2 که فقط در الگوی باندی C وجود داشت.
با توجه به چند شکل بودن ناحیه تنظیمی بالادست جایگاه کالپاین و معنی دار بودن ارتباط آن با صفت وزن تولد، احتمالا بتوان از این جایگاه نشانگری در برنامه های اصلاح نژادی برای بهبود کیفیت گوشت در گوسفند بهره برد.