آنالیز فیلوژنتیک جدایه های کاپری پاکس ایران طی سال های 1392-1395

جنس کاپری پاکس ویروس ازخانواده پاکس ویریده شامل سه ویروس آبله گوسفند (SPV)، آبله بز (GPV) و لامپی اسکین (LSDV) می باشد که خسارات اقتصادی مهمی به دامداری در مناطق اندمیک وارد کرده اند. از انجایی که کاپری پاکس ویروس ها از لحاظ مورفولوژی و آنتی ژنیکی مشابه هستند، تفریق این ویروس ها بر استفاده از روش های مولکولی متکی است. هدف از این مطالعه تشخیص مولکولی کاپری پاکس ویروس های ایران براساس آنالیز سکانس ژن همولوگ گیرنده کموکاین می باشد. به این منظور، 16 ایزوله کاپری پاکس شامل 10 ایزوله SPV، 4 ایزوله GPV و 2 ایزوله LSDV از نقاط مختلف ایران که در سال های 1395-1392 جداسازی شده اند مورد استفاده قرار گرفت. ژن CKR جدایه ها با روش PCR تکثیر شد و در وکتور pTZ57R/T کلون گردید. آن ها در مقایسه با نمونه های CaPV موجود در بانک داده ها توالی یابی شده و آنالیز گردیدند. آنالیز توالی و فیلوژنتیک نشان می دهد که، SPVهای ایران با بیش از 99 درصد تشابه با دیگر SPV های موجود در بانک ژن در یک دسته قرار می گیرند به استثناء SPV عمان. ایزوله های GPV ایران با 99-98 درصد تشابه با دیگر ایزوله های موجود در بانک ژن در یک دسته قرار می گیرند و به علاوه، با ایزوله های GPV هند و بنگلادش پروفایل ژنی مشابهی را نشان می دهند. ایزوله های LSDV ایران 100-99 درصد مشابه دیگر ایزوله های LSDV بانک ژن و در یک دسته قرار گرفته اند. به طور قطع، براساس آنالیز سکانس ژن CKR ایزوله های SPV، GPV و LSD ایران کاملا متفاوت هستند.