برهم کنش بین پپتید ضدمیکروبی پارداکسین با غشای D PPC به کمک شبیه سازی دینامیک مولکولی

 به دلیل ظهور مقاومت های دارویی در سلول های سرطانی علیه داروهای رایج، امروزه توجه زیادی به توسعه داروهای ضدسرطان با مکانیزم های عملکرد جدید معطوف شده است. پارداکسین یک پلی پپتید نوروتوکسیک با خاصیت دوگانه دوستی است. هدف تحقیق حاضر بررسی برهمکنش پپتید ضدمیکروبی پارداکسین با غشای دولایه DPPC (متشکل از 1و2- دی پالمیتوئیل-اس ان-گلیسرو-3-فسفاکولین) مدل با استفاده از شبیه سازی های دینامیک مولکولی بود. در مطالعه شبیه سازی حاضر شبیه سازی ها برای محیط های غشایی مختلف تحت شرایط pH خنثی طراحی شد. ابتدا سیستم عامل لینوکس برای نصب نرم افزار گرافیکی VMD 1.8.6 (دینامیک مولکولی ویژوال) به کار رفت. سپس نرم افزار گرومکس 4.5.5 برای انجام همه شبیه سازی ها استفاده شد. ساختار pdb پپتید مورد نظر (1XC0) از بانک اطلاعاتی پروتئین تهیه شد و در شبیه سازی پپتید- لیپید از دولایه لیپیدی DPPC استفاده شد. در مدت 500نانوثانیه شبیه سازی، پپتید به داخل غشا نفوذ کرد. در سیستم DPPC تعداد پیوندهای هیدروژنی بین پپتید و دولایه لیپیدی ابتدا افزایش پیدا کرد و سپس تا پایان شبیه سازی تقریبا ثابت باقی ماند و متناسب با تعداد پیوندهای هیدرژنی بین پپتیدها و آب به مرور زمان کاهش پیدا کرد. پارداکسین با سطح غشا تماس و به غشا وارد شد. در حضور پپتید، ضخامت غشا و محدوده هر لیپید کاهش ولی ضریب نفوذ غشا افزایش یافت. مکانیزم عمل پارداکسین به ساختار دولایه غشایی وابسته است، به طوری که پپتید پارداکسین با سطح غشای دولایه لیپیدی DPPC تماس و به آن وارد می شود.