جایگاه احتمالی اتصال مسد و پپتید مشتق شده از انتهای کربوکسیل آن، روی دومین های بتا-پراپلر اول و دوم LRP6‎؛ یک دیدگاه ساختاری در طراحی دارو

 پروتئین مسد، مهارکننده عمومی مسیر است و اثرات درمانی علیه سرطان پستان منفی سه گانه دارد. پپتید مشتق شده از ناحیه انتهای کربوکسیل مسد، مشابه با پروتئین، به عنوان مهارکننده عمل می نماید. هدف پژوهش حاضر، بررسی جایگاه احتمالی اتصال مسد و پپتید مشتق شده از انتهای کربوکسیل آن، روی دومین های بتا- پراپلر اول و دوم LRP6 بود. پژوهش تجربی حاضر با شبیه سازی میان کنش بین مولکولی بدون پیش فرض و هدفمند، به ترتیب توسط دو ابزار تحت شبکه ClusPro و Haddock و شبیه سازی دینامیک مولکولی صورت گرفت. اتصال پروتئین مسد و پپتید آن روی LRP6 بررسی و کمپلکس ها آنالیز ساختاری شدند. سطوح وسیعی از پروتئین مسد در میان کنش با LRP6 قرار داشت و سطوح درگیر پپتید بسیار کمتر بود. جهت گیری اتصال مسد به کمک گیرنده، از ناحیه انتهای کربوکسیل بود. محل اتصال پپتید و پروتئین روی LRP6 ناحیه ای مشابه بین دومین های بتا- پراپلر اول و دوم این کمک گیرنده بود. نمودار RMSD و RMSF کمپلکس مسد و پپتید آن با دومین عملکردی اول کمک گیرنده LRP6 تقریبا مشابه بود. محل اتصال لیگاندهای مسد و پپتید روی کمک گیرنده دقیقا یکسان نیست، ولی شبیه سازی دینامیک مولکولی کمپلکس های منتخب، از الگوی مشترک مکانیزم مهار، در پپتید و پروتئین، با تاکید بر کنترل حرکت بین دومینی حکایت دارد. ناحیه درگیر در میان کنش هر کدام از لیگاندها، از لحاظ ساختاری نزدیک به ناحیه ای از کمک گیرنده است که دارای بیشترین انعطاف پذیری است. شبیه سازی میان کنش مولکولی پروتئین با کمک گیرنده، بیانگر نقش مهم ناحیه انتهای کربوکسیل در اتصال آن به LRP6 است.