Molecular Dynamic Simulations of OmpF in a Double Bilayer Membranes: The Different Behavior of OmpF in an asymmetric Ionic Concentration System
Message:
Abstract:
OmpF is one of the bacterial outer membrane protein which can transfer the ions into the membrane. During the last years different theoretical and experimental methods have been used for the investigation of the bacterial protein. In this study for retaining periodic boundary condition and investigation of the channel structural changes, we use double lipid bilayer in the system. Different ion concentration was applied into the lipid bilayers to make simulation much more realistic. The aim of this simulation is if there is any prominent direction in the ion passage of the channels. Structural analysis for two proteins with a different orientation is dissimilar and dssp analysis shows different peaks although there are common peaks. Lining residues and constriction zone amino acids in the two final frames are also diverse. There is no ion passage thorough protein 2. The results are completely different for the ion channels and it shows which after 100ns simulation one of the channels which its direction is similar to the natural channel in the bacterial membrane is open and the ion passage is clear and the other channel is completely closed which is related to the direction of the channel due to the ion concentration.
Language:
Persian
Published:
Modares Journal of Biotechnology, Volume:10 Issue: 1, 2019
Pages:
93 to 101
magiran.com/p1951713  
دانلود و مطالعه متن این مقاله با یکی از روشهای زیر امکان پذیر است:
اشتراک شخصی
با عضویت و پرداخت آنلاین حق اشتراک یک‌ساله به مبلغ 990,000ريال می‌توانید 70 عنوان مطلب دانلود کنید!
اشتراک سازمانی
به کتابخانه دانشگاه یا محل کار خود پیشنهاد کنید تا اشتراک سازمانی این پایگاه را برای دسترسی نامحدود همه کاربران به متن مطالب تهیه نمایند!
توجه!
  • حق عضویت دریافتی صرف حمایت از نشریات عضو و نگهداری، تکمیل و توسعه مگیران می‌شود.
  • پرداخت حق اشتراک و دانلود مقالات اجازه بازنشر آن در سایر رسانه‌های چاپی و دیجیتال را به کاربر نمی‌دهد.
دسترسی سراسری کاربران دانشگاه پیام نور!
اعضای هیئت علمی و دانشجویان دانشگاه پیام نور در سراسر کشور، در صورت ثبت نام با ایمیل دانشگاهی، تا پایان فروردین ماه 1403 به مقالات سایت دسترسی خواهند داشت!
In order to view content subscription is required

Personal subscription
Subscribe magiran.com for 50 € euros via PayPal and download 70 articles during a year.
Organization subscription
Please contact us to subscribe your university or library for unlimited access!