پویش ژنومی نشانه های انتخاب در اسب نژاد کرد

پیام:
چکیده:
انتخاب جهش های مفید در برخی جمعیت ها سبب به جا گذاشتن نشانه هایی در سطح ژنوم می شود. به دلیل ارتباط این مناطق با صفات مهم اقتصادی شناسایی این مناطق از ژنوم از موضوعات مهم در پژوهش های ژنتیک حیوانی است. این پژوهش با هدف شناسایی مناطق ژنومی حامل نشانه های انتخاب در اسب نژاد کرد با استفاده از ریزآرایه نانویی اسب 70K انجام شد. تعداد 28 راس اسب نژاد کرد از مناطق مختلف کردستان و کرمانشاه انتخاب، بعد از خونگیری و استخراج DNA، تعیین ژنوتیپ شدند. جهت جستجوی نشانه های انتخاب از دو آزمونEHH  و iHS در محیط R و با استفاده از بسته نرم افزاری rehh استفاده شد. به منظور بررسی ژن ها و QTLهای احتمالی در مناطق کاندیدای انتخاب، از پایگاه داده های نشانگر تک نکلئوتیدی اسب و پایگاه QTL حیوانات استفاده شد. با استفاده از آماره iHS، 9 منطقه ژنومی روی کروموزوم های 11، 7، 5 و 15  به عنوان مناطق کاندیدای نشانه انتخاب، شناسایی شد. جهت ارزیابی اثر انتخاب در این مناطق از آماره EHH به همراه بررسی دیاگرام های شاخه بندی هاپلوتیپی و بررسی طول LD استفاده شد. روی کروموزوم های 7 و 11 مناطقی به عنوان مناطق حامل نشانه های انتخاب مثبت شناسایی شده و مناطق ژنومی روی کروموزوم های 5 و15 علی رغم فراوانی بالای آللی اثری از انتخاب مثبت اخیر در این نواحی ژنومی مشاهده نشد و آلل ها به عنوان آلل های رایج و قدیمی مشاهده شد. در این مناطق تعدادی ژن و QTL شناسایی شد که در زمینه فعالیت عضلانی، سیستم ایمنی و فعالیت های درون سلولی فعالیت دارند. بنابراین، این مناطق از ژنوم اسب کرد احتمالا هدف انتخاب مثبت بوده است.
نوع مقاله:
مقاله پژوهشی/اصیل
زبان:
فارسی
صفحات:
119 -128
لینک کوتاه:
magiran.com/p1980935 
روش‌های دسترسی به متن این مطلب
اشتراک شخصی
در سایت عضو شوید و هزینه اشتراک یک‌ساله سایت به مبلغ 300,000ريال را پرداخت کنید. همزمان با برقراری دوره اشتراک بسته دانلود 100 مطلب نیز برای شما فعال خواهد شد!
اشتراک سازمانی
به کتابخانه دانشگاه یا محل کار خود پیشنهاد کنید تا اشتراک سازمانی این پایگاه را برای دسترسی همه کاربران به متن مطالب خریداری نمایند!