بررسی اثر ضد باکتریایی پروتئین و پپتیدهای زیست فعال آلفاs1 کازئین شیر بر باکتری های مولد ورم پستان درگونه های مختلف پستانداران به روش داکینگ مولکولی

به طورکلی عوامل ایجادکننده ی ورم پستان به دو دسته ی عوامل واگیردار (نظیر: استافیلوکوکوس اورئوس) و عوامل محیطی نظیر (اشرشیاکلای) تقسیم بندی می شود. راه رایج درمان این بیماری استفاده از آنتی بیوتیک هاست که می تواند موجب بروز مشکلاتی مرتبط با سلامت انسان شود. پپتیدهایی که در محیط آزمایشگاهی یا در موجودات زنده از هضم ناقص پروتئین ها ایجاد و دارای عملکرد زیستی خاص باشند را اصطلاحا پپتیدهای زیست فعال نامیده می شوند. کازئین حاوی پپتیدهای ضد باکتریایی به نام ایزراکیدین می باشد که از طریق تخریب غشای سلولی یا غشای میتوکندری باعث نابودی سلول های باکتریایی می شود. هدف از انجام این پژوهش، شناسائی پروتئین و پپتیدهای زیست فعال ضدباکتریائی پروتئین آلفا s1 کازئین در هشت گونه مختلف از پستانداران و مقایسه خاصیت ضدباکتریائی این پپتید ها در این هشت گونه از پستاندران در مقابله با دو باکتر مهم مولد ورم پستان استافیلوکوکوس اورئوس و اشرشیاکلای می باشد. مواد و ابتدا جمع آوری داده های ژنومی و پروتئینی برای هشت گونه مختلف پستانداران(گاو، گوسفند، شتر، اسب، انسان، گاو میش و خوک) از سایت مرکز ملی اطلاعات زیست فناوری(NCBI) صورت گرفت و پس از آن پیش بینی پپتیدهای زیست فعال پروتئین آلفا s1 کازئین و ساختار سه بعدی آن ها با کمک نرم افزارهای آنلاین ACCLUSTERServer ، I-TASSER و GalaxyWEB انجام شد. برای بررسی پایداری پروتئین و پپتیدها در شرایط دینامیکی (شرایط درون سلول) از نرم افزار های آنلاین 3Drefine و YASARA استفاده گردید. در نهایت شبیه سازی برهمکنش(داکینگ) پروتئین های آلفا s1 کازئین و پپتیدهای زیست فعال ایزراکیدین با باکتری های مولد ورم پستان در درون سلول با استفاده از نرم افزار آنلاینClusPro2.0 انجام شد. نتایج آنالیز بیوانفورماتیکی برهمکنش مولکولی این پروتئین و پپتیدهای زیست فعال آن در هشت گونه مختلف از پستانداران با پروتئین های سطحی غشاء دو باکتری مهم مولد ورم پستان نشان می دهد که شیر "گوسفند و خوک" دارای بالاترین عملکرد در در نابودی باکتری استافیلوکوکوس ، شیر "انسان و گاو میش" نیز بهترین عملکرد در مقابله با باکتری اشرشیا کلای و جلوگیری از بیماری ماستیت (ورم پستان) را دارا هستند. بنابراین به نظر می رسد که می توان از پپتیدهای ایزراکیدین به عنوان عامل طبیعی و مواد جایگزین آنتی بیوتیک برای کاهش اثرات مخرب بیماری ورم پستان بر سلامت انسان از طریق امکان انتقال سویه های باکتریایی مقاوم شده به آنتی بیوتیک از دام به انسان و همچنین افزایش کیفیت شیر مصرفی (کاهش تعداد سلول های بدنی در شیر، افزایش تولید شیر و آسیب کمتر به بافت پستانی) استفاده کرد.