تاثیر کاهش تراکم نشانگرها بر صحت پیش بینی ژنومی روش های پارامتری

افزایش تعداد نشانگرها (p) به تعداد مشاهدات (n)، نخستین چالش انتخاب ژنومی است (مزاحمت ابعاد؛ p >> n). لذا پژوهش حاضر با هدف امکان کاهش مزاحمت ابعاد، به بررسی تاثیر کاهش تعداد نشانگرها بر صحت پیش بینی ارزش های اصلاحی ژنومیک روش های پارامتری پرداخته است. بدین منظور، برای هر فرد ژنومی متشکل از 10000 نشانگر تک نوکلئوتیدی دو آللی (SNP) با فواصل یکسان روی 10 کروموزوم (هریک به طول 100 سانتی مورگان) شبیه سازی شد. در این پژوهش توزیع های متفاوت تاثیرات ژنی (یکنواخت، نرمال یا گاما)، سطوح مختلف وراثت پذیری صفت (05/0، 25/0، 45/0 یا 65/0) و تعداد متفاوت جایگاه های ژنی (QTL؛ 100 یا 500) به عنوان فرضیات شبیه سازی در نظر گرفته شد. سپس در یک سناریوی انتخاب 10 یا 20 درصد نشانگرها به طور تصادفی انتخاب شدند؛ به طوریکه برای هر یک از جمعیت های موجود سه ماتریس نشانگری با ابعاد مختلف (همه نشانگرها، 10 یا 20 درصد نشانگرها) تعریف گردید. مطابق یافته های پژوهش حاضر، به طورکلی صحت ارزش های اصلاحی ژنومیک به ترتیب تحت اثر میزان وراثت پذیری صفت، فاصله نسل از جمعیت مرجع، تراکم نشانگرها، توزیع و تعداد QTLها و مدل آماری قرار داشت (p < 0.001). به طوریکه در هر سه توزیع آثار ژنی و با هر فرم ساختار نشانگری (کاهش یا عدم کاهش تراکم نشانگرها) مشاهده شد که در نتیجه کاهش وراثت پذیری صفت و یا افزایش فاصله از جمعیت مرجع میزان صحت پیش بینی ها به طور چشم گیری تقلیل یافت (p < 0.05). بررسی اثر کاهش تراکم نشانگرها بر صحت پیش بینی ژنومی صفات با معماری ژنتیکی متفاوت نشان داد که جز در مورد صفات با وراثت پذیری پائین (05/0) و تعداد زیاد QTL (500) با توزیع ژنی گاما، به طورکلی کاهش تراکم نشانگری به طور معنی داری منجر به افت صحت پیش بینی های ژنومیک روش های پارامتری خواهد شد (p < 0.05).