The bioinformatics aspects of gene screening of HT-29, human colon cell line treated with caffeic acid
Message:
Abstract:
Aim
To better understand the anticancer properties of coffee, bioinformatics analysis of gene expression profile of HT-29, human colon cell line in the exposure of caffeic acid (CA) is proposed in this study.
Background
Coffee as a popular beverage has been shown to be a potential health promoter as well as being effective on different kinds of diseases including cancer.
Methods
The differentially expressed genes (DEGs) across the comparison of groups of samples including none-treated HT-29 and HT-29 tread with CA were applied for the protein-protein interaction mapping. Cytoscape v.3.7.1 constructed a network and analyzed the topological features of the most noteworthy DEGs.
Results
The genes of CTSZ, AFF4, DHRS2, and HMGCS1 known as active agents in cancer progression, were identified as the central DEGs in the constructed PPI network in this study. Especially, HMGCS1 is the most central gene is also linked to one of the important colon cancer altered processes, cholesterol metabolism.
Conclusion
Lowering the risk of colon cancer could be perhaps through nominated DEGs and therefore, regulation of serum cholesterol as well as protection against cancer development.Keywords: Coffee consumption, Colon cancer, Transcriptome, Protein-protein interaction network analysis, Biological process analysis.(Please cite as: Rezaei-Tavirani M, Rezaei Tavirani M, Zamanian Azodi M. The bioinformatics aspects of gene screening of HT-29, human colon cell line treated with caffeic acid Gastroenterol Hepatol Bed Bench 2019;12(3):246-253).
Article Type:
Research/Original Article
Language:
English
Published:
Gastroenterology and Hepatology From Bed to Bench Journal, Volume:12 Issue: 3, 2019
Pages:
246 - 253
magiran.com/p2004933  
برخی از خدمات از جمله دانلود متن مقالات تنها به مشترکان مگیران ارایه می‌گردد. شما می‌توانید به یکی از روش‌های زیر مشترک شوید:
اشتراک شخصی
در سایت عضو شوید و هزینه اشتراک یک‌ساله سایت به مبلغ 400,000ريال را پرداخت کنید. همزمان با برقراری دوره اشتراک بسته دانلود 100 مطلب نیز برای شما فعال خواهد شد!
اشتراک سازمانی
به کتابخانه دانشگاه یا محل کار خود پیشنهاد کنید تا اشتراک سازمانی این پایگاه را برای دسترسی همه کاربران به متن مطالب خریداری نمایند!
توجه!
  • دسترسی به متن مقالات این پایگاه در قالب ارایه خدمات کتابخانه دیجیتال و با دریافت حق عضویت صورت می‌گیرد و مگیران بهایی برای هر مقاله تعیین نکرده و وجهی بابت آن دریافت نمی‌کند.
  • حق عضویت دریافتی صرف حمایت از نشریات عضو و نگهداری، تکمیل و توسعه مگیران می‌شود.
  • پرداخت حق اشتراک و دانلود مقالات اجازه بازنشر آن در سایر رسانه‌های چاپی و دیجیتال را به کاربر نمی‌دهد.