شناسایی ایندل ها در ژنوم سگ و گرگ بومی ایران با روش توالی یابی کل ژنوم

حذف و درج (ایندل) یکی از اجزای اصلی تنوع ژنتیکی و فنوتیپی است که نسبت به چند ریختی های تک نوکلئوتیدی و تنوع های ساختاری کمتر مورد توجه قرار گرفته است. به منظور شناسایی ایندل های موجود در ژنوم سگ و گرگ ایرانی و ارزیابی گروه های عملکردی مرتبط با آن ها، 5/287 گیگابایت داده حاصل از توالی یابی کل ژنوم شش قلاده سگ (دو سگ تازی از استان کردستان و یک سگ قهدریجانی از استان اصفهان) و گرگ (از استان های تهران، همدان و کرمان) با میانگین عمق پوشش X 16 و درصد همپوشانی 47/99 با ژنوم مرجع سگ آنالیز شد. در این تحقیق برای افزایش دقت و صحت ایندل های شناسایی شده، از الگوریتم قدرتمند شناسایی واریانت (HaplotypeCaller) استفاده شد. بیش از سه میلیون ایندل (باز 1-73) حاصل شد. اکثر ایندل ها (18/95 درصد) کوچک تر از 10 باز بودند. مقایسه نتایج مستند سازی ایندل های ژنوم در سگ و گرگ نشان داد که درصد ایندل های ژنوم در نواحی اگزون و ناحیه غیر قابل ترجمه (RNA utr ʹ3) در سگ بیش تر از گرگ است. بنابراین فرآیند اهلی سازی احتمالا سبب افزایش تنوع ژنتیکی در نواحی اگزون و ناحیه غیر قابل ترجمه RNA (utrʹ3) شده است.