بیان افتراقی ژن گاوهای بوس تاروس (هلشتاین) و بوس ایندیکوس (کلیستانی) با استفاده از داده های RNA-Seq

این پژوهش با هدف تعیین مقایسه افتراقی پروفایل بیان ژن در دو زیرگونه گاو بوس تاروس (هلشتاین) و بوس ایندیکوس (کلیستانی) انجام شد. برای این منظور، ترانسکریپتوم نمونه ای از هریک از جمعیت های گاو ماده هلشتاین آمریکا و گاو ماده کلیستانی پاکستان از طریق همردیفی و مکان یابی خوانش های کوتاه mRNA تشکیل شد. این خوانش ها قبلا با استفاده از فناوری توالی یابی نسل جدید به صورت داده های RNA-Seq تولید شده بودند. نتایج آنالیز بیان افتراقی نشان داد از مجموع 24616 ژن و 26716 رونوشت شناخته شده بر روی ژنوم مرجع گاو، 41 ژن بین این دو زیرگونه  بیان  متفاوت داشتند (000015/0 p<). بالاترین شاخص بیان دیجیتال مربوط به یک ژن میتوکندریایی (ENSBTAG00000043545) بودکه تنها در جمعیت کلیستانی بیان شد. یکی از ژن های متفاوت بیان شده (ENSBTAG00000014332) دارای دو ایزوفرم متفاوت بیان شده بود. آنالیز ماهیت و مسیر ژن های متفاوت بیان شده نشان داد که آنها در 20 مسیر به ویژه مسیر های مرتبط با ایمنی، پاسخ به تنش و تشکیل رگ های خونی جدید درگیر بودند. یعنی مسیرهایی که در طول زمان سازگاری دو زیرگونه مورد مطالعه با اقلیم های خاص و بروز تفاوتهای فنوتیپی بارز برای این صفات را بین آن ها موجب شده اند.