شناسایی و بررسی تنوع ژنتیکی ویروس لکه حلقوی بافت مرده هسته دارها (Prunus necrotic ring spot virus) در درختان میوه هسته دار و دانه دار استان کردستان

پیام:
نوع مقاله:
مقاله پژوهشی/اصیل (دارای رتبه معتبر)
چکیده:
شمار 149 نمونه برگی از درختان میوه هسته دار و دانه دار استان کردستان هنگام بهار و تابستان سال های 1394 و 1396 به منظور شناسایی مولکولی و بررسی گوناگونی ژنتیکی عامل لکه حلقوی بافت مرده درختان هسته دار جمع آوری شدند و با آغازگرهای اختصاصی ژن پروتئین پوششی PNRSV-F3/PNRSV-R3 آزمون RT-PCR شدند. نتیجه ها RT-PCR نشان دادند که 8/20 درصد از نمونه ها آلوده به PNRSV بودند. سیزده جدایه بر پایه نوع میزبان و منطقه جغرافیایی گزینش و پس از تکثیر و پیوست بخشی از ژن پروتئین پوششی آن ها به پلاسمید pTG-19 و همسانه سازی در باکتری E. coli تعیین توالی شدند. توالی های به دست آمده در سطح نوکلئوتیدی به طور میانگین 002/0 ± 9/98 درصد با یکدیگر و 006/0 ± 4/94 درصد با دیگر جدایه های موجود در بانک ژن همانندی نوکلئوتیدی نشان دادند. در واکاوی تبارزایی بر پایه ترادف نوکلئوتیدی جدایه های PNRSV در سه گروه تبارزایی PV96، PV32 و PE5 قرار گرفتند که سیزده جدایه این پژوهش به همراه بیشتر جدایه های ایرانی در گروه تبارزایی PV96 قرار گرفتند. بیشترین همانندی نوکلئوتیدی میان جدایه های هلو از کامیاران (KH10)، زردآلو از سنندج (SZ93) و هلو از دهگلان (D7) با جدایه شلیل از ایران (KX353935) با 98 درصد و کمترین همانندی نوکلئوتیدی میان جدایه زردآلو از سنندج (SZ26) با جدایه آلو از لهستان (DQ983499) با 6/83 درصد همانندی دیده شد. نسبت های کم جانشینی مترادف به غیر مترادف (dN/dS) در ژن پروتئین پوششی این ویروس روشنگر این نکته است که گزینش منفی نقش بزرگی را در فرگشت این ژن بازی کرده است و بررسی نوترکیبی با نرم افزار RDP v.4.63 نیز نشان داد که در جدایه های موردبررسی در این پژوهش نوترکیبی در این بخش از ژنوم رخ نداده است.
زبان:
فارسی
صفحات:
15 تا 26
لینک کوتاه:
magiran.com/p2015024 
دانلود و مطالعه متن این مقاله با یکی از روشهای زیر امکان پذیر است:
اشتراک شخصی
با عضویت و پرداخت آنلاین حق اشتراک یک‌ساله به مبلغ 990,000ريال می‌توانید 70 عنوان مطلب دانلود کنید!
اشتراک سازمانی
به کتابخانه دانشگاه یا محل کار خود پیشنهاد کنید تا اشتراک سازمانی این پایگاه را برای دسترسی نامحدود همه کاربران به متن مطالب تهیه نمایند!
توجه!
  • حق عضویت دریافتی صرف حمایت از نشریات عضو و نگهداری، تکمیل و توسعه مگیران می‌شود.
  • پرداخت حق اشتراک و دانلود مقالات اجازه بازنشر آن در سایر رسانه‌های چاپی و دیجیتال را به کاربر نمی‌دهد.
دسترسی سراسری کاربران دانشگاه پیام نور!
اعضای هیئت علمی و دانشجویان دانشگاه پیام نور در سراسر کشور، در صورت ثبت نام با ایمیل دانشگاهی، تا پایان فروردین ماه 1403 به مقالات سایت دسترسی خواهند داشت!
In order to view content subscription is required

Personal subscription
Subscribe magiran.com for 50 € euros via PayPal and download 70 articles during a year.
Organization subscription
Please contact us to subscribe your university or library for unlimited access!