بررسی تنوع ژنتیکی قطعه انتهایی توالی جدایه ی ایرانی ویروس موزائیک توتون

ویروس موزائیک توتون (TMV) از جمله ویروسهای گیاهی بیماریزا در جهان است که بیش از 200 گونه گیاهی را آلوده میکند. پروتئین حرکتی ویروس (MP) در حرکت دیگر ویروسهای گیاهی نقش حمایتی ایفاء می کند و پروتئین پوششی (CP) به شدت در گیاهان آلوده بیان می شود و همانندسازی و حرکت TMVرا تحت تاثیر قرار می دهد. به منظور بررسی تنوع ژنتیکی در قطعه انتهایی توالی ویروس در جدایه ایران (ir-TMV ،(RNA ژنومی ویروس از برگ آلوده توتون استخراج شد. با استفاده از آغازگر اختصاصی R1-PSh60 مرحله ساخت cDNA انجام شد. منطقه کدکننده حاوی ژن MP وCP با استفاده از آغازگرهای اختصاصی R/F-PSh63 تکثیر و بصورت دو جهته توالی یابی شد. نتایج تعیین توالی با استفاده از نرم افزار NTi Vector مورد آنالیز قرار گرفت و توالی نوکلئوتیدی به دست آمده با استفاده از نرم افزار 5 MEGA و Workbench Main CLC با دیگر جدایه های گزارش شده از ایران مورد هم ردیفی چندگانه قرار گرفت. توالی نوکلئوتیدی پروتئین حرکتی با توالی مشابه جدایه U1-TMV به عنوان جدایه رفرنس در NCBI مورد مقایسه قرار گرفت و نتایج وجود شش جهش را در آن نشان داد. همچنین مقایسه ترکیب نوکلئوتیدی توالی پروتئین پوششی ir-TMV و جدایه U1-TMV وجود دو جهش را نشان داد. نتایج کلی توالی یابی تشاندهنده کمترین فاصله نوکلئوتیدی ir-TMV با جدایه U1-TMV و بیشترین فاصله تکاملی آن با جدایه های ایران بود. بر پایه نتایج این تحقیق، ما جدای های جدید از TMV را که از دیگر جدایه های ایرانی ویروس موزائیک توتون متفاوت بود، را گزارش کردیم. این نتایج زمینه خوب و ارزشمندی را برای طراحی کیت های تشخیصی و برنامه های اصلاحی در گیاهان می تواند فراهم کند.