استخراج رابطه علی- معلولی ترانسکریپتومی در بافت غدد پستانی گاو شیری با استفاده از شبکه بیزی

هدف از این مطالعه، شناسایی ژن های تنظیمی موثر در بروز بیماری ورم پستان در گاو شیری با استفاده از داده-های ریزآرایهDNA بود. بدین منظور فایل بیان ژنی با بیشترین تعداد آرایه و متعلق به پلت فرم افی متریکس GPL1221 با شماره دسترسی GSE24560از پایگاه GEO استخراج شد. برای آزمون کنترل کیفیت داده از بسته یArrayQualityMetrics و برای پیش پردازش داده ها از تابع Threestep بسته ی AffyPLM در محیط R استفاده شد. پس از شناسایی ژن های متفاوت بیان شده، الگوریتم جستجوی تابو در بسته bnlearn برای شناسایی ژن های تنظیمی مورداستفاده قرار گرفت. نتایج حاصل از این پژوهش بیانگر نقش علی و تنظیمی ژن های BCL2A، CCL2، S100A12، AOX1 و MGP بر بیان سایر ژن ها در بافت پستانی گاو شیری بود. بررسی هستی شناسی ژن ها، تفاوت معنی داری را در 7 گروه عملکردی مولکولی، 48 گروه فرآیندهای زیستی و 11 گروه اجزای سلولی در شرایط بروز بیماری ورم پستان در بافت غدد پستانی نشان داد. همچنین نتایج غنی-سازی مجموعه داده های بیان ژنی نشان داد بیشتر ژن های متفاوت بیان شده در این پژوهش به طور معنی داری(P< 0.05) در مسیرهای متابولیکی (GO:0009605، GO:0002376 و GO:0006954) فعال بوده و در فرآیندهای پاسخ به بروز عوامل بیماری زا، پاسخ ایمنی و پاسخ به التهاب در بافت پستانی گاو شیری نقش دارند.