مقایسه و آنالیز بیوانفورماتیکی ژنوم کامل کلروپلاستی سه رقم توت فرنگی F.vesca, F.virginiana, F.chiloensis

توت فرنگی از جنس فراگاریا (Fragaria) و خانواده رزاسه (Rosaceae) میباشد. امروزه از گونه های شیلنسیس (Chiloensis)، ویرجینیا (Virginiana) و هیبرید بین این دو یعنی آناناس (Ananasae) استفاده زراعی می شود. این گیاه علفی چندساله دارای یک ژنوم کوچک متمایل به انتقال ژن توت فرنگی کشت شده Fragaria ananasae و دیگر گیاهان مهم اقتصادی از خانواده گل سرخیان است. این تحقیق برای مطالعه و مقایسه توالی کامل کلروپلاستی، آنالیز ساختار ژنومی، سازماندهی و محتوای ژن، توالی-های تکراری و تمایل کدونی توت فرنگی جنگلی با دو رقم اکناپلوئید کشت شده F.chiloensis وF.virginiana انجام شد. ژنوم کلروپلاستی F.vesca دارای ساختمان حفاظت شده چهار قسمتی با 155691 جفت باز طول می باشد. منطقه تکرار کپی کوچک بوسیله دو منطقه تکرار معکوس جدا شده، طول منطقه تک نسخه ای بزرگ 85561، منطقه تک نسخه ای کوچک 20204 و مناطق تکرار معکوس هر دو دارای طولی معادل 24963 جفت باز بودند. ژنوم کلروپلاستی دارای 130 ژن بوده که 18 ژن در منطقه تکرار معکوس قرار دارند، همچنین در میان این ژن ها هشت ژن rRNA ، 37 ژن tRNA و 85 ژن کد کننده پروتئین وجود داشت. در میان تمام ژن های پلاستیدی تنها 18 ژن به نظر می رسد دارای 2-1 اینترون هستند و زمانیکه با DNA کلروپلاستی دو رقم اکتاپلوئید مقایسه می شود، ژن rps18 تنها ژن مضاعف شده و ژن های rps 12 ,rpl 2 ,trn I-GAU ژن هایی هستندکه در منطقه تکرار معکوس وجود دارند. با وجود سطح بالایی از حفاظت از نشانگر SSR ها در ژنوم کلروپلاستی، در تجزیه و تحلیل تنوع ژنتیکی با توجه به بهره وری بیشتر خود نسبت به SSRهای ژنومی مفیدترمیباشند