مطالعه مهار ژن HMGA2 با shRNA و siRNA اختصاصی و بررسی تاثیر آن ها بر بیان ژن های پایین دست در سلول های سرطانی MDA-MB-231: مطالعه بیوانفورماتیکی و تجربی

امروزه استفاده از siRNA  برای خاموش سازی ژن ها به صورت فزاینده ای در حال افزایش است. هدف از مطالعه حاضر بررسی بیوانفورماتیکی و تجربی مهار ژن HMGA2 و تاثیر آن بر میزان بیان ژن های پایین دست (ژن های انکوژنی و سرکوب کننده توموری) در سلول های MDA-MB-231 تیمار شده با shRNA و siRNA اختصاصی HMGA2 است.

برای انجام این پژوهش بیوانفورماتیکی و تجربی، ابتدا داده های میکروآرایه از پایگاه داده GEO جمع آوری شده و با استفاده از جعبه ابزار شبکه عصبی (PNN) در نرم افزار MATLAB 2018a  آنالیز شد. سپس siRNA اختصاصی  HMGA2 طراحی و تهیه شد. انتقال siRNA به وسیله لیپوفکتامین صورت گرفته و بیان ژن HMGA2  و ژن های انکوژنی و سرکوب کننده توموری به روش Real-time PCR ارزیابی شد.

نتایج حاصل از مطالعه بیوانفورماتیکی نشان داد که ژن HMGA2 ارتباط نزدیکی با ژن های پایین دست دارد، به طوری که تغییر در بیان ژن HMGA2 بیان ژن های پایین دست را نیز تحت تاثیر قرار می دهد. انتقال siRNA اختصاصی HMGA2 به داخل سلول MDA-MB-231 باعث مهار معنی دار (p< 0.05) بیان ژن HMGA2 در مقایسه با گروه کنترل شد. به علاوه به دنبال سرکوب بیان ژن HMGA2، بیان ژن های انکوژنی (TERT) و سرکوب کننده تومور DEDD)) به صورت معنی داری (p< 0.05) به ترتیب کاهش و افزایش یافتند.

  ژن HMGA2 به دلیل ارتباط گسترده با ژن های انکوژنی و سرکوب کننده تومور انتخاب معقول برای هدف گیری و خاموش سازی به وسیله siRNA اختصاصی است. نتیجه مهار موفقیت آمیز بیان ژن HMGA2 و تاثیرپذیری بیان ژن های TERT و DEDD بعد از ترانسفکشن siRNA اختصاصی با نتایج حاصل از مطالعه بیوانفورماتیکی مطابقت دارد.