Classification of Chronic Kidney Disease Patients via k-important Neighbors in High Dimensional Metabolomics Dataset
Message:
Abstract:
Background

Chronic kidney disease (CKD), characterized by progressive loss of renal function, is becoming a growing problem in the general population. New analytical technologies such as “omics”-based approaches, including metabolomics, provide a useful platform for biomarker discovery and improvement of CKD management. In metabolomics studies, not only prediction accuracy is attractive, but also variable importance is critical because the identified biomarkers reveal pathogenic metabolic processes underlying the progression of chronic kidney disease. We aimed to use k-important neighbors (KIN), for the analysis of a high dimensional metabolomics dataset to classify patients into mild or advanced progression of CKD.

Methods

Urine samples were collected from CKD patients (n=73). The patients were classified based on metabolite biomarkers into the two groups: mild CKD (glomerular filtration rate (GFR)> 60 mL/min per 1·73 m2) and advanced CKD (GFR<60 mL/min per 1·73 m2). Accordingly, 48 and 25 patients were in mild (class 1) and advanced (class 2) groups respectively. Recently, KIN was proposed as a novel approach to high dimensional binary classification settings. Through employing a hybrid dissimilarity measure in KIN, it is possible to incorporate information of variables and distances simultaneously.

Results

The proposed KIN not only selected a few number of biomarkers, it also reached a higher accuracy compared to traditional k-nearest neighbors (61.2% versus 60.4%) and random forest (61.2% versus 58.5%) which are currently known as the best classifieres.

Conclusion

Real metabolomics dataset demonstrate the superiority of proposed KIN versus KNN in terms of both classification accuracy and variable importance.

Article Type:
Research/Original Article
Language:
English
Published:
Journal of Kerman University of Medical Sciences, Volume:26 Issue: 3, 2019
Pages:
207 - 213
magiran.com/p2032040  
برخی از خدمات از جمله دانلود متن مقالات تنها به مشترکان مگیران ارایه می‌گردد. شما می‌توانید به یکی از روش‌های زیر مشترک شوید:
اشتراک شخصی
در سایت عضو شوید و هزینه اشتراک یک‌ساله سایت به مبلغ 400,000ريال را پرداخت کنید. همزمان با برقراری دوره اشتراک بسته دانلود 100 مطلب نیز برای شما فعال خواهد شد!
اشتراک سازمانی
به کتابخانه دانشگاه یا محل کار خود پیشنهاد کنید تا اشتراک سازمانی این پایگاه را برای دسترسی همه کاربران به متن مطالب خریداری نمایند!
توجه!
  • دسترسی به متن مقالات این پایگاه در قالب ارایه خدمات کتابخانه دیجیتال و با دریافت حق عضویت صورت می‌گیرد و مگیران بهایی برای هر مقاله تعیین نکرده و وجهی بابت آن دریافت نمی‌کند.
  • حق عضویت دریافتی صرف حمایت از نشریات عضو و نگهداری، تکمیل و توسعه مگیران می‌شود.
  • پرداخت حق اشتراک و دانلود مقالات اجازه بازنشر آن در سایر رسانه‌های چاپی و دیجیتال را به کاربر نمی‌دهد.