شناسایی مقیاس گسترده نشانگرهای مولکولی ریزماهواره در گیاه دارویی زنیان (Trachyspermum ammi) با استفاده از توالی یابی RNA

گیاه دارویی زنیان یک منبع غنی از ترکیبات فعال دارویی و دارای اثرات مختلف دارویی است. با توجه به اینکه نشانگرهای ریزماهواره دارای نقش کلیدی در ژنوم و مرتبط با ژن ها بویژه در بیوسنتز متابولیت های ثانویه در گیاهان دارویی هستند، لذا در این مطالعه، از توالی یابی ترنسکریپتوم زنیان برای اولین بار جهت شناسایی نشانگرهای ریزماهواره استفاده شد. پس از انجام توالی یابی توسط پلت فرمIllumina HiSeq 2000  بصورت دو طرفه، ارزیابی کیفیت خوانش ها توسط نرم افزار FastQC، تریم کردن با نرم افزار Trimmomatic و یکپارچه سازی نوپدید با استفاده از نرم افزار Trinity انجام گردید. در این پژوهش، 11468 توالی یونی ترنسکریپت (7913توالی یونی ژن) حاوی 13593 ریزماهواره بالقوه یافت شد. فراوان ترین نوع ریزماهواره ها، دی نوکلئوتیدها (67درصد) و تری نوکلئوتیدها (24درصد) بودند. همچنین تکرارهای شش تایی فراوان ترین تکرارها بودند و توالی غالب، AG/CT (31درصد) بود. 65درصد ریزماهواره ها از ریزماهواره کلاس دوم (10 تا 20 نوکلئوتید) و 35 درصد از ریزماهواره کلاس اول (بیش از 20 نوکلئوتید) بودند. فراوانی ریزماهواره ها تقریبا یک در هر 10.1 کیلو باز توالی یکپارچه شده بود. 57.9درصد یونی ژن های حاوی ریزماهواره، با ژنوم هویج بلاست شدند. تعداد 3437 یونی ژن (43درصد) دارای دسته بندی کارکردی بودند که از میان آنها تعداد 2219 یونی ژن (64.6 درصد) به دسته "فرآیند متابولیکی" و 71 یونی ژن (2.1درصد) به دسته "فرآیند متابولیکی ثانویه" تخصیص داشت. در این تحقیق 12 ژن در مسیر پایه بیوسنتز ترپنوئیدها شناسایی شدند که ترنسکریپت مربوط به آنها دارای ریزماهواره بود. این ریزماهواره ها احتمالا در بیان ژن ها و تولید متابولیت ها بویژه متابولیت های ثانویه نقش دارند. معرفی این نشانگرها می تواند برای مطالعات آینده انتخاب به کمک نشانگر، تنوع ژنتیکی و ساخت نقشه های ژنتیکی در این گیاه دارویی مورد بهره برداری قرار گیرد.