کاربرد ترادف های ژنی در استنتاج های فیلوژنی گیاهی

فیلوژنی مولکولی به تجزیه و تحلیل تنوع مولکولی ارثی می پردازد و بطور عمده در توالی DNA برای افزایش اطلاعات در روابط تکاملی یک موجود زنده عمل می کند. بر اساس سطح تاکسونومیکی مورد مطالعه، نشانگرهای مختلفی در فیلوژنی مولکولی به کار می روند. انتخاب ابزار مولکولی از اهمیتی ویژه برخوردار است تا اطمینان حاصل شود که سطح مناسبی از تغییرات برای پاسخ به سوالات فیلوژنی بررسی شده است. در این جستار سعی شده است تا نشانگرهای ژنی مورد استفاده در فیلوژنی گیاهی در سطوح مختلف تاکسونومیکی بررسی و تحلیل گردد. نشانگرهای ژنی رایج مورد استفاده در فیلوژنی شامل ژن های هسته ای ریبوزومی، ژن های هسته ای با تعداد رونوشت کم و ژنوم خارج هسته ای (ژنوم میتوکندری و کلروپلاست) است. مناطق حفاظت شده می توانند در سطوح تاکسونومیکی بالاتر در مطالعات فیلوژنی استفاده شود و مناطقی با تغییرات بیشتر می توانند بین تاکسون های نزدیک به هم به کار روند. یکی از توالی های متداول برای مطالعه روابط فیلوژنتیک در سطوح تاکسونومیک جنس و پایین تر از جنس در گیاهان، نواحی فاصله انداز رونویسی شونده داخلی (ITS) منطقه 18S-5.8S-26S سیسترون ریبوزومی هسته ای است. توالی های ژن کلروپلاستی در سطح خانواده و بالاتر؛ اما توالی های غیرکد کننده کلروپلاست مانند اینترون ها و فاصله اندازهای بین ژنی بیشتر در سطوح طبقه بندی پایین تر استفاده می شوند. ژن های هسته ای با تعداد رونوشت کم در سطوح درون و بین گونه ای زمانی بیشتر کاربرد دارند که ژن های cpDNA و یا nrDNA نتوانند اطلاعات کافی را ارائه دهند. شواهد نشان می دهد که برای بازسازی قوی فیلوژنی، چندین ژن گسسته مورد نیاز است. امروزه، استفاده از تکنیک های نسل جدید توالی یابی NGS)) گزارش شده است. تکنیک های NGS جایگزینی برای روش های رایج است که امکان دسترسی به صدها ناحیه DNA را امکان پذیر می سازد.